应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » do_dssp 使用求助
131/2返回列表12下一页
查看: 3574  |  回复: 12
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

[求助] do_dssp 使用求助

我先从 ftp://ftp.cmbi.ru.nl/pub/software/dssp/  下载了linux 版本的dssp
解压缩到目录/home/jiaobao/ruanjian/dssp/
之后重新命名为dssp
然后使用 export DSSP=/home/jiaobao/ruanjian/dssp/dssp
这一步根据http://www.gromacs.org/Documentation/Gromacs_Utilities/do_dssp
可是我在使用的时候，出现错误：
Fatal error:
DSSP executable (/usr/local/bin/dssp) does not exist (use setenv DSSP)
For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors
-------------------------------------------------------
有时候是
Fatal error:
Failed to execute command: /usr/local/bin/dssp -na dduh3nVZ ddgIvCrU > /dev/null 2> /dev/null
For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors
-------------------------------------------------------

纠结了很久还是没有搞定，哪位前辈用过这个？
请多指教！
非常感谢！

[ Last edited by jiaoyixiong on 2011-11-29 at 11:15 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2011-11-29 11:03:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 转基因猴子 at 2013-10-14 17:56:55
这是在win下进行转换还是linux下啊？为什么出现了个.exe...

在XP 系统下进行的
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2013-10-14 19:19:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

转基因猴子

木虫 (正式写手)
我的usr/local/bin里面已经有dssp了，但是运用do_dssp这个命令的时候也出现了以下问题
Fatal error:
Failed to execute command: /usr/local/bin/dssp -na dduh3nVZ ddgIvCrU > /dev/null 2> /dev/null
For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors
请教楼主是否已经解决及时如何解决的？谢谢
赞一下 回复此楼
我还年轻，我要上路！
2楼2013-10-14 15:46:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 转基因猴子 at 2013-10-14 15:46:51
我的usr/local/bin里面已经有dssp了，但是运用do_dssp这个命令的时候也出现了以下问题
Fatal error:
Failed to execute command: /usr/local/bin/dssp -na dduh3nVZ ddgIvCrU > /dev/null 2> /dev/null
Fo ...

这是计算蛋白质的二级结构的工具， 这个 do_dssp 也没有使用成功。我后来我找了一个可执行文件直接生成用的：

dssp.exe -i sp_c.pdb -o sp_c.dssp
赞一下 回复此楼
3楼2013-10-14 16:06:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

转基因猴子

木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-10-14 16:06:33
这是计算蛋白质的二级结构的工具， 这个 do_dssp 也没有使用成功。我后来我找了一个可执行文件直接生成用的：

dssp.exe -i sp_c.pdb -o sp_c.dssp...

这是在win下进行转换还是linux下啊？为什么出现了个.exe
赞一下 回复此楼
我还年轻，我要上路！
4楼2013-10-14 17:56:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

转基因猴子

木虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-10-14 19:19:31
在XP 系统下进行的...

好的，谢谢你哦
回复此楼
我还年轻，我要上路！
6楼2013-10-14 19:25:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

转基因猴子

木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 转基因猴子 at 2013-10-14 17:56:55
这是在win下进行转换还是linux下啊？为什么出现了个.exe...

我在win下用dssp.exe运算时出问题了。我将dssp.exe和我的pdb文件都放在桌面，在命令提示符中输入命令之后出现no such file，能告诉我这是什么问题吗？
do_dssp 使用求助
捕获.JPG
赞一下 回复此楼
我还年轻，我要上路！
7楼2013-10-15 09:43:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 转基因猴子 at 2013-10-15 09:43:13
我在win下用dssp.exe运算时出问题了。我将dssp.exe和我的pdb文件都放在桌面，在命令提示符中输入命令之后出现no such file，能告诉我这是什么问题吗？

捕获.JPG
...

maybe you need to check your input and output file name, then you will get it
赞一下 回复此楼
8楼2013-10-15 09:58:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

转基因猴子

木虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-10-15 09:58:59
maybe you need to check your input and output file name, then you will get it...

input name正确，output name不是可以随意取的。还是一样的问题，能告诉我怎么解决吗？
do_dssp 使用求助-1
捕获.JPG
赞一下 回复此楼
我还年轻，我要上路！
9楼2013-10-15 11:46:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

紫漠残星

木虫 (正式写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 转基因猴子 at 2013-10-15 11:46:19
input name正确，output name不是可以随意取的。还是一样的问题，能告诉我怎么解决吗？

捕获.JPG
...

和linux一样，要在文件所在目录输入命令，在win7系统文件所在目录下摁住shift，点右键可以打开当前目录的命令窗口，
赞一下 回复此楼
努力，不放弃
10楼2013-10-18 10:48:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 jiaoyixiong 的主题更新
131/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 328求调剂，英语六级551，有科研经历 +3 生物工程调剂 2026-03-16 4/200 2026-03-16 20:13 by Wangjingyue
[考研] 326求调剂 +4 诺贝尔化学奖觊� 2026-03-15 7/350 2026-03-16 17:11 by 诺贝尔化学奖觊�
[考研] 304求调剂 +3 曼殊2266 2026-03-14 3/150 2026-03-16 16:39 by houyaoxu
[考研] 0703化学调剂 290分有科研经历，论文在投 +7 腻腻gk 2026-03-14 7/350 2026-03-16 10:12 by houyaoxu
[硕博家园] 深圳大学硕士招生（2026秋，传感器方向，仅录取第一志愿） +4 xujiaoszu 2026-03-11 8/400 2026-03-16 09:45 by xujiaoszu
[基金申请] NSFC申报书里申请人简历中代表性论著还需要在申报书最后的附件里面再上传一遍吗 20+5 NSFC2026我来了 2026-03-10 14/700 2026-03-15 23:53 by 不负韶华的虎
[考研] 26考研一志愿中国石油大学(华东)305分求调剂 +3 嘉年新程 2026-03-15 3/150 2026-03-15 13:58 by 哈哈哈哈嘿嘿嘿
[考研] 294求调剂 +3 Zys010410@ 2026-03-13 4/200 2026-03-15 10:59 by zhq0425
[考研] 328求调剂 +3 5201314Lsy！ 2026-03-13 6/300 2026-03-14 15:31 by hyswxzs
[考研] 调剂 +3 13853210211 2026-03-10 3/150 2026-03-14 00:47 by JourneyLucky
[考研] 一志愿华中农业大学071010，总分三百二,求调剂 +3 困困困困坤坤 2026-03-10 3/150 2026-03-14 00:35 by JourneyLucky
[考研] 311求调剂 +5 牛乳糖的卡卡 2026-03-10 5/250 2026-03-14 00:05 by JourneyLucky
[考研] 279求调剂 +3 抓着星星的女孩 2026-03-10 3/150 2026-03-13 23:47 by userper
[考研] 0703，333分求调剂 一志愿郑州大学-物理化学 +3 李魔女斗篷 2026-03-11 3/150 2026-03-13 22:24 by JourneyLucky
[考研] 285化工学硕求调剂（081700） +6 柴郡猫_ 2026-03-12 6/300 2026-03-13 20:46 by hmn_wj
[考研] 311求调剂 +3 冬十三 2026-03-13 3/150 2026-03-13 20:41 by JourneyLucky
[考研] 材料专硕350 求调剂 +4 王金科 2026-03-12 4/200 2026-03-13 16:02 by ruiyingmiao
[考研] 一志愿211化学学硕310分求调剂 +8 努力奋斗112 2026-03-12 9/450 2026-03-13 15:41 by JourneyLucky
[考研] 274求调剂0856材料化工 +12 z2839474511 2026-03-11 13/650 2026-03-13 10:39 by peike
[考研] 081200-11408-276学硕求调剂 +3 崔wj 2026-03-12 4/200 2026-03-12 19:33 by 求调剂zz
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭