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南宫氏

新虫 (初入文坛)

应助: 0 (幼儿园)
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在线: 6.7小时
虫号: 3539334
注册: 2014-11-16
专业: 中药学其他科学问题

[求助] NAMD2停止工作

报错为child killed: unknown signal
曾经尝试过的代码：namd2 ../ugt/ugt_wb_eq.conf > ../ugt/ugt_wb_eq.log
namd2 D:/master/software/namd/ugt/ugt/ugt_wb_eq.conf > D:/master/software/namd/ugt/ugt_wb_eq.log
这两条都报错
conf文件如下：
#############################################################
## JOB DESCRIPTION                                        ##
#############################################################

# Minimization and Equilibration of
# Ubiquitin in a Water Box

#############################################################
## ADJUSTABLE PARAMETERS                                  ##
#############################################################

structure       D:/master/software/source/UGT1A1/ugt_wb.psf
coordinates       D:/master/software/source/UGT1A1/ugt_wb.pdb

set temperature 310
set outputname    ugt_wb_eq

firsttimestep    0

#############################################################
## SIMULATION PARAMETERS                                  ##
#############################################################

# Input
paraTypeCharmm       on
parameters       D:/master/software/source/namd-tutorial-files/common/par_all27_prot_lipid.inp
temperature       $temperature

# Force-Field Parameters
exclude          scaled1-4
1-4scaling       1.0
cutoff             12.0
switching          on
switchdist       10.0
pairlistdist       14.0

# Integrator Parameters
timestep          2.0  ;# 2fs/step
rigidBonds       all  ;# needed for 2fs steps
nonbondedFreq    1
fullElectFrequency  2
stepspercycle    10

# Constant Temperature Control
langevin          on ;# do langevin dynamics
langevinDamping    1    ;# damping coefficient (gamma) of 1/ps
langevinTemp       $temperature
langevinHydrogen off ;# don\'t couple langevin bath to hydrogens

# Periodic Boundary Conditions
cellBasisVector1 76.0 0. 0.0
cellBasisVector2    0.0  80.0 0.0
cellBasisVector3    0.0 0 91.0
cellOrigin       -0.8328034281730652 -9.533906936645508 32.55881118774414

wrapAll          on

# PME (for full-system periodic electrostatics)
PME                on
PMEGridSpacing    1.0

#manual grid definition
#PMEGridSizeX       45
#PMEGridSizeY       45
#PMEGridSizeZ       48

# Constant Pressure Control (variable volume)
useGroupPressure    yes ;# needed for rigidBonds
useFlexibleCell    no
useConstantArea    no

langevinPiston       on
langevinPistonTarget  1.01325 ;#  in bar -> 1 atm
langevinPistonPeriod  100.0
langevinPistonDecay 50.0
langevinPistonTemp $temperature

# Output
outputName       $outputname

restartfreq       500    ;# 500steps = every 1ps
dcdfreq          250
xstFreq          250
outputEnergies    100
outputPressure    100

#############################################################
## EXTRA PARAMETERS                                     ##
#############################################################

#############################################################
## EXECUTION SCRIPT                                     ##
#############################################################

# Minimization
minimize          100
reinitvels       $temperature

run 2500 ;# 5ps

求大神指点。。。。

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