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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » do_dssp 使用求助
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

[求助] do_dssp 使用求助

我先从 ftp://ftp.cmbi.ru.nl/pub/software/dssp/  下载了linux 版本的dssp
解压缩到目录/home/jiaobao/ruanjian/dssp/
之后重新命名为dssp
然后使用 export DSSP=/home/jiaobao/ruanjian/dssp/dssp
这一步根据http://www.gromacs.org/Documentation/Gromacs_Utilities/do_dssp
可是我在使用的时候，出现错误：
Fatal error:
DSSP executable (/usr/local/bin/dssp) does not exist (use setenv DSSP)
For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors
-------------------------------------------------------
有时候是
Fatal error:
Failed to execute command: /usr/local/bin/dssp -na dduh3nVZ ddgIvCrU > /dev/null 2> /dev/null
For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors
-------------------------------------------------------

纠结了很久还是没有搞定，哪位前辈用过这个？
请多指教！
非常感谢！

[ Last edited by jiaoyixiong on 2011-11-29 at 11:15 ]
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1楼 2011-11-29 11:03:53
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 转基因猴子 at 2013-10-14 17:56:55
这是在win下进行转换还是linux下啊？为什么出现了个.exe...

在XP 系统下进行的
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5楼2013-10-14 19:19:31
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普通回帖

转基因猴子

木虫 (正式写手)
我的usr/local/bin里面已经有dssp了，但是运用do_dssp这个命令的时候也出现了以下问题
Fatal error:
Failed to execute command: /usr/local/bin/dssp -na dduh3nVZ ddgIvCrU > /dev/null 2> /dev/null
For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors
请教楼主是否已经解决及时如何解决的？谢谢
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我还年轻，我要上路！
2楼2013-10-14 15:46:51
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 转基因猴子 at 2013-10-14 15:46:51
我的usr/local/bin里面已经有dssp了，但是运用do_dssp这个命令的时候也出现了以下问题
Fatal error:
Failed to execute command: /usr/local/bin/dssp -na dduh3nVZ ddgIvCrU > /dev/null 2> /dev/null
Fo ...

这是计算蛋白质的二级结构的工具， 这个 do_dssp 也没有使用成功。我后来我找了一个可执行文件直接生成用的：

dssp.exe -i sp_c.pdb -o sp_c.dssp
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3楼2013-10-14 16:06:33
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转基因猴子

木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-10-14 16:06:33
这是计算蛋白质的二级结构的工具， 这个 do_dssp 也没有使用成功。我后来我找了一个可执行文件直接生成用的：

dssp.exe -i sp_c.pdb -o sp_c.dssp...

这是在win下进行转换还是linux下啊？为什么出现了个.exe
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4楼2013-10-14 17:56:55
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转基因猴子

木虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-10-14 19:19:31
在XP 系统下进行的...

好的，谢谢你哦
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6楼2013-10-14 19:25:55
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转基因猴子

木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 转基因猴子 at 2013-10-14 17:56:55
这是在win下进行转换还是linux下啊？为什么出现了个.exe...

我在win下用dssp.exe运算时出问题了。我将dssp.exe和我的pdb文件都放在桌面，在命令提示符中输入命令之后出现no such file，能告诉我这是什么问题吗？
do_dssp 使用求助
捕获.JPG
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7楼2013-10-15 09:43:13
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 转基因猴子 at 2013-10-15 09:43:13
我在win下用dssp.exe运算时出问题了。我将dssp.exe和我的pdb文件都放在桌面，在命令提示符中输入命令之后出现no such file，能告诉我这是什么问题吗？

捕获.JPG
...

maybe you need to check your input and output file name, then you will get it
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8楼2013-10-15 09:58:59
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转基因猴子

木虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-10-15 09:58:59
maybe you need to check your input and output file name, then you will get it...

input name正确，output name不是可以随意取的。还是一样的问题，能告诉我怎么解决吗？
do_dssp 使用求助-1
捕获.JPG
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9楼2013-10-15 11:46:19
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紫漠残星

木虫 (正式写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 转基因猴子 at 2013-10-15 11:46:19
input name正确，output name不是可以随意取的。还是一样的问题，能告诉我怎么解决吗？

捕获.JPG
...

和linux一样，要在文件所在目录输入命令，在win7系统文件所在目录下摁住shift，点右键可以打开当前目录的命令窗口，
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努力，不放弃
10楼2013-10-18 10:48:03
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