应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » namd优化完后如何生成pdb格式文件？
31/1返回列表
查看: 1259  |  回复: 2
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

ghs25372216

禁虫 (正式写手)
本帖内容被屏蔽

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

NAMD

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2012-05-27 20:41:05
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
ghs25372216: 金币+10, ★★★★★最佳答案, 首先谢谢您的鼓励，再次谢谢您的关注，真的谢谢您！ 2012-05-27 22:04:28
chaizhm: 金币+5, 谢谢~ 2012-05-27 22:26:15
加油！
大家都是黑着过来的

为何非要PDB文件呢？
运行完之后会得到 .coor文件
在vmd中输入
mol load psf yourfilename.psf namdbin yourfilename.coor
set all [atomselect top all]
$all writepdb yournewfilename.pdb

即可得到你想要的PDB文件

也可以用DCD 文件中最后一帧得到
mol load psf yourfilename.psf dcd yourfilename.dcd
set all [atomselect top all]
$all writepdb yournewfilename.pdb

请多阅读VMD和NAMD 手册
加油！
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2012-05-27 21:35:27
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mins1367

新虫 (初入文坛)
你好，前辈，我现在 也在自己摸索anmd，想问一下，另存的pdb文件中为什么还包含水，然后是怎么去掉呢，后期想做对接的
赞一下 回复此楼
3楼2018-11-26 21:00:43
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 学员qhVMrx 的主题更新
31/1返回列表
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭