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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 如何取平均结构
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Jfreda

铁虫 (小有名气)

[求助] 如何取平均结构

大家好，我想问一下，我用NAMD跑动力学平衡后，我想取平衡阶段的平均结构，请问该如何得到呢？谢谢！
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1楼 2011-06-26 15:13:20
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liuyusuc
引用回帖:
Originally posted by Jfreda at 2011-06-26 15:13:20:
大家好，我想问一下，我用NAMD跑动力学平衡后，我想取平衡阶段的平均结构，请问该如何得到呢？谢谢！

顶一下！！！
2楼2011-06-27 12:25:25
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
没有这个概念
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3楼2011-06-27 12:30:14
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Jfreda

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2011-06-27 12:30:14:
没有这个概念

什么意思呢？
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4楼2011-06-27 13:19:53
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Jfreda

铁虫 (小有名气)
哪位高手帮忙解答一下啊，跪求答案呐，
赞一下 回复此楼
5楼2011-06-27 16:34:30
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yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
Jfreda(金币+3): 2011-06-27 20:16:03
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-06-28 16:43:39
引用回帖:
Originally posted by Jfreda at 2011-06-27 16:34:30:
哪位高手帮忙解答一下啊，跪求答案呐，

我没用过NAMD，但是思路如下：

所谓的平均结构显而易见满足这样的条件：平衡态的N个独立构象与该平均结构的RMSD应该最小，也就是说你得到的N个平衡态构象围绕平均结构波动。
赞一下(1人) 回复此楼
6楼2011-06-27 20:03:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Jfreda

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by yahoohoo at 2011-06-27 20:03:05:
我没用过NAMD，但是思路如下：

所谓的平均结构显而易见满足这样的条件：平衡态的N个独立构象与该平均结构的RMSD应该最小，也就是说你得到的N个平衡态构象围绕平均结构波动。

我知道啊，但是我不知道该怎么得到平均结构。郁闷呐，怎么就没人知道呢
赞一下 回复此楼
7楼2011-06-27 20:15:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

Jfreda(金币+1): 2011-06-28 08:58:25
Jfreda(金币+1): 一般 2011-06-28 14:16:18
引用回帖:
Originally posted by Jfreda at 2011-06-27 20:15:35:
我知道啊，但是我不知道该怎么得到平均结构。郁闷呐，怎么就没人知道呢

既然你知道，那就该自己动手动脑。别人告诉你的就是对的？
赞一下 回复此楼
8楼2011-06-27 20:48:59
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Jfreda

铁虫 (小有名气)
★
御剑江湖(金币+1): 谢谢 2011-06-29 10:35:34
引用回帖:
Originally posted by yahoohoo at 2011-06-27 20:48:59:
既然你知道，那就该自己动手动脑。别人告诉你的就是对的？

你所指的知道是它的原理，我想要的是它是用什么软件，什么方法得到它的结构，不是凭空想想就能想出来的。
赞一下(1人) 回复此楼
9楼2011-06-28 08:57:52
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yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
御剑江湖(金币+1): 谢谢 2011-06-29 10:35:43
Jfreda(金币+1): 2011-07-11 16:52:43
引用回帖:
Originally posted by Jfreda at 2011-06-28 08:57:52:
你所指的知道是它的原理，我想要的是它是用什么软件，什么方法得到它的结构，不是凭空想想就能想出来的。

关键词rmsd都有了，你就不能自己搜搜
什么东西都是现成的还要研究干嘛
赞一下(1人) 回复此楼
10楼2011-06-28 16:57:39
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