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little_lion木虫 (小有名气)
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Gromacs计算氢键的寿命
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用gromacs的g_hbond计算氢键寿命的时候，出现下列信息： ACF 890/890 Normalization for c(t) = 0.10184 for gh(t) = 2.0367e-06 WARNING: Correlation function is probably not long enough because the standard deviation in the tail of C(t) > 0.001 Tail value (average C(t) over second half of acf): 0.00209225 +/- 0.00160173 Hydrogen bond thermodynamics at T = 298.15 K Fitting parameters chi^2 = 0.0866185 Q = 0 -------------------------------------------------- Type Rate (1/ps) Time (ps) DG (kJ/mol) Chi^2 Forward 0.107 9.350 10.069 0.0866185 Backward 0.094 10.600 10.381 One-way 0.172 5.815 8.892 Integral 0.096 10.405 10.335 Relaxation 0.107 9.318 10.061 HB lifetime = 0.30 ps Note that the lifetime obtained in this manner is close to useless Use the -ac option instead and check the Forward lifetime 我想知道Froward, Backward是什么意思呢，到底哪个是氢键的寿命呢？ |
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2楼2018-04-10 21:57:51