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有没有童鞋做过Amber教程中MCPB的例子,我怎么都重复不出来,能不能请教下?
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软件安装
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jiaoyixiong
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Gromacs
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[已完结]
蛋白质gromacs模拟得到RMSF值比文献报道小太多
(3/1383)
Hikayla
2019-09-12
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tiechong
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Gromacs
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[已完结]
求教Gromacs如何进行限制性优化
(0/498)
q_7997
2019-10-12
2019-10-12 21:09:50
by
q_7997
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Gromacs
]
[已完结]
Gromacs是如何算溶液的介电常数的啊
(4/3876)
plafalines
2011-10-24
2019-10-08 11:58:31
by
郭倪倪倪倪
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Gromacs
]
[已完结]
关于NAMD tclBC设置固定边界条件,请问有大神了解嘛?
(1/983)
Dexian_Ma
2019-08-23
2019-10-08 09:46:12
by
moirakaola
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Gromacs
]
上交大生科院合成生物学方向,招收计算酶学方向博士生
(0/877)
quxd
2019-10-06
2019-10-06 12:58:55
by
quxd
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Gromacs
]
[已完结]
GROMACS Windows7下安装教程
(4/3602)
张德涛
2015-09-02
2019-09-27 07:08:23
by
黎夜5566
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Gromacs
]
[已完结]
有人用分子动力学计算过堆垛层错能,孪晶形成能,孪晶迁移能么
(0/803)
Ice_TeaZ
2019-09-02
2019-09-02 08:38:06
by
Ice_TeaZ
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Gromacs
]
蛋白质的map file怎么得到呢?
(5/570)
leileisjtu
2019-08-29
2019-08-29 16:25:44
by
梦の国度
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Gromacs
]
[已完结]
amber安装的错误问题
(2/943)
请叫我呼呼呼
2017-10-11
2019-08-26 13:49:23
by
冷血孤峰
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Gromacs
]
[已完结]
gromacs用于FEP计算问题,求高手指点迷津
(0/867)
戏剧
2019-08-09
2019-08-09 19:57:12
by
戏剧
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Gromacs
]
[已完结]
AMBER使用antechamber 准备配体小分子出问题,求指导方法,谢谢
(9/3821)
cfmzxf84
2012-03-10
2019-08-06 05:59:21
by
tongmq
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Gromacs
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[已完结]
NAMD安装
(3/907)
黎夜5566
2019-01-04
2019-07-13 08:23:02
by
蒲公英花
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Gromacs
]
求charmm力场的TIP3P.gro
(1/1037)
大笨笨熊
2019-07-11
2019-07-11 14:56:12
by
cjl123321
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Gromacs
]
BioEngX online-seminar
(0/527)
tjuhaoran
2019-07-10
2019-07-10 22:32:47
by
tjuhaoran
[
Gromacs
]
关于蛋白质二级结构统计和能量统计的问题
(15/566)
jyl1996
2019-07-09
2019-07-09 13:14:08
by
star19911128
[
Gromacs
]
分子动力学
(36/1184)
落叶~~
2019-07-05
2019-07-06 18:05:55
by
yangys108
[
Gromacs
]
[已完结]
分子动力学模拟求助,可合作可报酬可商量
(3/1058)
xmchong110
2019-06-24
2019-06-28 03:04:50
by
极速蜗牛05
[
Gromacs
]
力场求助
(18/719)
hainu_carl
2019-06-25
2019-06-28 02:50:36
by
极速蜗牛05
[
Gromacs
]
[已完结]
修改残基名后不能生成.GRO,.TOP文件
(0/672)
ryt1522
2019-06-26
2019-06-26 16:56:25
by
ryt1522
[
Gromacs
]
[已完结]
[AMBER] Error in Box Dimension
(0/2637)
qcy6830100
2019-06-25
2019-06-25 17:40:48
by
qcy6830100
[
Gromacs
]
[已完结]
水蒸发模拟求助~
(2/1243)
明月照清渠
2012-12-07
2019-06-23 03:23:16
by
张锦程624
[
Gromacs
]
关于熵变的计算,有人知道怎么计算大的体系的熵变吗?比如将近一千个残基的体系?
(
1
2
)
(评阅+1)
(模拟EPI+1)
(11/5760)
robertpeter2005
2011-11-10
2019-06-18 16:24:49
by
cuso4852cuoh
[
Gromacs
]
纤维素模拟
(0/607)
S-Loser
2019-06-10
2019-06-10 10:10:28
by
S-Loser
[
Gromacs
]
【求助】Amber加热时出错
(1/413)
夏天的鱼
2010-08-05
2019-06-02 10:54:24
by
little之柔
[
Gromacs
]
找同行
(17/660)
双下巴0673
2019-05-28
2019-05-31 13:17:50
by
112233ssg
[
Gromacs
]
[已完结]
找同行
(0/481)
S-Loser
2019-05-28
2019-05-28 16:10:24
by
S-Loser
[
Gromacs
]
GROMACS中mdp文件注解小结
(7/1582)
792569257
2017-04-09
2019-05-17 16:45:36
by
路过的一之
[
Gromacs
]
[已完结]
namd在mac电脑上怎么安装
(1/875)
cumquatjj
2019-04-30
2019-05-14 14:46:49
by
Ayan2424
[
Gromacs
]
[已完结]
有一个问题想问大家,在AMBER tool手册里看到有heavy atoms,应该怎么理解?
(1/776)
zzy329372570
2019-05-11
2019-05-11 14:54:38
by
therotyonth
[
Gromacs
]
[已完结]
如何根据apt文件(原子类型),编写n2t文件?
(0/774)
sjjdjjdj
2019-05-10
2019-05-10 10:08:28
by
sjjdjjdj
[
Gromacs
]
采用semiisotropic压力耦合,xy方向压力不可控
(3/2150)
吉米爱多
2016-01-07
2019-04-30 12:11:30
by
siminwang1
[
Gromacs
]
[已完结]
gromacs tutorial 教程Umbrella Sampling算PMF,g_wham不能输出数据
(2/2951)
a4561799
2014-09-17
2019-04-29 21:57:56
by
cjl123321
[
Gromacs
]
[已完结]
怎么用脚本文件建立球状水体
(4/909)
toxicLi
2017-05-17
2019-04-29 21:49:31
by
cjl123321
[
Gromacs
]
[已完结]
求助VMD中文手册有没有!!!多谢各位!!!!
(7/1852)
gyaixyz
2016-04-22
2019-04-23 12:08:56
by
969528562
[
Gromacs
]
[已完结]
想查看gromacs跑了多长时间
(评阅+1)
(2/2844)
moye1991
2014-03-10
2019-04-22 18:28:34
by
yyy199609
[
Gromacs
]
[已完结]
Linux下安装xmgrace出现问题
(2/857)
sjjdjjdj
2019-04-20
2019-04-20 16:56:53
by
sjjdjjdj
[
Gromacs
]
请问vmd如何做盐桥分析,要输入什么样的命令?
(0/1009)
小叶子的水珠
2019-04-13
2019-04-13 19:34:33
by
小叶子的水珠
[
Gromacs
]
[已完结]
gromacs grompp的时候出现如下错误
(4/3739)
chendong0625
2012-02-29
2019-04-12 07:24:11
by
yyy199609
[
Gromacs
]
求助,急急急,,我在蛋白质结构中加入血红素
(6/785)
妙妙唔啦
2019-04-11
2019-04-12 07:02:05
by
longdlut
[
Gromacs
]
部署Tesla V100 的三大理由
(0/596)
万里阳光
2019-04-11
2019-04-11 09:58:34
by
万里阳光
[
Gromacs
]
[已完结]
GROMACS中使用MARTINI力场进行粗粒化之后,氨基酸数量为什么会减少?
(4/1073)
shaxiu
2018-06-26
2019-04-11 07:28:25
by
青青白白123
[
Gromacs
]
[已完结]
在GROMACS中进行全原子能量最小化时出现以下报错
(2/1770)
疯狂的鬼马
2017-03-06
2019-04-08 06:26:04
by
木头人7102
[
Gromacs
]
[已完结]
如何生成PSF文件啊
(4/1941)
wjl1314
2012-10-05
2019-04-05 15:13:21
by
雨叶G
[
Gromacs
]
REMD计算时出现错误,急求解决方法!!!谢谢大家!
(38/2695)
fengrui826
2017-11-09
2019-04-02 23:27:12
by
buddyh
[
Gromacs
]
原子识别问题
(1/484)
yyy199609
2019-04-01
2019-04-01 19:43:39
by
yyy199609
[
Gromacs
]
[已完结]
求助分子模拟的软件
(3/848)
zengxiaozhe
2019-03-19
2019-03-26 08:27:20
by
王精英
[
Gromacs
]
【求助】问一下有关gromacs的itp文件中的一个问题
(评阅+1)
(2/1200)
zyj8119
2010-12-22
2019-03-26 08:01:41
by
王精英
[
Gromacs
]
VMD标示残基
(0/508)
Era98
2019-03-23
2019-03-23 12:47:19
by
Era98
[
Gromacs
]
[已完结]
用MS 建模生成的 材料表面模型 如何导入到 gromacs ?
(评阅+1)
(5/2445)
大狂风
2014-05-30
2019-03-19 19:24:41
by
王精英
[
Gromacs
]
[已完结]
gromacs软件的应用
(0/571)
陈守峰
2019-03-15
2019-03-15 23:10:23
by
陈守峰
[
Gromacs
]
[已完结]
氨基酸CG粗粒化求助
(0/398)
青青白白123
2019-03-15
2019-03-15 10:39:42
by
青青白白123
[
Gromacs
]
[已完结]
VMD Density Profile Tool
(5/2450)
476992939
2012-01-04
2019-03-14 18:59:12
by
花儿微笑
[
Gromacs
]
[已完结]
Gromacs安装报错
(0/995)
墨茗棋妙!
2019-03-14
2019-03-14 10:37:05
by
墨茗棋妙!
[
Gromacs
]
[已完结]
请问这个warning有影响吗?如果有,需要怎样修改呢?
(3/1565)
白玉浴血
2015-06-29
2019-03-10 13:15:13
by
万年流星
[
Gromacs
]
【分享】NAMD并行安装教程
(35/454)
smg_syliu
2011-02-25
2019-03-10 09:35:16
by
百步穿杨999
[
Gromacs
]
[已完结]
请问聚合物coarse grained model中所需的angle potential表格如何得到?
(4/1470)
fanofpal
2016-11-22
2019-03-04 06:36:10
by
灯火阑珊wzm
[
Gromacs
]
[已完结]
关于gromacs计算空间分布函数sdf的问题
(9/2652)
jianchuanliu
2015-07-05
2019-02-28 14:27:55
by
林70。
[
Gromacs
]
[已完结]
石墨烯模拟的电荷设置?如何加电场?
(2/1832)
明月照清渠
2012-03-09
2019-02-25 13:45:15
by
小帽儿儿儿
[
Gromacs
]
[已完结]
用vmd保存gromacs模拟的pdb文件
(0/817)
wxsj110
2019-02-24
2019-02-24 21:16:21
by
wxsj110
[
Gromacs
]
[已完结]
VMD中空间分布函数的显示问题
(1/1168)
小白如水
2012-03-26
2019-02-21 17:46:26
by
林70。
[
Gromacs
]
求推荐接收分子动力学类文章的杂志
(11/2488)
落雁双飞
2012-03-23
2019-02-15 10:11:08
by
tzynew
[
Gromacs
]
分子动力学-蛋白-底物晶体复合物与分子对接的关系
(2/1665)
xzhfood
2019-02-11
2019-02-14 19:41:24
by
xzhfood
[
Gromacs
]
[已完结]
Gromacs 命令无法执行
(5/1485)
xzhfood
2018-12-07
2019-02-05 12:08:02
by
lastzealot
[
Gromacs
]
[已完结]
求教是否存在长度较短的磷脂双分子层构型
(4/870)
fangsteel
2019-01-22
2019-01-23 10:35:27
by
magicdalang
[
Gromacs
]
安装g_mmpbsa的过程中遇到问题
(1/1211)
zhuimeng08
2014-08-29
2019-01-22 19:08:23
by
blacksep
[
Gromacs
]
[已完结]
求问分子极性表面积 PSA和tPSA 有什么区别
(评阅+1)
(2/9782)
realkaka
2014-07-21
2019-01-17 15:13:44
by
zw0123456789zw
[
Gromacs
]
[已完结]
gromacs 基团质心的径向分布函数
(1/2741)
雪扬0613
2012-02-16
2019-01-16 06:56:22
by
林70。
[
Gromacs
]
【分享】分子对接(创腾)
(
1
2
3
4
)
(174/9975)
sinokang
2010-06-10
2019-01-14 17:30:46
by
傻人有傻福
[
Gromacs
]
[已完结]
哪能下载PCFF力场
(1/2301)
zhongyunxia
2012-04-09
2019-01-10 07:45:38
by
计算化学
[
Gromacs
]
gromacs模拟咨询,谢谢指点
(28/2658)
小范范1989
2017-10-16
2019-01-09 11:26:27
by
随风zzd
[
Gromacs
]
VMD由于周期性边界造成的显示问题
(6/6679)
Luv_XiaoMian
2014-10-28
2019-01-07 13:50:36
by
花先森
[
Gromacs
]
oplsaa力场grompp时出现问题
(0/413)
学丶沫
2019-01-07
2019-01-07 09:52:23
by
学丶沫
[
Gromacs
]
[已完结]
用AMBER做的MD模拟后,如何判断是否处于同一个稳态?
(5/1085)
没尾巴的猴子
2018-12-14
2019-01-05 17:03:27
by
研究生王大锤
[
Gromacs
]
[已完结]
tcr-pmhc体系
(0/492)
沈聪slamdunk
2019-01-05
2019-01-05 10:01:41
by
沈聪slamdunk
[
Gromacs
]
CHARMM力场适用溶剂离子
(0/499)
李雷550
2018-12-28
2018-12-28 10:45:21
by
李雷550
[
Gromacs
]
【求助】求Xmgrace在CentOS下如何安装
(8/2516)
Youngchsh
2011-03-21
2018-12-26 17:21:28
by
abusedme
[
Gromacs
]
[已完结]
求教gromacs中计算表面张力的命令,感激
(
1
2
)
(10/2351)
huazi262039
2015-08-26
2018-12-26 13:03:39
by
青青白白123
[
Gromacs
]
分子对接
(
1
2
)
(78/2256)
lasld
2018-12-07
2018-12-18 11:57:10
by
Wq一路向北
[
Gromacs
]
[已完结]
请教VMD中的AutoPSF功能
(3/1106)
鲁智深的皮
2018-12-08
2018-12-09 16:29:25
by
鲁智深的皮
[
Gromacs
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gromacs-amber学习
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namd优化完后如何生成pdb格式文件?
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