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duyuesheng铁虫 (初入文坛)
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AMBER加热时出现问题 已有2人参与
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我在给体系加热时出现了这样的问题，从out文件看，加热只进行了一步就停了，没有报错，加热前的minimization可以跑，按说不是prmtop文件的问题吧。以下是out文件的最后几行。 4. RESULTS -------------------------------------------------------------------------------- | # of SOLUTE degrees of freedom (RNDFP): 74358. | # of SOLVENT degrees of freedom (RNDFS): 0. | NDFMIN = 74358. NUM_NOSHAKE = 0 CORRECTED RNDFP = 74358. | TOTAL # of degrees of freedom (RNDF) = 74358. --------------------------------------------------- APPROXIMATING switch and d/dx switch using CUBIC SPLINE INTERPOLATION using 5000.0 points per unit in tabled values TESTING RELATIVE ERROR over r ranging from 0.0 to cutoff | CHECK switch(x): max rel err = 0.2738E-14 at 2.422500 | CHECK d/dx switch(x): max rel err = 0.8314E-11 at 2.736960 --------------------------------------------------- | Local SIZE OF NONBOND LIST = 1631015 | TOTAL SIZE OF NONBOND LIST = 11550524 NSTEP = 0 TIME(PS) = 0.000 TEMP(K) = 0.00 PRESS = 0.0 Etot = -156610.0437 EKtot = 0.0000 EPtot = -156610.0437 BOND = 171.1398 ANGLE = 584.1696 DIHED = 3001.2537 1-4 NB = 1024.2270 1-4 EEL = 8815.2086 VDWAALS = 29486.5644 EELEC = -199692.6067 EHBOND = 0.0000 RESTRAINT = 0.0000 Ewald error estimate: 0.1163E-03 ------------------------------------------------------------------------------ 以下是输入文件 HRP-H2O2 heat &cntrl imin=0, irest=0, ntx=1, ntb=1, cut=10.0, ntr=1, ntc=2, ntf=2, tempi=0.0, temp0=300.0, ntt=3, ig=-1, gamma_ln=2.0, nstlim=20000, dt=0.002, ntpr=100, ntwx=100, ntwr=1000 / Keep Protein fixed 10.0 RES 1 309 END END |
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2楼2014-11-05 00:11:18
duyuesheng
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