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将糖链的PDB生成PSF文件 已有1人参与
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| 我是刚开始接触用NAMD动力学分析这块，现在需要把一个糖链生成psf文件，可是生成后放到VMD里看有问题，各个残基断开了，就是不是一条链了，不是只加氢吗，为什么也多加了氧把链拆开了？就是糖生成psf需要注意什么呢？谢谢高手解答我的疑问 |
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你好，我目前也在做nag小分子的动力学，在生成psf遇到了类似的情况，想问一下问题出错的原因是什么呢 我是用高斯建了一个pdb文件，然后根据拓扑文件改了pdb为标准格式，但是生成psf总是出错 发自小木虫Android客户端 |
12楼2018-05-11 13:12:15
gn02530640
专家顾问
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2楼2014-10-25 10:05:59
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?????????????л????????top????????л??????г??? BMA---BMAN MAN---AMAN NAG?????????BGLCNA?????top??????кü?????????塣??????????NAG??????6?????????????????????????5???????????????????????????????????????????? ???????????????????????psf??????????pdb??? |
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- 附件 2 : tang.pdb
2014-10-27 08:52:06, 274.31 K
2014-10-27 08:52:23, 8.36 K
3楼2014-10-27 08:56:30
gn02530640
管理员
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【答案】应助回帖
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YAYA_Z: 金币+5, ★★★很有帮助, 感谢帮助 2014-10-27 14:41:10
YAYA_Z: 金币+5, ★★★很有帮助, 感谢帮助 2014-10-27 14:41:10
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完成了，请楼主先看一下我做出来的文件是否可行。 压缩文件中的 tang_mod.pdb 和 top_all36_carb_mod.rtf 是我将原本的 tang.pdb 还有 top_all36_carb.rtf 部分内容修改过后的档案，而 tang_new.pdb 和 tang_new.psf 则是用 psfgen 所生成的档案。 关于残基断开的问题： 在利用 psfgen 生成 psf 文件时，必须注意到，pdb 的 atom name 和 residue name 必须和 top 文件里的定义完全相同。 举例来说，必须将 pdb 文件中的 BMA 残基名称改成 top 文件所定义的 BMAN， 此外，pdb 文件中 NAG 残基的 C7 C8 N2 O7 这几个原子在 top 文件中 BGLCNA 的命名分别是 C CT N O， 因此也有必要将 atom name 作修改。 另外，由于 pdb 的 residue name 最长似乎只能用4个字母代表，因此我将top文件 BGLCNA 残基的名称改成 BGL，基本上只要注意别跟其他残基名称重复就行了。 大致上就这样  |
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2014-10-27 13:39:50, 72.95 K
4楼2014-10-27 14:13:57
