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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 如何取平均结构
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Jfreda

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by yahoohoo at 2011-06-28 16:57:39:
关键词rmsd都有了，你就不能自己搜搜
什么东西都是现成的还要研究干嘛

要像你说的那么简单，还用得着问啊。
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11楼2011-07-01 11:36:19
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yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

Jfreda(金币+1): 2011-07-11 16:53:05
引用回帖:
Originally posted by Jfreda at 2011-07-01 11:36:19:
要像你说的那么简单，还用得着问啊。

简单与否取决于个人的悟性，态度和动手能力
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12楼2011-07-01 13:49:28
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Jfreda

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by yahoohoo at 2011-07-01 13:49:28:
简单与否取决于个人的悟性，态度和动手能力

纸上谈兵也是一种能力。
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13楼2011-07-01 13:54:03
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yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-07-05 13:34:20
Jfreda(金币+1): 2011-07-11 16:53:20
引用回帖:
Originally posted by Jfreda at 2011-07-01 13:54:03:
纸上谈兵也是一种能力。



对于别人的课题，我只能也只需要纸上谈兵。我自己的课题我自己才去动脑动手。老板能给我个关键词我就很happy了。
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14楼2011-07-01 14:08:39
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xulinan

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-07-05 13:34:29
Jfreda(金币+5): 谢谢你的回复，我已经找到答案了。 2011-07-07 10:57:31
Jfreda(金币+2): 2011-07-13 15:33:27
你说的平均构象我也没做过，说一点自己的理解，仅供参考。你提到你跑了平衡，那么我建议你计算下平衡后的RMSD的平均值，然后选择一个平衡后与该值最接近的一点，提这个时刻的pdb。
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15楼2011-07-05 13:15:40
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阳光下的你11

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
15楼: Originally posted by xulinan at 2011-07-05 13:15:40
你说的平均构象我也没做过，说一点自己的理解，仅供参考。你提到你跑了平衡，那么我建议你计算下平衡后的RMSD的平均值，然后选择一个平衡后与该值最接近的一点，提这个时刻的pdb。

那请问提的这一时刻你通常是取多少ns？？谢谢
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16楼2018-11-13 10:16:17
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阳光下的你11

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
15楼: Originally posted by xulinan at 2011-07-05 13:15:40
你说的平均构象我也没做过，说一点自己的理解，仅供参考。你提到你跑了平衡，那么我建议你计算下平衡后的RMSD的平均值，然后选择一个平衡后与该值最接近的一点，提这个时刻的pdb。

那请问提的这一时刻你通常是取多少ns？？谢谢
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17楼2018-11-13 10:16:17
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