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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 如何根据RMSD来判断稳定性
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雪野千树

新虫 (小有名气)

[求助] 如何根据RMSD来判断稳定性 已有2人参与

跑完MD后，RMSD的波动范围大约多大算是结构稳定

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1楼 2017-11-01 22:47:59
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lpxmclt

新虫 (小有名气)
主链1点几正负0.2，大些也很正常。

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2楼2017-11-01 22:53:21
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雪野千树

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lpxmclt at 2017-11-01 22:53:21
主链1点几正负0.2，大些也很正常。

那如果是其中的子结构呢？比如一段氨基酸残基

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3楼2017-11-02 07:54:40
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雪野千树

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lpxmclt at 2017-11-01 22:53:21
主链1点几正负0.2，大些也很正常。

我的RMSD最大也只有0.2

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4楼2017-11-02 09:01:48
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lpxmclt

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 雪野千树 at 2017-11-02 09:01:48
我的RMSD最大也只有0.2
...

看来你的动力学时间比较短（没100ns）？0.2很稳定了，一般rmsd就是拿来看一下，只要不是太大都没啥问题吧。

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5楼2017-11-04 09:55:01
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飞天ssp

新虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

求助如何计算RMSD值？非常感谢
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hh
6楼2018-04-05 22:29:37
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Pangs

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

主要是稳定下来就好了吧，main chain的一般都是在1.0左右
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7楼2018-04-13 16:13:55
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