| 查看: 2741 | 回复: 0 | ||
[求助]
[AMBER] Error in Box Dimension
|
|
各位大神大家好： 我是一个Amber初学者，我的体系是蛋白+膜+水的盒子体系，蛋白是β2AR主体来自晶体2RH1，但是我用Modeller补全了长32个残基的ICL3区域，膜是POPC，水层厚度一开始是12Å。体系经过最小化，从0-310K的NVT加温，然后11次的NPT Hold过程平衡周期性边界条件。然后在运行了20ns的production之后，出现了以下错误。 “ERROR: Calculation halted. Periodic box dimensions have changed too much from their initial values. Your system density has likely changed by a large amount, probably from starting the simulation from a structure a long way from equilibrium. [Although this error can also occur if the simulation has blown up for some reason] The GPU code does not automatically reorganize grid cells and thus you will need to restart the calculation from the previous restart file. This will generate new grid cells and allow the calculation to continue. It may be necessary to repeat this restarting multiple times if your system is a long way from an equilibrated density. Alternatively you can run with the CPU code until the density has converged and then switch back to the GPU code.” 之后我检查了我的体系密度，发现密度没有发生很大的改变。但是盒子的尺寸变化很大，因为ICL3这个环形区域柔性很大，所以它的运动导致盒子的z轴维数变大了70埃。于是我将水盒厚度增加到了15埃，这时候我成功的跑完了200ns的cMD，但是我接着跑aMD之后，在aMD运行了一段时间后又出现了以上那种报错。我又去检查我的密度和盒子尺寸，但是这次两者变化都很小。之后我又restart了一下那个暂停的结构，但是它很快又报了同样的错。我将水盒厚度增加到了17埃之后，跑aMD也报同样的错。 求问大家有没有碰到同样的错误的人，你们的解决方法是什么。求问amd大佬，amd会不会不适用于这种有很大柔性区域的体系模拟？@smutao@oxox6085 |
回复此楼» 猜你喜欢
什么时候开奖？
已经有8人回复
-
只有每年这种时候来逛逛小木虫
已经有26人回复
-
2026国自然函评费到账
已经有10人回复
-
filecode，4个jtjc了
已经有16人回复
-
售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急
已经有4人回复
-
人气不行了
已经有8人回复
-
今天基金会出结果吗？20260819
已经有17人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急
已经有9人回复
-
时间戳今天，20号变了
已经有5人回复
-
放榜前的不淡定
已经有14人回复
40