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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » AMBER加热时出现问题
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duyuesheng

铁虫 (初入文坛)

[求助] AMBER加热时出现问题 已有2人参与

我在给体系加热时出现了这样的问题，从out文件看，加热只进行了一步就停了，没有报错，加热前的minimization可以跑，按说不是prmtop文件的问题吧。以下是out文件的最后几行。
  4.  RESULTS
--------------------------------------------------------------------------------

|  # of SOLUTE  degrees of freedom (RNDFP):   74358.
|  # of SOLVENT degrees of freedom (RNDFS):       0.
|  NDFMIN =   74358.     NUM_NOSHAKE =      0     CORRECTED RNDFP =   74358.
|  TOTAL # of degrees of freedom (RNDF) =   74358.
---------------------------------------------------
APPROXIMATING switch and d/dx switch using CUBIC SPLINE INTERPOLATION
using   5000.0 points per unit in tabled values
TESTING RELATIVE ERROR over r ranging from 0.0 to cutoff
| CHECK switch(x): max rel err =   0.2738E-14   at   2.422500
| CHECK d/dx switch(x): max rel err =   0.8314E-11   at   2.736960
---------------------------------------------------
| Local SIZE OF NONBOND LIST =    1631015
| TOTAL SIZE OF NONBOND LIST =   11550524

NSTEP =        0   TIME(PS) =       0.000  TEMP(K) =     0.00  PRESS =     0.0
Etot   =   -156610.0437  EKtot   =         0.0000  EPtot      =   -156610.0437
BOND   =       171.1398  ANGLE   =       584.1696  DIHED      =      3001.2537
1-4 NB =      1024.2270  1-4 EEL =      8815.2086  VDWAALS    =     29486.5644
EELEC  =   -199692.6067  EHBOND  =         0.0000  RESTRAINT  =         0.0000
Ewald error estimate:   0.1163E-03
------------------------------------------------------------------------------
以下是输入文件
HRP-H2O2 heat
&cntrl
imin=0, irest=0, ntx=1, ntb=1,
cut=10.0, ntr=1, ntc=2, ntf=2,
tempi=0.0, temp0=300.0, ntt=3,
ig=-1, gamma_ln=2.0, nstlim=20000,
dt=0.002, ntpr=100, ntwx=100, ntwr=1000
/
Keep Protein fixed
10.0
RES 1 309
END
END
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1楼 2014-11-04 22:00:44
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分迪科技

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
“TESTING RELATIVE ERROR over r ranging from 0.0 to cutoff”  你可以把cutoff改小点，8 这样的试试。
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http://www.moldesigner.com/ 分迪科技提供分子对接、分子动力学、同源模建、虚拟筛选等技术服务。
2楼2014-11-05 00:11:18
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duyuesheng

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 分迪科技 at 2014-11-05 00:11:18
“TESTING RELATIVE ERROR over r ranging from 0.0 to cutoff”  你可以把cutoff改小点，8 这样的试试。

感谢你的回复，但减小cutoff还是没有解决问题
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3楼2014-11-05 09:15:25
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ferlich

禁虫 (小有名气)
感谢参与，应助指数 +1
本帖内容被屏蔽
4楼2014-11-05 10:32:31
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duyuesheng

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by ferlich at 2014-11-05 10:32:31
你的结构有问题，看看结构上是否有靠的很近的，甚至重叠的原子。

amber maillist对于你这个出错的回复

The error is the NaNQ values for VDWAALS and EEL. This suggests you have problems with your start ...

已经用cpptraj的check检查过结构了，没有距离太近的原子
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5楼2014-11-10 11:00:41
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chuxiao9299

新虫 (初入文坛)
尴尬。。我也遇到这个问题了，我先把rst文件转化成rst7，再转成pdb，再用tleap检查，tleap说结构ok，只有3个警告说有3个水分子的原子间距离1.5埃左右。。maillist至今也只有那一个韩国人问过这个问题。所以大概可以忽略它？
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6楼2018-04-07 21:22:31
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