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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 非蛋白体系分子残基如何处理
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林小布斯基

新虫 (初入文坛)

[交流] 非蛋白体系分子残基如何处理 已有1人参与

各位大佬好，我用的是NAMD，现在需要用一个唾液酸的分子，但是拓扑文件里没有唾液酸的RESI，请问该怎么弄？
以及我在一个拓扑文件里找到了唾液酸的patch的PRES，不太清楚到底怎么个用法。。。有没有大佬点拨一下
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1楼 2018-10-14 13:22:43
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Recycled

新虫 (初入文坛)
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刚刚学习了这样的问题的处理方式。。。但是我知道我说的对不对，希望各路大神指正。
首先得到自己的分子的PDB文件和ITP文件，无论什么方式。将其中的分子名称UNK修改为不与蛋白质与氨基酸缩写相同的自定义名称。
在你想用的力场文件夹中找到ATP文件，这个是力场所认识的原子类型，按照其中的原子类型修改自己的PDB ITP文件中的所有原子相关项。
在力场文件夹中找到RTP文件，按照其中的格式写入自己分子的原子，结构，键等数据。
将ITP文件修改格式后，放入力场文件夹。
在FORCEFIELD文件中声明自己加入的ITP文件即可。
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2楼2018-10-15 22:21:05
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林小布斯基

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by Recycled at 2018-10-15 22:21:05
刚刚学习了这样的问题的处理方式。。。但是我知道我说的对不对，希望各路大神指正。
首先得到自己的分子的PDB文件和ITP文件，无论什么方式。将其中的分子名称UNK修改为不与蛋白质与氨基酸缩写相同的自定义名称。
...

理论上是这样，但是写入自己分子的原子结构键角等数据实在是太麻烦了，例如那个GROUP根本不知道是怎么分的。。。
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3楼2018-10-16 16:21:51
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Recycled

新虫 (初入文坛)
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引用回帖:
3楼: Originally posted by 林小布斯基 at 2018-10-16 16:21:51
理论上是这样，但是写入自己分子的原子结构键角等数据实在是太麻烦了，例如那个GROUP根本不知道是怎么分的。。。...

不不不你别自己写啊，有很多在线生成的工具的，但是需要选择你所希望使用的力场的工具，那个可以为你自动生成对应立场下的itp和rtp文件。使用这些工具可以很好的帮助你，自己写文件实在不现实。另外这些生成器一般需要pdb文件作为初始输入，你甚至可以用Chem 3D来输出pdb文件的。
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4楼2018-10-16 21:22:41
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