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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 将糖链的PDB生成PSF文件
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匿名

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11楼2014-11-19 12:15:46
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余余余小钊呀

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
10楼: Originally posted by 916756502 at 2014-10-29 15:28:22
生成psf过程中产生了一个pdb和一个psf文件，只在VMD里打开pdb会出现你说的奇怪键结的现象，不过你先打开psf再导入pdb，就会看到分子之间是断开的了。我还在纠结这个断开问题，这个问题不解决我没法继续往下做...

你好，我目前也在做nag小分子的动力学，在生成psf遇到了类似的情况，想问一下问题出错的原因是什么呢
我是用高斯建了一个pdb文件，然后根据拓扑文件改了pdb为标准格式，但是生成psf总是出错

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12楼2018-05-11 13:12:15
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