应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 求助啊！！为什么amber最小化的时候没有rst输出文件，out文件也只有几行？
41/1返回列表
查看: 2531  |  回复: 3
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

lingogo

金虫 (小有名气)

[求助] 求助啊！！为什么amber最小化的时候没有rst输出文件，out文件也只有几行？

求助啊！！为什么amber最小化的时候没有rst输出文件，out文件也只有几行？但是sander还是在跑的。。下面有out 文件。。
File Assignments:
|  MDIN: min1.in                                                               
| MDOUT: min1.out                                                              
|INPCRD: complex-wat.inpcrd                                                   
|  PARM: complex-wat.prmtop                                                   
|RESTRT: min1.rst                                                              
|  REFC: complex-wat.inpcrd                                                   
| MDVEL: mdvel                                                                 
|  MDEN: mden                                                                  
| MDCRD: mdcrd                                                                 
|MDINFO: mdinfo                                                               
|INPDIP: inpdip                                                               
|RSTDIP: rstdip                                                               

|INPTRA: inptraj                                                               
|

Here is the input file:

stage1:fixed the protein                                                      
&cntrl                                                                        
  imin=1,ntb=1,cut=12,                                                         
  maxcyc=5000,ncyc=3000,                                                         
  ntr=1,restraint_wt=10,                                                      
  restraintmask=':1-239'                                                      
/                                                                              

--------------------------------------------------------------------------------
   1.  RESOURCE   USE:
--------------------------------------------------------------------------------

| Flags:                                                                        
getting new box info from bottom of inpcrd
|  INFO: Old style inpcrd file read

| peek_ewald_inpcrd: Box info not found in inpcrd
|Largest sphere to fit in unit cell has radius =     0.000
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2012-12-29 16:22:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fantastic

银虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-01-11 08:42:28
rst记录的是MD过程之中体系的轨迹与速度，能量最小化不是MD过程，只是寻找势能面上最小值的过程～
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2013-01-10 18:17:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yaozhq

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

跑完之后也只是取结构来使用的
赞一下 回复此楼
3楼2013-01-11 14:20:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Hejunmei

新虫 (初入文坛)
楼主解决了吗？
回复此楼
4楼2018-04-13 08:59:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 lingogo 的主题更新
41/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭