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lingogo

金虫 (小有名气)

[求助] 求助啊!!为什么amber最小化的时候没有rst输出文件,out文件也只有几行?

求助啊!!为什么amber最小化的时候没有rst输出文件,out文件也只有几行?但是sander还是在跑的。。下面有out 文件。。
File Assignments:
|  MDIN: min1.in                                                               
| MDOUT: min1.out                                                              
|INPCRD: complex-wat.inpcrd                                                   
|  PARM: complex-wat.prmtop                                                   
|RESTRT: min1.rst                                                              
|  REFC: complex-wat.inpcrd                                                   
| MDVEL: mdvel                                                                 
|  MDEN: mden                                                                  
| MDCRD: mdcrd                                                                 
|MDINFO: mdinfo                                                               
|INPDIP: inpdip                                                               
|RSTDIP: rstdip                                                               

|INPTRA: inptraj                                                               
|

Here is the input file:

stage1:fixed the protein                                                      
&cntrl                                                                        
  imin=1,ntb=1,cut=12,                                                         
  maxcyc=5000,ncyc=3000,                                                         
  ntr=1,restraint_wt=10,                                                      
  restraintmask=':1-239'                                                      
/                                                                              

--------------------------------------------------------------------------------
   1.  RESOURCE   USE:
--------------------------------------------------------------------------------

| Flags:                                                                        
getting new box info from bottom of inpcrd
|  INFO: Old style inpcrd file read

| peek_ewald_inpcrd: Box info not found in inpcrd
|Largest sphere to fit in unit cell has radius =     0.000
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fantastic

银虫 (著名写手)


【答案】应助回帖

★ ★
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-01-11 08:42:28
rst记录的是MD过程之中体系的轨迹与速度,能量最小化不是MD过程,只是寻找势能面上最小值的过程~
2楼2013-01-10 18:17:22
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yaozhq

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

跑完之后也只是取结构来使用的
3楼2013-01-11 14:20:44
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Hejunmei

新虫 (初入文坛)

楼主解决了吗?
4楼2018-04-13 08:59:41
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