| 查看: 2798 | 回复: 5 | |||
[求助]
用MS 建模生成的 材料表面模型 如何导入到 gromacs ？ 已有1人参与
|
|
各位大侠： 第一次在小木虫上发帖求助。如题。 已用MS 建模生成的 材料表面模型 ，希望放到gromacs中 计算 蛋白质-材料表面相互作用。 我试着将 模型 保存为 pdb格式。但是，当用vmd 打开pdb时，发现很多bond连接是错误的，与MS中所显示的有很大差异。 于是，又在MS中保存为 mol2 格式。这下用vmd 打开，显示是没有问题了。 可是，如何才能 将其转变为 gro 格式呐？ 或者提供其他的办法，使得gromacs 可以识别 。 |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 分子动力学-初级问题资源 |
» 猜你喜欢
各位大神，目前国内有哪些比较好用的逆合成软件？
已经有13人回复
-
国社科系统bug了，是不是要放榜了？
已经有10人回复
-
现代”学阀”该如何界定
已经有9人回复
-
课题组招2027级博士 上海工程技术大学 激光智能制造方向
已经有4人回复
-
上海工程技术大学 激光智能制造课题组 2027级博士研究生招生
已经有3人回复
-
上海工程技术大学激光智能制造课题组｜2027级博士研究生招生公告
已经有11人回复
-
上海工程技术大学激光智能制造课题组-博士研究生
已经有10人回复
-
申博发邮件
已经有11人回复
-
我的奶奶
已经有3人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- MS建模时对模型结构优化的目的以及参数如何设置
已经有5人回复
- 【建模】ms中如何建立碳纳米管模型
已经有6人回复
- 【讨论】大家用gromacs,都是用什么软件建模的，或者有手写建模的
已经有3人回复
2楼2014-05-30 13:46:26
赵红霞
铁杆木虫 (著名写手)
- 应助: 73 (初中生)
- 金币: 5866.9
- 散金: 141
- 红花: 33
- 帖子: 1541
- 在线: 701.3小时
- 虫号: 1544094
- 注册: 2011-12-20
- 性别: MM
- 专业: 理论和计算化学
3楼2014-06-19 14:30:36
whl2dxl
木虫 (小有名气)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 2115.6
- 红花: 3
- 帖子: 151
- 在线: 115小时
- 虫号: 1267846
- 注册: 2011-04-17
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
4楼2014-07-04 20:04:12
5楼2018-11-26 19:17:05
6楼2019-03-19 22:24:41