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cderic铁杆木虫 (小有名气)
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Amber10作业正常提交，但是无".mdcrd"和".rst"结果文件生成
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利用amber10对酶（不含杂原子和配体）进行MD优化的时候，前82ns都能正常结束，但是在读入82ns产生的“.rst”结果文件继续进行MD时，出现奇怪现象： （1）计算不提示错误，作业能够正常提交，正常运行计算； （2）提交作业计算几个小时，".out"生成文件只有短短几行（如下所示。正常的out文件应该是随着MD进行，体系的能量在不断计算更新的），文件显示到“| INFO: Old style inpcrd file read”就结束了。此时在后台显示MD仍在正常计算； （3）正常计算过程，只要MD开始计算，即刻生成".mdcrd"和".rst"结果文件，但是本次MD在同样条件下计算了将近一天也没有“.mdcrd”和“.rst”文件生成，请各位高手赐教。 ------------------------------------------------------- Amber 10 SANDER 2008 ------------------------------------------------------- | Run on 04/27/2012 at 12:58:34 [-O]verwriting output File Assignments: | MDIN: equil13_4ns.in | MDOUT: equil13_4ns.out |INPCRD: equil13_2ns.rst | PARM: hces2.prmtop |RESTRT: equil13_4ns.rst | REFC: refc | MDVEL: mdvel | MDEN: mden | MDCRD: equil13_4ns.mdcrd |MDINFO: mdinfo |INPDIP: inpdip |RSTDIP: rstdip |INPTRA: inptraj | Here is the input file: Stage 2 equilibration of hces2 82-84ns &cntrl imin=0,irest=1,ntx=7,cut=8,ntc=2,ntf=2, ntb=2,pres0=1.0,ntp=1,taup=2.0, tempi=300,temp0=300, ntt=3,gamma_ln=1.0, nstlim=1000000,dt=0.002, ntpr=1000,ntwx=10000,ntwr=10000 / -------------------------------------------------------------------------------- 1. RESOURCE USE: -------------------------------------------------------------------------------- | Flags: MPI USE_MPI_IN_PLACE getting new box info from bottom of inpcrd | INFO: Old style inpcrd file read [ Last edited by cderic on 2012-4-28 at 16:00 ] |
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cderic
2楼2012-05-02 10:36:22
cderic
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cderic
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