应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 如何取平均结构
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
171/2返回列表12下一页
查看: 2516  |  回复: 16
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

Jfreda

铁虫 (小有名气)

[求助] 如何取平均结构

大家好，我想问一下，我用NAMD跑动力学平衡后，我想取平衡阶段的平均结构，请问该如何得到呢？谢谢！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2011-06-26 15:13:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liuyusuc
引用回帖:
Originally posted by Jfreda at 2011-06-26 15:13:20:
大家好，我想问一下，我用NAMD跑动力学平衡后，我想取平衡阶段的平均结构，请问该如何得到呢？谢谢！

顶一下！！！
2楼2011-06-27 12:25:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
没有这个概念
回复此楼
3楼2011-06-27 12:30:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Jfreda

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2011-06-27 12:30:14:
没有这个概念

什么意思呢？
回复此楼
4楼2011-06-27 13:19:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Jfreda

铁虫 (小有名气)
哪位高手帮忙解答一下啊，跪求答案呐，
赞一下 回复此楼
5楼2011-06-27 16:34:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
Jfreda(金币+3): 2011-06-27 20:16:03
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-06-28 16:43:39
引用回帖:
Originally posted by Jfreda at 2011-06-27 16:34:30:
哪位高手帮忙解答一下啊，跪求答案呐，

我没用过NAMD，但是思路如下：

所谓的平均结构显而易见满足这样的条件：平衡态的N个独立构象与该平均结构的RMSD应该最小，也就是说你得到的N个平衡态构象围绕平均结构波动。
赞一下(1人) 回复此楼
6楼2011-06-27 20:03:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Jfreda

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by yahoohoo at 2011-06-27 20:03:05:
我没用过NAMD，但是思路如下：

所谓的平均结构显而易见满足这样的条件：平衡态的N个独立构象与该平均结构的RMSD应该最小，也就是说你得到的N个平衡态构象围绕平均结构波动。

我知道啊，但是我不知道该怎么得到平均结构。郁闷呐，怎么就没人知道呢
赞一下 回复此楼
7楼2011-06-27 20:15:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

Jfreda(金币+1): 2011-06-28 08:58:25
Jfreda(金币+1): 一般 2011-06-28 14:16:18
引用回帖:
Originally posted by Jfreda at 2011-06-27 20:15:35:
我知道啊，但是我不知道该怎么得到平均结构。郁闷呐，怎么就没人知道呢

既然你知道，那就该自己动手动脑。别人告诉你的就是对的？
赞一下 回复此楼
8楼2011-06-27 20:48:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Jfreda

铁虫 (小有名气)
★
御剑江湖(金币+1): 谢谢 2011-06-29 10:35:34
引用回帖:
Originally posted by yahoohoo at 2011-06-27 20:48:59:
既然你知道，那就该自己动手动脑。别人告诉你的就是对的？

你所指的知道是它的原理，我想要的是它是用什么软件，什么方法得到它的结构，不是凭空想想就能想出来的。
赞一下(1人) 回复此楼
9楼2011-06-28 08:57:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
御剑江湖(金币+1): 谢谢 2011-06-29 10:35:43
Jfreda(金币+1): 2011-07-11 16:52:43
引用回帖:
Originally posted by Jfreda at 2011-06-28 08:57:52:
你所指的知道是它的原理，我想要的是它是用什么软件，什么方法得到它的结构，不是凭空想想就能想出来的。

关键词rmsd都有了，你就不能自己搜搜
什么东西都是现成的还要研究干嘛
赞一下(1人) 回复此楼
10楼2011-06-28 16:57:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 Jfreda 的主题更新
171/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 286分调剂 +10 Faune 2026-03-30 11/550 2026-03-30 20:35 by 啊李999
[考研] 332求调剂 +14 032500 2026-03-25 14/700 2026-03-30 20:03 by 无际的草原
[考研] 化学308分调剂 +7 你好明天你好 2026-03-30 8/400 2026-03-30 13:02 by 你好明天你好
[考研] 085701求调剂初试286分 +5 secret0328 2026-03-28 5/250 2026-03-30 12:54 by fangnagu
[考研] 348求调剂 +6 小懒虫不懒了 2026-03-28 6/300 2026-03-30 10:29 by Evan_Liu
[考研] 317求调剂 +10 蛋黄咸肉粽 2026-03-26 10/500 2026-03-30 09:45 by longlotian
[考研] 一志愿南航 335分 | 0856 | GPA 4.07 | 有科研经历 +8 cccchenso 2026-03-29 8/400 2026-03-29 23:53 by 我是小康
[考研] 275求调剂 +15 Micky11223 2026-03-25 20/1000 2026-03-29 20:44 by 唐沐儿
[考研] 305求调剂 +8 RuiFairyrui 2026-03-28 8/400 2026-03-29 08:22 by fmesaito
[考研] 0703化学调剂，求导师收 +9 天天好运来上岸� 2026-03-24 10/500 2026-03-28 22:17 by chemzp
[考研] 11408软件工程求调剂 +3 Qiu学ing 2026-03-28 3/150 2026-03-28 21:50 by zhq0425
[考研] 085405 考的11408求各位老师带走 +3 Qiu学ing 2026-03-28 3/150 2026-03-28 09:19 by 乐呵呵的追梦人
[考研] 材料求调剂一志愿哈工大324 +7 闫旭东 2026-03-28 9/450 2026-03-28 08:51 by Xu de nuo
[考研] 265求调剂11408 +3 刘小鹿lu 2026-03-27 3/150 2026-03-27 20:53 by nihaoar
[考研] 一志愿南师大0703化学 275求调剂 +4 Ripcord上岸 2026-03-27 4/200 2026-03-27 17:00 by zhyzzh
[考研] 求调剂 +6 林之夕 2026-03-24 6/300 2026-03-27 08:38 by hypershenger
[考研] 环境专硕324分求调剂推荐 +5 轩小宁—— 2026-03-26 5/250 2026-03-26 12:05 by i_cooler
[考研] 化学调剂一志愿上海交通大学336分-本科上海211 +4 小鱼爱有机 2026-03-25 4/200 2026-03-26 10:19 by aa331100
[考研] 求调剂 +3 李李不服输 2026-03-25 3/150 2026-03-25 13:03 by cmz0325
[考研] 285求调剂 +3 AZMK 2026-03-24 3/150 2026-03-25 12:23 by userper
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭