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NAMD2停止工作
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报错为child killed: unknown signal 曾经尝试过的代码：namd2 ../ugt/ugt_wb_eq.conf > ../ugt/ugt_wb_eq.log namd2 D:/master/software/namd/ugt/ugt/ugt_wb_eq.conf > D:/master/software/namd/ugt/ugt_wb_eq.log 这两条都报错 conf文件如下： ############################################################# ## JOB DESCRIPTION ## ############################################################# # Minimization and Equilibration of # Ubiquitin in a Water Box ############################################################# ## ADJUSTABLE PARAMETERS ## ############################################################# structure D:/master/software/source/UGT1A1/ugt_wb.psf coordinates D:/master/software/source/UGT1A1/ugt_wb.pdb set temperature 310 set outputname ugt_wb_eq firsttimestep 0 ############################################################# ## SIMULATION PARAMETERS ## ############################################################# # Input paraTypeCharmm on parameters D:/master/software/source/namd-tutorial-files/common/par_all27_prot_lipid.inp temperature $temperature # Force-Field Parameters exclude scaled1-4 1-4scaling 1.0 cutoff 12.0 switching on switchdist 10.0 pairlistdist 14.0 # Integrator Parameters timestep 2.0 ;# 2fs/step rigidBonds all ;# needed for 2fs steps nonbondedFreq 1 fullElectFrequency 2 stepspercycle 10 # Constant Temperature Control langevin on ;# do langevin dynamics langevinDamping 1 ;# damping coefficient (gamma) of 1/ps langevinTemp $temperature langevinHydrogen off ;# don\'t couple langevin bath to hydrogens # Periodic Boundary Conditions cellBasisVector1 76.0 0. 0.0 cellBasisVector2 0.0 80.0 0.0 cellBasisVector3 0.0 0 91.0 cellOrigin -0.8328034281730652 -9.533906936645508 32.55881118774414 wrapAll on # PME (for full-system periodic electrostatics) PME on PMEGridSpacing 1.0 #manual grid definition #PMEGridSizeX 45 #PMEGridSizeY 45 #PMEGridSizeZ 48 # Constant Pressure Control (variable volume) useGroupPressure yes ;# needed for rigidBonds useFlexibleCell no useConstantArea no langevinPiston on langevinPistonTarget 1.01325 ;# in bar -> 1 atm langevinPistonPeriod 100.0 langevinPistonDecay 50.0 langevinPistonTemp $temperature # Output outputName $outputname restartfreq 500 ;# 500steps = every 1ps dcdfreq 250 xstFreq 250 outputEnergies 100 outputPressure 100 ############################################################# ## EXTRA PARAMETERS ## ############################################################# ############################################################# ## EXECUTION SCRIPT ## ############################################################# # Minimization minimize 100 reinitvels $temperature run 2500 ;# 5ps 求大神指点。。。。 |
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