24小时热门版块排行榜    

查看: 2622  |  回复: 3

lingogo

金虫 (小有名气)

[求助] 求助啊!!为什么amber最小化的时候没有rst输出文件,out文件也只有几行?

求助啊!!为什么amber最小化的时候没有rst输出文件,out文件也只有几行?但是sander还是在跑的。。下面有out 文件。。
File Assignments:
|  MDIN: min1.in                                                               
| MDOUT: min1.out                                                              
|INPCRD: complex-wat.inpcrd                                                   
|  PARM: complex-wat.prmtop                                                   
|RESTRT: min1.rst                                                              
|  REFC: complex-wat.inpcrd                                                   
| MDVEL: mdvel                                                                 
|  MDEN: mden                                                                  
| MDCRD: mdcrd                                                                 
|MDINFO: mdinfo                                                               
|INPDIP: inpdip                                                               
|RSTDIP: rstdip                                                               

|INPTRA: inptraj                                                               
|

Here is the input file:

stage1:fixed the protein                                                      
&cntrl                                                                        
  imin=1,ntb=1,cut=12,                                                         
  maxcyc=5000,ncyc=3000,                                                         
  ntr=1,restraint_wt=10,                                                      
  restraintmask=':1-239'                                                      
/                                                                              

--------------------------------------------------------------------------------
   1.  RESOURCE   USE:
--------------------------------------------------------------------------------

| Flags:                                                                        
getting new box info from bottom of inpcrd
|  INFO: Old style inpcrd file read

| peek_ewald_inpcrd: Box info not found in inpcrd
|Largest sphere to fit in unit cell has radius =     0.000
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fantastic

银虫 (著名写手)


【答案】应助回帖

★ ★
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-01-11 08:42:28
rst记录的是MD过程之中体系的轨迹与速度,能量最小化不是MD过程,只是寻找势能面上最小值的过程~
2楼2013-01-10 18:17:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yaozhq

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

跑完之后也只是取结构来使用的
3楼2013-01-11 14:20:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Hejunmei

新虫 (初入文坛)

楼主解决了吗?
4楼2018-04-13 08:59:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 lingogo 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 3xN9SualEUPt 2026-10-24 4/200 2026-10-25 14:20 by XiYP04It3Evb
[论文投稿] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 3xN9SualEUPt 2026-10-24 4/200 2026-10-25 13:54 by XiYP04It3Evb
[考博] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 DI1qFHFK0KbE 2026-10-24 4/200 2026-10-25 13:28 by XiYP04It3Evb
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 DI1qFHFK0KbE 2026-10-24 4/200 2026-10-25 13:18 by XiYP04It3Evb
[考研] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +4 7xHjyB3bAiwg 2026-10-24 4/200 2026-10-25 13:15 by XiYP04It3Evb
[找工作] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +6 7xHjyB3bAiwg 2026-10-24 6/300 2026-10-25 13:11 by XiYP04It3Evb
[博后之家] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 7xHjyB3bAiwg 2026-10-23 9/450 2026-10-25 13:02 by XiYP04It3Evb
[找工作] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +5 7xHjyB3bAiwg 2026-10-23 10/500 2026-10-25 12:51 by XiYP04It3Evb
[博后之家] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 7xHjyB3bAiwg 2026-10-23 11/550 2026-10-25 12:49 by XiYP04It3Evb
[公派出国] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 7xHjyB3bAiwg 2026-10-23 10/500 2026-10-25 12:49 by XiYP04It3Evb
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 7xHjyB3bAiwg 2026-10-23 11/550 2026-10-25 12:45 by XiYP04It3Evb
[找工作] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 7xHjyB3bAiwg 2026-10-23 4/200 2026-10-25 12:36 by XiYP04It3Evb
[考博] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 7xHjyB3bAiwg 2026-10-23 4/200 2026-10-25 12:32 by XiYP04It3Evb
[公派出国] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4 GVGRDgNfv7P4 2026-10-23 9/450 2026-10-25 12:10 by XiYP04It3Evb
[博后之家] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 7xHjyB3bAiwg 2026-10-24 4/200 2026-10-25 01:22 by XcOYG53d3x4p
[考研] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4 7xHjyB3bAiwg 2026-10-23 8/400 2026-10-25 00:15 by XcOYG53d3x4p
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 7xHjyB3bAiwg 2026-10-23 8/400 2026-10-24 22:56 by XcOYG53d3x4p
[公派出国] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 7xHjyB3bAiwg 2026-10-24 3/150 2026-10-24 18:23 by WqtG0Aem8Ufl
[文学芳草园] 说走就走,走到哪便是哪 +5 Amei_123 2026-10-18 10/500 2026-10-23 22:38 by Amei_123
[考博] 郑州大学申博 +5 stars~ 2026-10-19 8/400 2026-10-22 15:06 by stars~
信息提示
请填处理意见