应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 如何取平均结构
171/2返回列表12下一页
查看: 2730  |  回复: 16
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

Jfreda

铁虫 (小有名气)

[求助] 如何取平均结构

大家好，我想问一下，我用NAMD跑动力学平衡后，我想取平衡阶段的平均结构，请问该如何得到呢？谢谢！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2011-06-26 15:13:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liuyusuc
引用回帖:
Originally posted by Jfreda at 2011-06-26 15:13:20:
大家好，我想问一下，我用NAMD跑动力学平衡后，我想取平衡阶段的平均结构，请问该如何得到呢？谢谢！

顶一下！！！
2楼2011-06-27 12:25:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
没有这个概念
回复此楼
3楼2011-06-27 12:30:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Jfreda

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2011-06-27 12:30:14:
没有这个概念

什么意思呢？
回复此楼
4楼2011-06-27 13:19:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Jfreda

铁虫 (小有名气)
哪位高手帮忙解答一下啊，跪求答案呐，
赞一下 回复此楼
5楼2011-06-27 16:34:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
Jfreda(金币+3): 2011-06-27 20:16:03
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-06-28 16:43:39
引用回帖:
Originally posted by Jfreda at 2011-06-27 16:34:30:
哪位高手帮忙解答一下啊，跪求答案呐，

我没用过NAMD，但是思路如下：

所谓的平均结构显而易见满足这样的条件：平衡态的N个独立构象与该平均结构的RMSD应该最小，也就是说你得到的N个平衡态构象围绕平均结构波动。
赞一下(1人) 回复此楼
6楼2011-06-27 20:03:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Jfreda

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by yahoohoo at 2011-06-27 20:03:05:
我没用过NAMD，但是思路如下：

所谓的平均结构显而易见满足这样的条件：平衡态的N个独立构象与该平均结构的RMSD应该最小，也就是说你得到的N个平衡态构象围绕平均结构波动。

我知道啊，但是我不知道该怎么得到平均结构。郁闷呐，怎么就没人知道呢
赞一下 回复此楼
7楼2011-06-27 20:15:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

Jfreda(金币+1): 2011-06-28 08:58:25
Jfreda(金币+1): 一般 2011-06-28 14:16:18
引用回帖:
Originally posted by Jfreda at 2011-06-27 20:15:35:
我知道啊，但是我不知道该怎么得到平均结构。郁闷呐，怎么就没人知道呢

既然你知道，那就该自己动手动脑。别人告诉你的就是对的？
赞一下 回复此楼
8楼2011-06-27 20:48:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Jfreda

铁虫 (小有名气)
★
御剑江湖(金币+1): 谢谢 2011-06-29 10:35:34
引用回帖:
Originally posted by yahoohoo at 2011-06-27 20:48:59:
既然你知道，那就该自己动手动脑。别人告诉你的就是对的？

你所指的知道是它的原理，我想要的是它是用什么软件，什么方法得到它的结构，不是凭空想想就能想出来的。
赞一下(1人) 回复此楼
9楼2011-06-28 08:57:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
御剑江湖(金币+1): 谢谢 2011-06-29 10:35:43
Jfreda(金币+1): 2011-07-11 16:52:43
引用回帖:
Originally posted by Jfreda at 2011-06-28 08:57:52:
你所指的知道是它的原理，我想要的是它是用什么软件，什么方法得到它的结构，不是凭空想想就能想出来的。

关键词rmsd都有了，你就不能自己搜搜
什么东西都是现成的还要研究干嘛
赞一下(1人) 回复此楼
10楼2011-06-28 16:57:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 Jfreda 的主题更新
171/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 uKOSCocCb6Fm 2026-11-12 5/250 2026-11-15 03:21 by xSrQNSSjcgoX
[基金申请] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +6 FChKX8meu1ds 2026-11-09 8/400 2026-11-15 00:35 by Equinoxhua
[考博] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +4 G2rhSvqvhNzl 2026-11-10 6/300 2026-11-15 00:24 by Equinoxhua
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +5 YHiw1gou1Eda 2026-11-10 8/400 2026-11-14 22:20 by Equinoxhua
[考博] 27博士 +6 锦鲤送福至 2026-11-10 6/300 2026-11-14 21:23 by xupeii
[基金申请] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 TZqyNTBa07NP 2026-11-13 3/150 2026-11-14 20:11 by KXypaGgBBlw7
[考博] 27博士申请（市政/环境） +3 ladf 2026-11-12 3/150 2026-11-13 08:19 by Equinoxhua
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +6 czAiolzR0IJC 2026-11-10 6/300 2026-11-12 16:55 by zzy933268
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 TgvkbZZl9tqB 2026-11-11 4/200 2026-11-12 13:02 by ECLTXnJnRSXf
[基金申请] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +5 G2rhSvqvhNzl 2026-11-10 7/350 2026-11-12 10:49 by HajghKOMynmz
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +4 C6CRn66RYYXS 2026-11-10 6/300 2026-11-12 10:27 by HajghKOMynmz
[公派出国] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 C6CRn66RYYXS 2026-11-10 8/400 2026-11-12 10:27 by HajghKOMynmz
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 C6CRn66RYYXS 2026-11-10 8/400 2026-11-12 10:16 by HajghKOMynmz
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +7 FChKX8meu1ds 2026-11-09 9/450 2026-11-12 10:03 by HajghKOMynmz
[公派出国] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 FChKX8meu1ds 2026-11-09 10/500 2026-11-12 09:52 by HajghKOMynmz
[考研] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +8 cqv1zKnzd7hr 2026-11-09 12/600 2026-11-12 09:32 by HajghKOMynmz
[基金申请] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +6 zSbvVX9JFl9J 2026-11-09 9/450 2026-11-12 09:21 by HajghKOMynmz
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 gRND4NVAZ8VG 2026-11-11 3/150 2026-11-12 07:42 by HajghKOMynmz
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +6 cqv1zKnzd7hr 2026-11-09 7/350 2026-11-12 00:44 by 9fOTqj074tIg
[考博] 申请环境，微生物方向博士 +3 浅笑09 2026-11-08 3/150 2026-11-10 12:44 by 可淡不可忘
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭