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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » Amber 跑动力学，运行7分钟左右就停止
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菊子0909

铁虫 (小有名气)

[求助] Amber 跑动力学，运行7分钟左右就停止

最近用Amber跑动力学，不加配体的蛋白可以很顺利的跑起来，加了配体之后，总是跑几分钟就停止了
> check UNK
Checking 'UNK'....
Checking parameters for unit 'UNK'.
Checking for bond parameters.
Checking for angle parameters.
Unit is OK.
Checking parameters for unit 'mol'.
Checking for bond parameters.
Checking for angle parameters.
check:  Warnings: 80
Unit is OK.
配体和蛋白处理后都check了，都是Unit is OK
有哪位大神知道问题出在哪了吗？
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1楼 2018-06-23 20:41:23
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匿名

用户注销 (小有名气)
本帖仅楼主可见
赞一下
2楼2018-08-21 06:30:16
已阅   申请模拟EPI   回复此楼   编辑   查看我的主页

李雨婉

新虫 (小有名气)
你要看一下你的warnings是什么，有的warnings是不能忽视，而是要解决的。

发自小木虫IOS客户端
赞一下 回复此楼
3楼2018-08-29 09:02:15
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