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YAYA_Z

新虫 (初入文坛)

[求助] 将糖链的PDB生成PSF文件 已有1人参与

我是刚开始接触用NAMD动力学分析这块,现在需要把一个糖链生成psf文件,可是生成后放到VMD里看有问题,各个残基断开了,就是不是一条链了,不是只加氢吗,为什么也多加了氧把链拆开了?就是糖生成psf需要注意什么呢?谢谢高手解答我的疑问
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YAYA_Z

新虫 (初入文坛)

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2?: Originally posted by gn02530640 at 2014-10-25 10:05:59
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  • 附件 1 : top_all36_carb.rtf
  • 2014-10-27 08:52:06, 274.31 K
  • 附件 2 : tang.pdb
  • 2014-10-27 08:52:23, 8.36 K
3楼2014-10-27 08:56:30
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gn02530640

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
Psf?n?????Y???Y?????]???k??????@???????????????psfgen ????a????pdb?n?

?????韩??pdb?????top??????P???朵???x?Y???N????????????NAMD?????????????????
2楼2014-10-25 10:05:59
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gn02530640

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
YAYA_Z: 金币+5, ★★★很有帮助, 感谢帮助 2014-10-27 14:41:10
完成了,请楼主先看一下我做出来的文件是否可行。

压缩文件中的 tang_mod.pdb 和 top_all36_carb_mod.rtf 是我将原本的 tang.pdb 还有 top_all36_carb.rtf 部分内容修改过后的档案,而 tang_new.pdb 和 tang_new.psf 则是用 psfgen 所生成的档案。

关于残基断开的问题:
在利用 psfgen 生成 psf 文件时,必须注意到,pdb 的 atom name 和 residue name 必须和 top 文件里的定义完全相同。
举例来说,必须将 pdb 文件中的 BMA 残基名称改成 top 文件所定义的 BMAN,
此外,pdb 文件中 NAG 残基的 C7 C8 N2 O7 这几个原子在 top 文件中 BGLCNA 的命名分别是 C CT N O,
因此也有必要将 atom name 作修改。

另外,由于 pdb 的 residue name 最长似乎只能用4个字母代表,因此我将top文件 BGLCNA 残基的名称改成 BGL,基本上只要注意别跟其他残基名称重复就行了。

大致上就这样

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  • 附件 1 : tang.rar
  • 2014-10-27 13:39:50, 72.95 K
4楼2014-10-27 14:13:57
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gn02530640

银虫 (小有名气)

但这里有个问题(用VMD打开tang_new.pdb应该就有发现),利用 psfgen 自动补氢有时候会产生不合理的键结,因此我个人并不建议用psfgen自动补氢,最好的方法还是一开始就把所有的原子(包括氢原子)都写进pdb文件后,才用psfgen生成psf文件。
5楼2014-10-27 14:37:36
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