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轻剑飞扬

新虫 (初入文坛)

[求助] 求助Gromacs pbc=xy nwall=2时几个水分子从上面的墙跑出(z轴方向跑出)

大家好:

我在使用Gromacs模拟蛋白在表面的吸附时,使用二维周期性边界条件(pbc=xy),在z方向使用了两面墙(nwall=2)。

1. 想请问nwall=2时,wall_atomtype的选取、wall_density值的设定有没有什么依据?

2. 我使用如下参数时,几个水分子从z轴方向跑出。有人提到可能是wall_density值不合理没有形成密实的墙,但尝试增大wall_density值后还是有水跑出。也尝试了不同的 wall_r_linpot值。
    pbc        =         xy
   ewald_geometry    = 3dc
   nwall        = 2
   wall_type    = 9-3
   wall_r_linpot    = 2
   wall_atomtype   = C C         (所使用的力场文件中的C)
   wall_density    = 150 150
   wall_ewald_zfac    = 3

3. 如果蛋白和表面一起可以使用pbc=xy,但单独的蛋白只能在pbc=xyz或pbc=xy加真空的时候可以运行,在pbc=xy加水的时候不能运行。请问大家单独的蛋白有没有可能使用pbc=xy加水条件?

非常需要大家的帮助,非常感谢大家的帮助!
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