24小时热门版块排行榜    

查看: 2622  |  回复: 7

zhuimeng08

银虫 (正式写手)

[交流] 如何用pdb的格式的文件生成psf的格式的文件 已有3人参与

如何用*.pdb的格式的文件生成*.psf的格式的文件,模型属于膜的体系,我不会生成。是popc膜,有它的 gromacs的itp文件,怎么样可以转化为psf格式。用联合原子力场!
回复此楼

» 本帖附件资源列表

  • 欢迎监督和反馈:小木虫仅提供交流平台,不对该内容负责。
    本内容由用户自主发布,如果其内容涉及到知识产权问题,其责任在于用户本人,如对版权有异议,请联系邮箱:xiaomuchong@tal.com
  • 附件 1 : membrane.pdb
  • 2014-07-03 20:34:53, 44.81 M

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lsloneil

专家顾问 (正式写手)

★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
月只蓝: 金币+2, 感谢指导! 2014-07-08 16:36:03
2楼2014-07-03 23:45:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

whl2dxl

木虫 (小有名气)

★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-07-08 16:36:11
http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/spectop-index.html 中的 Membrane Proteins Tutorial 都有详细的步骤。
3楼2014-07-04 19:53:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhuimeng08

银虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by whl2dxl at 2014-07-04 19:53:20
http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/spectop-index.html 中的 Membrane Proteins Tutorial 都有详细的步骤。

谢谢!
4楼2014-07-07 19:38:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhuimeng08

银虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by lsloneil at 2014-07-03 23:45:21
用vmd里的psfgen
http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/plugins/psfgen/

谢谢!
5楼2014-07-07 19:38:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhuimeng08

银虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by whl2dxl at 2014-07-04 19:53:20
http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/spectop-index.html 中的 Membrane Proteins Tutorial 都有详细的步骤。

这个教程是,生成popc膜及其psf文件。我是有已经跑平衡的膜,要生成它的psf文件,然后,用tcl脚本进行删除叠合的膜!因为立场没有提供膜的参数,所以我目前无法把膜转化为psf文件。
6楼2014-07-18 09:59:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

explorer2250

新虫 (初入文坛)

★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
psfgen,再给你推荐一个还是有点用的小软件,有些东西他可以补充(结合使用),叫VEGA ZZ。
7楼2014-07-22 11:31:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhuimeng08

银虫 (正式写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by explorer2250 at 2014-07-22 11:31:13
psfgen,再给你推荐一个还是有点用的小软件,有些东西他可以补充(结合使用),叫VEGA ZZ。

谢谢,我试试!
8楼2014-07-22 12:46:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 zhuimeng08 的主题更新
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
请填处理意见