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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » gromacs用于FEP计算问题，求高手指点迷津
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戏剧

新虫 (正式写手)

[求助] gromacs用于FEP计算问题，求高手指点迷津

本人在用gromacs进行自由能扰动（FEP）模拟时候，得出的结果居然高达-400KBT（主要是Coulombic贡献的），这条多肽仅有9个氨基酸。核心参数如下，请高手指点一下。
; Free energy control stuff
free_energy              = yes
init_lambda_state        = LAMBDA_STATE
delta_lambda             = 0
calc_lambda_neighbors    = 1        ; only immediate neighboring windows
couple-moltype           = Protein_chain_C
; Vectors of lambda specified here
; Each combination is an index that is retrieved from init_lambda_state for each simulation
; init_lambda_state        0       1       2       3       4       5       6       7       8       9       10      11      12      13      14      15      16      17      18      19      20       21      22      23      24      25      26      27      28      29      30      31      32      33      34      35      36      37      38      39      49      41       42      43      44      45      46      47      48      49      50      51       52      53      54      55      56      57      58      59      60      61      62       63
vdw-lambdas              = 0.00000 0.00100 0.01000 0.05000 0.10000 0.20000 0.30000 0.40000 0.50000 0.60000 0.70000 0.80000 0.90000 0.95000 0.99000 0.99900 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 ;1.00000 1.00000 1.00000 1.00000  1.00000 ; 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000  1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000  1.00000
coul-lambdas             = 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00100 0.01000 0.05000 0.10000 0.20000 0.30000 0.40000 0.50000 0.60000 0.70000 0.80000 0.90000 0.95000 0.99000 0.99900 1.00000 ; 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000  1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000  1.00000
;restraint-lambdas       = 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000 0.00000 ; 0.00001 0.00010 0.00100 0.01000 0.05000 0.10000 0.20000 0.30000 0.40000  0.50000 0.60000 0.70000 0.80000 0.90000 0.95000 0.99000 0.99900 0.99990 0.99999 0.999999 1.00000
couple-lambda0           = none
couple-lambda1           = vdw-q

; Options for the decoupling
sc-alpha                 = 0.5
sc-coul                  = no       ; linear interpolation of Coulomb (none in this case)
sc-r-power               = 6
sc-sigma                 = 0.3
nstdhdl                  = 100


ld_seed=-1
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1楼 2019-08-09 19:57:12
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