24小时热门版块排行榜

返回列表

戏剧

新虫 (正式写手)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 3146.2
帖子: 562
在线: 129.6小时
虫号: 3570184
注册: 2014-12-01
专业: 理论和计算化学

[求助] gromacs用于FEP计算问题，求高手指点迷津

本人在用gromacs进行自由能扰动（FEP）模拟时候，得出的结果居然高达-400KBT（主要是Coulombic贡献的），这条多肽仅有9个氨基酸。核心参数如下，请高手指点一下。
; Free energy control stuff
free_energy             = yes
init_lambda_state       = LAMBDA_STATE
delta_lambda          = 0
calc_lambda_neighbors = 1       ; only immediate neighboring windows
couple-moltype          = Protein_chain_C
; Vectors of lambda specified here
; Each combination is an index that is retrieved from init_lambda_state for each simulation
; init_lambda_state       0    1    2    3    4    5    6    7    8    9    10    11    12    13    14    15    16    17    18    19    20    21    22    23    24    25    26    27    28    29    30    31    32    33    34    35    36    37    38    39    49    41    42    43    44    45    46    47    48    49    50    51    52    53    54    55    56    57    58    59    60    61    62    63
vdw-lambdas             = 0.00000 0.00100 0.01000 0.05000 0.10000 0.20000 0.30000 0.40000 0.50000 0.60000 0.70000 0.80000 0.90000 0.95000 0.99000 0.99900 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 ;1.00000 1.00000 1.00000 1.00000  1.00000 ; 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000  1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000  1.00000
coul-lambdas          = 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00100 0.01000 0.05000 0.10000 0.20000 0.30000 0.40000 0.50000 0.60000 0.70000 0.80000 0.90000 0.95000 0.99000 0.99900 1.00000 ; 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000  1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000  1.00000
;restraint-lambdas    = 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000 0.00000 ; 0.00001 0.00010 0.00100 0.01000 0.05000 0.10000 0.20000 0.30000 0.40000  0.50000 0.60000 0.70000 0.80000 0.90000 0.95000 0.99000 0.99900 0.99990 0.99999 0.999999 1.00000
couple-lambda0          = none
couple-lambda1          = vdw-q

; Options for the decoupling
sc-alpha                = 0.5
sc-coul                = no    ; linear interpolation of Coulomb (none in this case)
sc-r-power             = 6
sc-sigma                = 0.3
nstdhdl                = 100

ld_seed=-1

回复此楼

» 猜你喜欢

依托企业入选了国家启明计划青年人才。有无高校可以引进的。已经有12人回复
AI 太可怕了，写基金时，提出想法，直接生成的文字比自己想得深远，还有科学性已经有11人回复
天津大学招2026.09的博士生，欢迎大家推荐交流（博导是本人）已经有11人回复
表哥与省会女结婚，父母去帮带孩子被省会女气回家生重病了已经有9人回复
同年申请2项不同项目，第1个项目里不写第2个项目的信息，可以吗已经有10人回复
依托企业入选了国家启明计划青年人才。有无高校可以引进的。已经有11人回复

1楼 2019-08-09 19:57:12

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

相关版块跳转我要订阅楼主戏剧的主题更新

返回列表