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林小布斯基

新虫 (初入文坛)

[交流] 非蛋白体系分子残基如何处理 已有1人参与

各位大佬好,我用的是NAMD,现在需要用一个唾液酸的分子,但是拓扑文件里没有唾液酸的RESI,请问该怎么弄?
以及我在一个拓扑文件里找到了唾液酸的patch的PRES,不太清楚到底怎么个用法。。。有没有大佬点拨一下
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Recycled

新虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
刚刚学习了这样的问题的处理方式。。。但是我知道我说的对不对,希望各路大神指正。
首先得到自己的分子的PDB文件和ITP文件,无论什么方式。将其中的分子名称UNK修改为不与蛋白质与氨基酸缩写相同的自定义名称。
在你想用的力场文件夹中找到ATP文件,这个是力场所认识的原子类型,按照其中的原子类型修改自己的PDB ITP文件中的所有原子相关项。
在力场文件夹中找到RTP文件,按照其中的格式写入自己分子的原子,结构,键等数据。
将ITP文件修改格式后,放入力场文件夹。
在FORCEFIELD文件中声明自己加入的ITP文件即可。
2楼2018-10-15 22:21:05
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林小布斯基

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by Recycled at 2018-10-15 22:21:05
刚刚学习了这样的问题的处理方式。。。但是我知道我说的对不对,希望各路大神指正。
首先得到自己的分子的PDB文件和ITP文件,无论什么方式。将其中的分子名称UNK修改为不与蛋白质与氨基酸缩写相同的自定义名称。
...

理论上是这样,但是写入自己分子的原子结构键角等数据实在是太麻烦了,例如那个GROUP根本不知道是怎么分的。。。
3楼2018-10-16 16:21:51
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Recycled

新虫 (初入文坛)


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引用回帖:
3楼: Originally posted by 林小布斯基 at 2018-10-16 16:21:51
理论上是这样,但是写入自己分子的原子结构键角等数据实在是太麻烦了,例如那个GROUP根本不知道是怎么分的。。。...

不不不你别自己写啊,有很多在线生成的工具的,但是需要选择你所希望使用的力场的工具,那个可以为你自动生成对应立场下的itp和rtp文件。使用这些工具可以很好的帮助你,自己写文件实在不现实。另外这些生成器一般需要pdb文件作为初始输入,你甚至可以用Chem 3D来输出pdb文件的。
4楼2018-10-16 21:22:41
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