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[求助]
求助Gromacs pbc=xy nwall=2时几个水分子从上面的墙跑出（z轴方向跑出）
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大家好： 我在使用Gromacs模拟蛋白在表面的吸附时，使用二维周期性边界条件（pbc=xy）,在z方向使用了两面墙（nwall=2)。 1. 想请问nwall=2时，wall_atomtype的选取、wall_density值的设定有没有什么依据？ 2. 我使用如下参数时，几个水分子从z轴方向跑出。有人提到可能是wall_density值不合理没有形成密实的墙，但尝试增大wall_density值后还是有水跑出。也尝试了不同的 wall_r_linpot值。 pbc = xy ewald_geometry = 3dc nwall = 2 wall_type = 9-3 wall_r_linpot = 2 wall_atomtype = C C (所使用的力场文件中的C） wall_density = 150 150 wall_ewald_zfac = 3 3. 如果蛋白和表面一起可以使用pbc=xy，但单独的蛋白只能在pbc=xyz或pbc=xy加真空的时候可以运行，在pbc=xy加水的时候不能运行。请问大家单独的蛋白有没有可能使用pbc=xy加水条件？ 非常需要大家的帮助，非常感谢大家的帮助！ |
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