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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 将糖链的PDB生成PSF文件
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YAYA_Z

新虫 (初入文坛)

[求助] 将糖链的PDB生成PSF文件已有1人参与

我是刚开始接触用NAMD动力学分析这块，现在需要把一个糖链生成psf文件，可是生成后放到VMD里看有问题，各个残基断开了，就是不是一条链了，不是只加氢吗，为什么也多加了氧把链拆开了？就是糖生成psf需要注意什么呢？谢谢高手解答我的疑问
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1楼2014-10-24 09:54:56
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余余余小钊呀

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
10楼: Originally posted by 916756502 at 2014-10-29 15:28:22
生成psf过程中产生了一个pdb和一个psf文件，只在VMD里打开pdb会出现你说的奇怪键结的现象，不过你先打开psf再导入pdb，就会看到分子之间是断开的了。我还在纠结这个断开问题，这个问题不解决我没法继续往下做...

你好，我目前也在做nag小分子的动力学，在生成psf遇到了类似的情况，想问一下问题出错的原因是什么呢
我是用高斯建了一个pdb文件，然后根据拓扑文件改了pdb为标准格式，但是生成psf总是出错

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12楼2018-05-11 13:12:15
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gn02530640

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
Psf檔只負責記錄結構資�?，沒有辦法單獨顯示。我猜您指的是用psfgen 重新產生的pdb檔?

另外麻煩把pdb文件和top文件中關於糖鏈的定義資�?貼上?戆桑乙彩荖AMD新手，大家一起交流交流
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2楼2014-10-25 10:05:59
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YAYA_Z

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by gn02530640 at 2014-10-25 10:05:59
Psf檔只負責記錄結構資�?，沒有辦法單獨顯示。我猜您指的是用psfgen 重新產生的pdb檔?

另外麻煩把pdb文件和top文件中關於糖鏈的定義資�?貼上?戆桑乙彩荖AMD新手，大家一起交流交流

糖里面有三个残基我把对应于top文件里面的残基给你列出来
BMA---BMAN
MAN---AMAN
NAG我选择对应的BGLCNA，因为top文件里有好几个同分异构体。有一个疑问，NAG里面有6个氧，可是在糖链里面它只有5个氧了，是不是脱水的原因？这样的话不对应啊，怎么解决？
我帖子里说链断开了就是生成psf后一起生成的pdb文件
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  • 附件 1 : top_all36_carb.rtf
    • 2014-10-27 08:52:06, 274.31 K
  • 附件 2 : tang.pdb
    • 2014-10-27 08:52:23, 8.36 K
3楼2014-10-27 08:56:30
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gn02530640

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
YAYA_Z: 金币+5, ★★★很有帮助, 感谢帮助 2014-10-27 14:41:10
完成了，请楼主先看一下我做出来的文件是否可行。

压缩文件中的 tang_mod.pdb 和 top_all36_carb_mod.rtf 是我将原本的 tang.pdb 还有 top_all36_carb.rtf 部分内容修改过后的档案，而 tang_new.pdb 和 tang_new.psf 则是用 psfgen 所生成的档案。

关于残基断开的问题：
在利用 psfgen 生成 psf 文件时，必须注意到，pdb 的 atom name 和 residue name 必须和 top 文件里的定义完全相同。
举例来说，必须将 pdb 文件中的 BMA 残基名称改成 top 文件所定义的 BMAN，
此外，pdb 文件中 NAG 残基的 C7 C8 N2 O7 这几个原子在 top 文件中 BGLCNA 的命名分别是 C CT N O，
因此也有必要将 atom name 作修改。

另外，由于 pdb 的 residue name 最长似乎只能用4个字母代表，因此我将top文件 BGLCNA 残基的名称改成 BGL，基本上只要注意别跟其他残基名称重复就行了。

大致上就这样
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  • 附件 1 : tang.rar
    • 2014-10-27 13:39:50, 72.95 K
4楼2014-10-27 14:13:57
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