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大狂风

铜虫 (初入文坛)

[求助] 用MS 建模生成的 材料表面模型 如何导入到 gromacs ?已有1人参与

各位大侠:
第一次在小木虫上发帖求助。如题。
已用MS 建模生成的 材料表面模型 ,希望放到gromacs中  计算 蛋白质-材料表面相互作用。   我试着将 模型 保存为 pdb格式。但是,当用vmd 打开pdb时,发现很多bond连接是错误的,与MS中所显示的有很大差异。  于是,又在MS中保存为 mol2 格式。这下用vmd 打开,显示是没有问题了。
可是,如何才能 将其转变为 gro 格式呐?
或者提供其他的办法,使得gromacs 可以识别 。
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大狂风

铜虫 (初入文坛)

各位高手,有没有什么办法?  我自己顶一下。
其实就是说, 在gromacs中 如何导入 金属氧化物材料表面?  比如 二氧化硅 。
2楼2014-05-30 13:46:26
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赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)

请问楼主这个问题解决了吗?
3楼2014-06-19 14:30:36
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whl2dxl

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

pdb和mol文件中原子的坐标应该是一样的吧? mol文件中有键连关系所以显示是正常的。
其实你可以用pdb文件的,只要在生成top 文件的时候把键连、键角等连接关系处理好就可以了。
至于你说的gro ,都用vmd打开了,另存为可以吗?我没怎么理解。
4楼2014-07-04 20:04:12
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韩述8880

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by whl2dxl at 2014-07-04 20:04:12
pdb和mol文件中原子的坐标应该是一样的吧? mol文件中有键连关系所以显示是正常的。
其实你可以用pdb文件的,只要在生成top 文件的时候把键连、键角等连接关系处理好就可以了。
至于你说的gro ,都用vmd打开了,另 ...

老师您好, 我想请教一下, 我们既然已经生产PDB文件了, 我们如何在生产top时修改呢?我们的残基都是固定的,麻烦您了 老师
5楼2018-11-26 19:17:05
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王精英

新虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by whl2dxl at 2014-07-04 20:04:12
pdb和mol文件中原子的坐标应该是一样的吧? mol文件中有键连关系所以显示是正常的。
其实你可以用pdb文件的,只要在生成top 文件的时候把键连、键角等连接关系处理好就可以了。
至于你说的gro ,都用vmd打开了,另 ...

大神,我的问题和楼主差不多。就是MS导出pdb格式到gromacs。残基类型显示的是MOL,我尝试添加非标准残基类型,在pdb2gmx时,仍然显示残基不在文件库。我尝试了很久都无法接解决。我的结构又是非常简单的NaSO4。NaCLO4。
DFT计算
6楼2019-03-19 22:24:41
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