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cderic

铁杆木虫 (小有名气)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 6101.3
红花: 2
帖子: 68
在线: 31.1小时
虫号: 506776
注册: 2008-02-18
性别: GG
专业: 理论和计算化学

[求助] Amber10作业正常提交，但是无".mdcrd"和".rst"结果文件生成

利用amber10对酶（不含杂原子和配体）进行MD优化的时候，前82ns都能正常结束，但是在读入82ns产生的“.rst”结果文件继续进行MD时，出现奇怪现象：
（1）计算不提示错误，作业能够正常提交，正常运行计算；
（2）提交作业计算几个小时，".out"生成文件只有短短几行（如下所示。正常的out文件应该是随着MD进行，体系的能量在不断计算更新的），文件显示到“|  INFO: Old style inpcrd file read”就结束了。此时在后台显示MD仍在正常计算；
（3）正常计算过程，只要MD开始计算，即刻生成".mdcrd"和".rst"结果文件，但是本次MD在同样条件下计算了将近一天也没有“.mdcrd”和“.rst”文件生成，请各位高手赐教。

  -------------------------------------------------------
      Amber 10 SANDER                            2008
      -------------------------------------------------------

| Run on 04/27/2012 at 12:58:34
  [-O]verwriting output

File Assignments:
|  MDIN: equil13_4ns.in
| MDOUT: equil13_4ns.out
|INPCRD: equil13_2ns.rst
|  PARM: hces2.prmtop
|RESTRT: equil13_4ns.rst
|  REFC: refc
| MDVEL: mdvel
|  MDEN: mden
| MDCRD: equil13_4ns.mdcrd
|MDINFO: mdinfo
|INPDIP: inpdip
|RSTDIP: rstdip

|INPTRA: inptraj
|

Here is the input file:

Stage 2 equilibration of hces2 82-84ns
&cntrl
imin=0,irest=1,ntx=7,cut=8,ntc=2,ntf=2,
ntb=2,pres0=1.0,ntp=1,taup=2.0,
tempi=300,temp0=300,
ntt=3,gamma_ln=1.0,
nstlim=1000000,dt=0.002,
ntpr=1000,ntwx=10000,ntwr=10000
/

--------------------------------------------------------------------------------
1.  RESOURCE USE:
--------------------------------------------------------------------------------

| Flags: MPI USE_MPI_IN_PLACE
getting new box info from bottom of inpcrd
|  INFO: Old style inpcrd file read

[ Last edited by cderic on 2012-4-28 at 16:00 ]

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