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qcy6830100

新虫 (初入文坛)

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专业: 化学计量学与化学信息学

[求助] [AMBER] Error in Box Dimension

各位大神大家好：
   我是一个Amber初学者，我的体系是蛋白+膜+水的盒子体系，蛋白是β2AR主体来自晶体2RH1，但是我用Modeller补全了长32个残基的ICL3区域，膜是POPC，水层厚度一开始是12Å。体系经过最小化，从0-310K的NVT加温，然后11次的NPT Hold过程平衡周期性边界条件。然后在运行了20ns的production之后，出现了以下错误。
“ERROR: Calculation halted.  Periodic box dimensions have changed too much from their initial values.
  Your system density has likely changed by a large amount, probably from
  starting the simulation from a structure a long way from equilibrium.

  [Although this error can also occur if the simulation has blown up for some reason]

  The GPU code does not automatically reorganize grid cells and thus you
  will need to restart the calculation from the previous restart file.
  This will generate new grid cells and allow the calculation to continue.
  It may be necessary to repeat this restarting multiple times if your system
  is a long way from an equilibrated density.

  Alternatively you can run with the CPU code until the density has converged
  and then switch back to the GPU code.”
   之后我检查了我的体系密度，发现密度没有发生很大的改变。但是盒子的尺寸变化很大，因为ICL3这个环形区域柔性很大，所以它的运动导致盒子的z轴维数变大了70埃。于是我将水盒厚度增加到了15埃，这时候我成功的跑完了200ns的cMD，但是我接着跑aMD之后，在aMD运行了一段时间后又出现了以上那种报错。我又去检查我的密度和盒子尺寸，但是这次两者变化都很小。之后我又restart了一下那个暂停的结构，但是它很快又报了同样的错。我将水盒厚度增加到了17埃之后，跑aMD也报同样的错。
   求问大家有没有碰到同样的错误的人，你们的解决方法是什么。求问amd大佬，amd会不会不适用于这种有很大柔性区域的体系模拟？@smutao@oxox6085

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1楼 2019-06-25 17:40:48

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