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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 在GROMACS中进行全原子能量最小化时出现以下报错
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疯狂的鬼马

新虫 (初入文坛)

[求助] 在GROMACS中进行全原子能量最小化时出现以下报错 已有1人参与

求助各位大神
在GROMACS中进行全原子能量最小化时出现以下报错：
Steepest Descents converged to machine precision in 4199 steps,
but did not reach the requested Fmax < 100.
Potential Energy  = -9.4004800e+05
Maximum force     =  2.1808842e+04 on atom 3011
Norm of force     =  1.4891165e+02
尝试了最速下降法和共轭梯度法结果都是一样的，并且在进行mdrun前就出现以下提示：
IMPORTANT: This should not happen in a stable simulation, so there is
probably something wrong with your system. Only change the table-extension distance in the mdp file if you are really sure that is the reason.
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1楼 2017-03-06 16:49:51
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Cyantulip

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
试试调大table-extension。 这个参数的设置要保证mdp中的 rvdw和table-extension两项加和 不小于模拟盒子最长对角线的一半长。
赞一下 回复此楼
2楼2017-03-07 09:22:25
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木头人7102

新虫 (初入文坛)
你好，我也出现了这个问题，想问下你问题解决了吗?怎么解决的
赞一下 回复此楼
3楼2019-04-08 09:26:04
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