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ghs25372216

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1楼 2012-05-27 20:41:05
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
ghs25372216: 金币+10, ★★★★★最佳答案, 首先谢谢您的鼓励，再次谢谢您的关注，真的谢谢您！ 2012-05-27 22:04:28
chaizhm: 金币+5, 谢谢~ 2012-05-27 22:26:15
加油！
大家都是黑着过来的

为何非要PDB文件呢？
运行完之后会得到 .coor文件
在vmd中输入
mol load psf yourfilename.psf namdbin yourfilename.coor
set all [atomselect top all]
$all writepdb yournewfilename.pdb

即可得到你想要的PDB文件

也可以用DCD 文件中最后一帧得到
mol load psf yourfilename.psf dcd yourfilename.dcd
set all [atomselect top all]
$all writepdb yournewfilename.pdb

请多阅读VMD和NAMD 手册
加油！
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2012-05-27 21:35:27
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mins1367

新虫 (初入文坛)
你好，前辈，我现在 也在自己摸索anmd，想问一下，另存的pdb文件中为什么还包含水，然后是怎么去掉呢，后期想做对接的
赞一下 回复此楼
3楼2018-11-26 21:00:43
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