应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 用MS 建模生成的 材料表面模型 如何导入到 gromacs ？
61/1返回列表
查看: 2861  |  回复: 5
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

大狂风

铜虫 (初入文坛)

[求助] 用MS 建模生成的 材料表面模型 如何导入到 gromacs ？ 已有1人参与

各位大侠：
第一次在小木虫上发帖求助。如题。
已用MS 建模生成的 材料表面模型 ，希望放到gromacs中  计算 蛋白质-材料表面相互作用。   我试着将 模型 保存为 pdb格式。但是，当用vmd 打开pdb时，发现很多bond连接是错误的，与MS中所显示的有很大差异。  于是，又在MS中保存为 mol2 格式。这下用vmd 打开，显示是没有问题了。
可是，如何才能 将其转变为 gro 格式呐？
或者提供其他的办法，使得gromacs 可以识别 。
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

分子动力学-初级问题资源

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2014-05-30 01:09:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

大狂风

铜虫 (初入文坛)
各位高手，有没有什么办法？  我自己顶一下。
其实就是说， 在gromacs中 如何导入 金属氧化物材料表面？  比如 二氧化硅 。
赞一下 回复此楼
2楼2014-05-30 13:46:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)
请问楼主这个问题解决了吗？
赞一下 回复此楼
3楼2014-06-19 14:30:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

whl2dxl

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

pdb和mol文件中原子的坐标应该是一样的吧？ mol文件中有键连关系所以显示是正常的。
其实你可以用pdb文件的，只要在生成top 文件的时候把键连、键角等连接关系处理好就可以了。
至于你说的gro ，都用vmd打开了，另存为可以吗？我没怎么理解。
赞一下 回复此楼
4楼2014-07-04 20:04:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

韩述8880

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by whl2dxl at 2014-07-04 20:04:12
pdb和mol文件中原子的坐标应该是一样的吧？ mol文件中有键连关系所以显示是正常的。
其实你可以用pdb文件的，只要在生成top 文件的时候把键连、键角等连接关系处理好就可以了。
至于你说的gro ，都用vmd打开了，另 ...

老师您好， 我想请教一下， 我们既然已经生产PDB文件了， 我们如何在生产top时修改呢？我们的残基都是固定的，麻烦您了 老师
赞一下 回复此楼
5楼2018-11-26 19:17:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

王精英

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by whl2dxl at 2014-07-04 20:04:12
pdb和mol文件中原子的坐标应该是一样的吧？ mol文件中有键连关系所以显示是正常的。
其实你可以用pdb文件的，只要在生成top 文件的时候把键连、键角等连接关系处理好就可以了。
至于你说的gro ，都用vmd打开了，另 ...

大神，我的问题和楼主差不多。就是MS导出pdb格式到gromacs。残基类型显示的是MOL,我尝试添加非标准残基类型，在pdb2gmx时，仍然显示残基不在文件库。我尝试了很久都无法接解决。我的结构又是非常简单的NaSO4。NaCLO4。
赞一下 回复此楼
DFT计算
6楼2019-03-19 22:24:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 大狂风 的主题更新
61/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[博后之家] 【长期招聘】复旦大学 AI 制药实验室 博士后招聘 +3 第三种态度 2026-10-28 9/450 2026-11-02 13:06 by Grace_PepLib
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 YXM1FDCSE8Bn 2026-10-31 6/300 2026-11-02 12:51 by n0P4fnsXKbBK
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 YXM1FDCSE8Bn 2026-10-31 7/350 2026-11-02 12:46 by n0P4fnsXKbBK
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 YXM1FDCSE8Bn 2026-10-31 8/400 2026-11-02 12:31 by n0P4fnsXKbBK
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 hKe7U1kad5Sg 2026-10-31 6/300 2026-11-02 12:20 by n0P4fnsXKbBK
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 hKe7U1kad5Sg 2026-10-31 7/350 2026-11-02 09:29 by dcc2yOIRGGTT
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +4 hKe7U1kad5Sg 2026-10-31 9/450 2026-11-02 06:13 by xzcv0Tehd8lQ
[考研] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +5 xvJS1BYDxvBS 2026-10-31 13/650 2026-11-02 06:03 by xzcv0Tehd8lQ
[博后之家] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +5 1uaZt2kAZj2S 2026-10-31 9/450 2026-11-02 05:54 by xzcv0Tehd8lQ
[论文投稿] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 1uaZt2kAZj2S 2026-10-30 14/700 2026-11-02 05:41 by xzcv0Tehd8lQ
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 1uaZt2kAZj2S 2026-10-30 21/1050 2026-11-02 05:41 by xzcv0Tehd8lQ
[博后之家] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 1uaZt2kAZj2S 2026-10-30 18/900 2026-11-02 05:37 by xzcv0Tehd8lQ
[论文投稿] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +6 X5bHxOULxFqb 2026-10-30 27/1350 2026-11-02 05:28 by xzcv0Tehd8lQ
[找工作] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +5 1uaZt2kAZj2S 2026-10-31 9/450 2026-11-02 03:05 by xzcv0Tehd8lQ
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 hKe7U1kad5Sg 2026-10-31 5/250 2026-11-01 22:24 by xzcv0Tehd8lQ
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 hKe7U1kad5Sg 2026-10-31 5/250 2026-11-01 20:03 by xzcv0Tehd8lQ
[找工作] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +4 1uaZt2kAZj2S 2026-10-31 8/400 2026-11-01 14:48 by BCdvBAEpt3zm
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 X5bHxOULxFqb 2026-10-30 18/900 2026-11-01 12:11 by BCdvBAEpt3zm
[考博] 2027博士申请-临床检验诊断学、病原生物学、微生物方向 50+3 yyh@ 2026-10-28 4/200 2026-10-31 12:47 by 可淡不可忘
[硕博家园] 申博自荐 2篇一区TOP+1篇EI+2公开发明专利 2027博士申请 +3 小小阿光 2026-10-27 3/150 2026-10-29 23:56 by 起风了的快乐
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭