| 查看: 2622 | 回复: 7 | ||||
zhuimeng08银虫 (正式写手)
|
[交流]
如何用pdb的格式的文件生成psf的格式的文件 已有3人参与
|
| 如何用*.pdb的格式的文件生成*.psf的格式的文件,模型属于膜的体系,我不会生成。是popc膜,有它的 gromacs的itp文件,怎么样可以转化为psf格式。用联合原子力场! |
» 本帖附件资源列表
-
欢迎监督和反馈:小木虫仅提供交流平台,不对该内容负责。
本内容由用户自主发布,如果其内容涉及到知识产权问题,其责任在于用户本人,如对版权有异议,请联系邮箱:xiaomuchong@tal.com - 附件 1 : membrane.pdb
2014-07-03 20:34:53, 44.81 M
» 猜你喜欢
烦躁
已经有6人回复
» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:
分子动力学模拟轨迹文件格式的选择问题
已经有4人回复
快速高效生成所需格式的参考文献
已经有4人回复
求助NAMD模拟后的结果如何处理
已经有10人回复
如何用pdb的格式的文件生成psf的格式的文件(无机非体系)
已经有6人回复
LAMMPS的轨迹文件怎么转换为VMD的PDB文件
已经有7人回复
namd能量最小化完成后给我的十几个文件怎么没有pdb格式的呀
已经有6人回复
top文件格式问题
已经有3人回复
vmd做pdb格式文件的动画求助
已经有12人回复
VMD中如何将两个pdb文件合成一个新的pdb文件?
已经有14人回复
求助如何生成有机物Amber的输入文件,无PDB文件。
已经有4人回复
如何制作简单的化学分子的pdb文件
已经有11人回复
pdb文件,top文件
已经有6人回复
怎么建立气体分子氧气的pdb和psf文件
已经有8人回复
【求助】在NAMD运行中使用CHARMM格式的力场文件,但力场参数来自AMBER力场,会出问题�
已经有4人回复
【求助】无法生成环糊精的psf文件
已经有4人回复
【求助】如何合并文件 pdb psf
已经有4人回复
【求助】只是优化后文件,没有restart文件,能继续跑吗
已经有22人回复
【求助】psf文件的生成
已经有19人回复
【求助】有人模拟过电泳吗
已经有9人回复
【求助】namd和vmd就只能识别.pdb.psf.coor.vel等文件吗
已经有6人回复
【求助】namd、vmd推荐个学习修改和编写脚本网站和地方吧
已经有3人回复
lsloneil
专家顾问 (正式写手)
-

专家经验: +49 - 模拟EPI: 2
- 应助: 148 (高中生)
- 金币: 8640.9
- 散金: 507
- 红花: 30
- 帖子: 505
- 在线: 598.4小时
- 虫号: 556471
- 注册: 2008-05-11
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 分子模拟
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
月只蓝: 金币+2, 感谢指导! 2014-07-08 16:36:03
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
月只蓝: 金币+2, 感谢指导! 2014-07-08 16:36:03
|
用vmd里的psfgen http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/plugins/psfgen/ |
2楼2014-07-03 23:45:21
whl2dxl
木虫 (小有名气)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 2115.6
- 红花: 3
- 帖子: 151
- 在线: 115小时
- 虫号: 1267846
- 注册: 2011-04-17
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-07-08 16:36:11
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-07-08 16:36:11
| http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/spectop-index.html 中的 Membrane Proteins Tutorial 都有详细的步骤。 |
3楼2014-07-04 19:53:20
zhuimeng08
银虫 (正式写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 1381.8
- 散金: 153
- 红花: 2
- 帖子: 435
- 在线: 276小时
- 虫号: 1254053
- 注册: 2011-04-03
- 专业: 药物化学
4楼2014-07-07 19:38:18
zhuimeng08
银虫 (正式写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 1381.8
- 散金: 153
- 红花: 2
- 帖子: 435
- 在线: 276小时
- 虫号: 1254053
- 注册: 2011-04-03
- 专业: 药物化学
5楼2014-07-07 19:38:48
zhuimeng08
银虫 (正式写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 1381.8
- 散金: 153
- 红花: 2
- 帖子: 435
- 在线: 276小时
- 虫号: 1254053
- 注册: 2011-04-03
- 专业: 药物化学
6楼2014-07-18 09:59:53
7楼2014-07-22 11:31:13
zhuimeng08
银虫 (正式写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 1381.8
- 散金: 153
- 红花: 2
- 帖子: 435
- 在线: 276小时
- 虫号: 1254053
- 注册: 2011-04-03
- 专业: 药物化学
8楼2014-07-22 12:46:43










回复此楼
谢谢!