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zhuimeng08

银虫 (正式写手)

[交流] 如何用pdb的格式的文件生成psf的格式的文件 已有3人参与

如何用*.pdb的格式的文件生成*.psf的格式的文件，模型属于膜的体系，我不会生成。是popc膜，有它的 gromacs的itp文件，怎么样可以转化为psf格式。用联合原子力场！
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  • 附件 1 : membrane.pdb
    • 2014-07-03 20:34:53, 44.81 M

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1楼 2014-07-03 20:31:02
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lsloneil

专家顾问 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2014-07-08 16:36:03
用vmd里的psfgen
http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/plugins/psfgen/
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2楼2014-07-03 23:45:21
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whl2dxl

木虫 (小有名气)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-07-08 16:36:11
http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/spectop-index.html 中的 Membrane Proteins Tutorial 都有详细的步骤。
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3楼2014-07-04 19:53:20
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zhuimeng08

银虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by whl2dxl at 2014-07-04 19:53:20
http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/spectop-index.html 中的 Membrane Proteins Tutorial 都有详细的步骤。

谢谢！
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4楼2014-07-07 19:38:18
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zhuimeng08

银虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lsloneil at 2014-07-03 23:45:21
用vmd里的psfgen
http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/plugins/psfgen/

谢谢！
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5楼2014-07-07 19:38:48
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zhuimeng08

银虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by whl2dxl at 2014-07-04 19:53:20
http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/spectop-index.html 中的 Membrane Proteins Tutorial 都有详细的步骤。

这个教程是，生成popc膜及其psf文件。我是有已经跑平衡的膜，要生成它的psf文件，然后，用tcl脚本进行删除叠合的膜！因为立场没有提供膜的参数，所以我目前无法把膜转化为psf文件。
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6楼2014-07-18 09:59:53
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explorer2250

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
psfgen，再给你推荐一个还是有点用的小软件，有些东西他可以补充（结合使用），叫VEGA ZZ。
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7楼2014-07-22 11:31:13
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zhuimeng08

银虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by explorer2250 at 2014-07-22 11:31:13
psfgen，再给你推荐一个还是有点用的小软件，有些东西他可以补充（结合使用），叫VEGA ZZ。

谢谢，我试试！
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8楼2014-07-22 12:46:43
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