| 查看: 2156 | 回复: 11 | |||
[求助]
将糖链的PDB生成PSF文件 已有1人参与
|
|||
| 我是刚开始接触用NAMD动力学分析这块，现在需要把一个糖链生成psf文件，可是生成后放到VMD里看有问题，各个残基断开了，就是不是一条链了，不是只加氢吗，为什么也多加了氧把链拆开了？就是糖生成psf需要注意什么呢？谢谢高手解答我的疑问 |
回复此楼» 猜你喜欢
302求调剂
已经有6人回复
-
11408 一志愿西电，277分求调剂
已经有3人回复
-
化学工程321分求调剂
已经有13人回复
-
341求调剂
已经有5人回复
-
材料与化工304求B区调剂
已经有7人回复
-
0703化学336分求调剂
已经有4人回复
-
[复试调剂]西南科技大学国防/材料导师推荐
已经有6人回复
-
211本，11408一志愿中科院277分，曾在中科院自动化所实习
已经有4人回复
-
材料专硕326求调剂
已经有5人回复
-
东南大学364求调剂
已经有5人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- amber 里生成pdb文件的命令
已经有8人回复
- 如何用pdb的格式的文件生成psf的格式的文件
已经有7人回复
- 我有sdf和mol2文件，请问在什么网站里可以生成PDB格式文件
已经有6人回复
- gromacs 添加新的力场pdb2gmx报错
已经有5人回复
- gromacs，用pdb文件生成top文件时遇到的问题
已经有4人回复
- 如何做二肽的pdb和psf文件，望高手赐教，急急。
已经有5人回复
- 【求助】无法生成环糊精的psf文件
已经有4人回复
- 【求助】如何合并文件 pdb psf
已经有4人回复
- 【求助】求助psf文件的生成
已经有4人回复
- 【求助】如何生成聚乙烯的psf文件
已经有11人回复
- 【求助】psf文件的生成
已经有19人回复
- 【求助】namd和vmd就只能识别.pdb.psf.coor.vel等文件吗
已经有6人回复
gn02530640
银虫 (小有名气)
- 应助: 8 (幼儿园)
- 金币: 314.5
- 红花: 1
- 帖子: 139
- 在线: 86.6小时
- 虫号: 2796302
- 注册: 2013-11-12
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★
YAYA_Z: 金币+5, ★★★很有帮助, 感谢帮助 2014-10-27 14:41:10
YAYA_Z: 金币+5, ★★★很有帮助, 感谢帮助 2014-10-27 14:41:10
|
完成了，请楼主先看一下我做出来的文件是否可行。 压缩文件中的 tang_mod.pdb 和 top_all36_carb_mod.rtf 是我将原本的 tang.pdb 还有 top_all36_carb.rtf 部分内容修改过后的档案，而 tang_new.pdb 和 tang_new.psf 则是用 psfgen 所生成的档案。 关于残基断开的问题： 在利用 psfgen 生成 psf 文件时，必须注意到，pdb 的 atom name 和 residue name 必须和 top 文件里的定义完全相同。 举例来说，必须将 pdb 文件中的 BMA 残基名称改成 top 文件所定义的 BMAN， 此外，pdb 文件中 NAG 残基的 C7 C8 N2 O7 这几个原子在 top 文件中 BGLCNA 的命名分别是 C CT N O， 因此也有必要将 atom name 作修改。 另外，由于 pdb 的 residue name 最长似乎只能用4个字母代表，因此我将top文件 BGLCNA 残基的名称改成 BGL，基本上只要注意别跟其他残基名称重复就行了。 大致上就这样  |
» 本帖附件资源列表
-
欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com - 附件 1 : tang.rar
2014-10-27 13:39:50, 72.95 K
4楼2014-10-27 14:13:57
gn02530640
银虫 (小有名气)
- 应助: 8 (幼儿园)
- 金币: 314.5
- 红花: 1
- 帖子: 139
- 在线: 86.6小时
- 虫号: 2796302
- 注册: 2013-11-12
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
8楼2014-10-28 21:29:22
gn02530640
银虫 (小有名气)
- 应助: 8 (幼儿园)
- 金币: 314.5
- 红花: 1
- 帖子: 139
- 在线: 86.6小时
- 虫号: 2796302
- 注册: 2013-11-12
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
2楼2014-10-25 10:05:59
|
?????????????л????????top????????л??????г??? BMA---BMAN MAN---AMAN NAG?????????BGLCNA?????top??????кü?????????塣??????????NAG??????6?????????????????????????5???????????????????????????????????????????? ???????????????????????psf??????????pdb??? |
» 本帖附件资源列表
-
欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com - 附件 1 : top_all36_carb.rtf
- 附件 2 : tang.pdb
2014-10-27 08:52:06, 274.31 K
2014-10-27 08:52:23, 8.36 K
3楼2014-10-27 08:56:30
gn02530640
银虫 (小有名气)
- 应助: 8 (幼儿园)
- 金币: 314.5
- 红花: 1
- 帖子: 139
- 在线: 86.6小时
- 虫号: 2796302
- 注册: 2013-11-12
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
5楼2014-10-27 14:37:36
916756502
新虫 (初入文坛)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 177.5
- 帖子: 20
- 在线: 5.7小时
- 虫号: 3427573
- 注册: 2014-09-19
- 专业: 化学生物学与生物有机化学
6楼2014-10-27 14:41:19
916756502
新虫 (初入文坛)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 177.5
- 帖子: 20
- 在线: 5.7小时
- 虫号: 3427573
- 注册: 2014-09-19
- 专业: 化学生物学与生物有机化学
7楼2014-10-27 14:50:32
916756502
新虫 (初入文坛)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 177.5
- 帖子: 20
- 在线: 5.7小时
- 虫号: 3427573
- 注册: 2014-09-19
- 专业: 化学生物学与生物有机化学
9楼2014-10-29 08:44:23
916756502
新虫 (初入文坛)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 177.5
- 帖子: 20
- 在线: 5.7小时
- 虫号: 3427573
- 注册: 2014-09-19
- 专业: 化学生物学与生物有机化学
10楼2014-10-29 15:28:22
