| 查看: 2594 | 回复: 1 | ||
little_lion木虫 (小有名气)
|
[求助]
Gromacs计算氢键的寿命
|
|
用gromacs的g_hbond计算氢键寿命的时候，出现下列信息： ACF 890/890 Normalization for c(t) = 0.10184 for gh(t) = 2.0367e-06 WARNING: Correlation function is probably not long enough because the standard deviation in the tail of C(t) > 0.001 Tail value (average C(t) over second half of acf): 0.00209225 +/- 0.00160173 Hydrogen bond thermodynamics at T = 298.15 K Fitting parameters chi^2 = 0.0866185 Q = 0 -------------------------------------------------- Type Rate (1/ps) Time (ps) DG (kJ/mol) Chi^2 Forward 0.107 9.350 10.069 0.0866185 Backward 0.094 10.600 10.381 One-way 0.172 5.815 8.892 Integral 0.096 10.405 10.335 Relaxation 0.107 9.318 10.061 HB lifetime = 0.30 ps Note that the lifetime obtained in this manner is close to useless Use the -ac option instead and check the Forward lifetime 我想知道Froward, Backward是什么意思呢，到底哪个是氢键的寿命呢？ |
回复此楼» 猜你喜欢
博士延得我，科研能力直往上蹿
已经有6人回复
-
退学或坚持读
已经有27人回复
-
面上基金申报没有其他的参与者成吗
已经有5人回复
-
有70后还继续奋斗在职场上的吗？
已经有5人回复
-
遇见不省心的家人很难过
已经有22人回复
-
多组分精馏求助
已经有6人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 菜鸟求助。用gromacs的什么指令可以分析氢键能大小？
已经有6人回复
- 关于氢键生命周期的计算
已经有5人回复
- gromacs结果分析怎样分析氢键能和结合能
已经有12人回复
- Gromacs怎么分析氢键存活时间？
已经有13人回复
- 【求助】我是做水分子模拟的这下子无语了
已经有14人回复
2楼2018-04-10 21:57:51