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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 如何取平均结构
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Jfreda

铁虫 (小有名气)

[求助] 如何取平均结构

大家好，我想问一下，我用NAMD跑动力学平衡后，我想取平衡阶段的平均结构，请问该如何得到呢？谢谢！
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1楼 2011-06-26 15:13:20
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阳光下的你11

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
15楼: Originally posted by xulinan at 2011-07-05 13:15:40
你说的平均构象我也没做过，说一点自己的理解，仅供参考。你提到你跑了平衡，那么我建议你计算下平衡后的RMSD的平均值，然后选择一个平衡后与该值最接近的一点，提这个时刻的pdb。

那请问提的这一时刻你通常是取多少ns？？谢谢
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17楼2018-11-13 10:16:17
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liuyusuc
引用回帖:
Originally posted by Jfreda at 2011-06-26 15:13:20:
大家好，我想问一下，我用NAMD跑动力学平衡后，我想取平衡阶段的平均结构，请问该如何得到呢？谢谢！

顶一下！！！
2楼2011-06-27 12:25:25
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Jfreda

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2011-06-27 12:30:14:
没有这个概念

什么意思呢？
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4楼2011-06-27 13:19:53
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Jfreda

铁虫 (小有名气)
哪位高手帮忙解答一下啊，跪求答案呐，
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5楼2011-06-27 16:34:30
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