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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

[求助] do_dssp 使用求助

我先从 ftp://ftp.cmbi.ru.nl/pub/software/dssp/  下载了linux 版本的dssp
解压缩到目录/home/jiaobao/ruanjian/dssp/
之后重新命名为dssp
然后使用 export DSSP=/home/jiaobao/ruanjian/dssp/dssp
这一步根据http://www.gromacs.org/Documentation/Gromacs_Utilities/do_dssp
可是我在使用的时候,出现错误:
Fatal error:
DSSP executable (/usr/local/bin/dssp) does not exist (use setenv DSSP)
For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors
-------------------------------------------------------
有时候是
Fatal error:
Failed to execute command: /usr/local/bin/dssp -na dduh3nVZ ddgIvCrU > /dev/null 2> /dev/null
For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors
-------------------------------------------------------

纠结了很久还是没有搞定,哪位前辈用过这个?
请多指教!
非常感谢!

[ Last edited by jiaoyixiong on 2011-11-29 at 11:15 ]
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 转基因猴子 at 2013-10-14 17:56:55
这是在win下进行转换还是linux下啊?为什么出现了个.exe...

在XP 系统下进行的
5楼2013-10-14 19:19:31
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普通回帖

转基因猴子

木虫 (正式写手)

我的usr/local/bin里面已经有dssp了,但是运用do_dssp这个命令的时候也出现了以下问题
Fatal error:
Failed to execute command: /usr/local/bin/dssp -na dduh3nVZ ddgIvCrU > /dev/null 2> /dev/null
For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors
请教楼主是否已经解决及时如何解决的?谢谢
我还年轻,我要上路!
2楼2013-10-14 15:46:51
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 转基因猴子 at 2013-10-14 15:46:51
我的usr/local/bin里面已经有dssp了,但是运用do_dssp这个命令的时候也出现了以下问题
Fatal error:
Failed to execute command: /usr/local/bin/dssp -na dduh3nVZ ddgIvCrU > /dev/null 2> /dev/null
Fo ...

这是计算蛋白质的二级结构的工具, 这个 do_dssp 也没有使用成功。我后来我找了一个可执行文件直接生成用的:

dssp.exe -i sp_c.pdb -o sp_c.dssp
3楼2013-10-14 16:06:33
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转基因猴子

木虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-10-14 16:06:33
这是计算蛋白质的二级结构的工具, 这个 do_dssp 也没有使用成功。我后来我找了一个可执行文件直接生成用的:

dssp.exe -i sp_c.pdb -o sp_c.dssp...

这是在win下进行转换还是linux下啊?为什么出现了个.exe
我还年轻,我要上路!
4楼2013-10-14 17:56:55
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转基因猴子

木虫 (正式写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-10-14 19:19:31
在XP 系统下进行的...

好的,谢谢你哦
我还年轻,我要上路!
6楼2013-10-14 19:25:55
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转基因猴子

木虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 转基因猴子 at 2013-10-14 17:56:55
这是在win下进行转换还是linux下啊?为什么出现了个.exe...

我在win下用dssp.exe运算时出问题了。我将dssp.exe和我的pdb文件都放在桌面,在命令提示符中输入命令之后出现no such file,能告诉我这是什么问题吗?
do_dssp 使用求助
捕获.JPG

我还年轻,我要上路!
7楼2013-10-15 09:43:13
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

引用回帖:
7楼: Originally posted by 转基因猴子 at 2013-10-15 09:43:13
我在win下用dssp.exe运算时出问题了。我将dssp.exe和我的pdb文件都放在桌面,在命令提示符中输入命令之后出现no such file,能告诉我这是什么问题吗?

捕获.JPG
...

maybe you need to check your input and output file name, then you will get it
8楼2013-10-15 09:58:59
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转基因猴子

木虫 (正式写手)

引用回帖:
8楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-10-15 09:58:59
maybe you need to check your input and output file name, then you will get it...

input name正确,output name不是可以随意取的。还是一样的问题,能告诉我怎么解决吗?
do_dssp 使用求助-1
捕获.JPG

我还年轻,我要上路!
9楼2013-10-15 11:46:19
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紫漠残星

木虫 (正式写手)

引用回帖:
9楼: Originally posted by 转基因猴子 at 2013-10-15 11:46:19
input name正确,output name不是可以随意取的。还是一样的问题,能告诉我怎么解决吗?

捕获.JPG
...

和linux一样,要在文件所在目录输入命令,在win7系统文件所在目录下摁住shift,点右键可以打开当前目录的命令窗口,
努力,不放弃
10楼2013-10-18 10:48:03
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