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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 用MS 建模生成的 材料表面模型 如何导入到 gromacs ？
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大狂风

铜虫 (初入文坛)

[求助] 用MS 建模生成的 材料表面模型 如何导入到 gromacs ？ 已有1人参与

各位大侠：
第一次在小木虫上发帖求助。如题。
已用MS 建模生成的 材料表面模型 ，希望放到gromacs中  计算 蛋白质-材料表面相互作用。   我试着将 模型 保存为 pdb格式。但是，当用vmd 打开pdb时，发现很多bond连接是错误的，与MS中所显示的有很大差异。  于是，又在MS中保存为 mol2 格式。这下用vmd 打开，显示是没有问题了。
可是，如何才能 将其转变为 gro 格式呐？
或者提供其他的办法，使得gromacs 可以识别 。
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1楼 2014-05-30 01:09:29
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大狂风

铜虫 (初入文坛)
各位高手，有没有什么办法？  我自己顶一下。
其实就是说， 在gromacs中 如何导入 金属氧化物材料表面？  比如 二氧化硅 。
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2楼2014-05-30 13:46:26
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赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)
请问楼主这个问题解决了吗？
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3楼2014-06-19 14:30:36
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whl2dxl

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

pdb和mol文件中原子的坐标应该是一样的吧？ mol文件中有键连关系所以显示是正常的。
其实你可以用pdb文件的，只要在生成top 文件的时候把键连、键角等连接关系处理好就可以了。
至于你说的gro ，都用vmd打开了，另存为可以吗？我没怎么理解。
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4楼2014-07-04 20:04:12
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韩述8880

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by whl2dxl at 2014-07-04 20:04:12
pdb和mol文件中原子的坐标应该是一样的吧？ mol文件中有键连关系所以显示是正常的。
其实你可以用pdb文件的，只要在生成top 文件的时候把键连、键角等连接关系处理好就可以了。
至于你说的gro ，都用vmd打开了，另 ...

老师您好， 我想请教一下， 我们既然已经生产PDB文件了， 我们如何在生产top时修改呢？我们的残基都是固定的，麻烦您了 老师
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5楼2018-11-26 19:17:05
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王精英

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by whl2dxl at 2014-07-04 20:04:12
pdb和mol文件中原子的坐标应该是一样的吧？ mol文件中有键连关系所以显示是正常的。
其实你可以用pdb文件的，只要在生成top 文件的时候把键连、键角等连接关系处理好就可以了。
至于你说的gro ，都用vmd打开了，另 ...

大神，我的问题和楼主差不多。就是MS导出pdb格式到gromacs。残基类型显示的是MOL,我尝试添加非标准残基类型，在pdb2gmx时，仍然显示残基不在文件库。我尝试了很久都无法接解决。我的结构又是非常简单的NaSO4。NaCLO4。
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DFT计算
6楼2019-03-19 22:24:41
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