24小时热门版块排行榜    

查看: 2022  |  回复: 6

lcxw1224

新虫 (初入文坛)

[交流] amber创建拓扑报错及找不到pdb4amber命令

使用amber12+ambertools13的组合,由pdb文件创建拓扑文件时,会遇到“the file contained
575 atoms not in residue temples”以及“FATAL: Atom .R<NASP 1> A. <HB1 15> does not have a type”的错误,应该如何解决?是否需要reduce和pdb4amber两个命令先处理pdb文件后再生成拓扑文件?但是我的tleap下找不到pdb4amber命令是为什么?非常感谢大神!

发自小木虫Android客户端
回复此楼

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

» 猜你喜欢

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

沙漠猎人

版主 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
可能是amber没有装好

发自小木虫Android客户端
www.modekeji.cn
2楼2018-03-19 13:00:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lcxw1224

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 沙漠猎人 at 2018-03-19 13:00:44
可能是amber没有装好

你好!再请问一下,amber12+ambertools13这个组合,有pdb4amber的命令吗?我在manual上没找到……

发自小木虫Android客户端
3楼2018-03-19 19:41:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

沙漠猎人

版主 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by lcxw1224 at 2018-03-19 19:41:34
你好!再请问一下,amber12+ambertools13这个组合,有pdb4amber的命令吗?我在manual上没找到……
...

应该是有的

发自小木虫Android客户端
www.modekeji.cn
4楼2018-03-19 20:04:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zmnhztt

新虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
请问楼主解决了吗  我也遇到类似问题
5楼2019-01-09 15:08:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zmnhztt

新虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
送红花一朵
您好,请问这个问题解决了吗?我也遇到类似问题,请求指教
6楼2019-01-09 15:11:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

向阳奔跑1996

新虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
5楼: Originally posted by zmnhztt at 2019-01-09 15:08:50
请问楼主解决了吗  我也遇到类似问题

请问你们解决了吗,我有同样的问题

发自小木虫Android客户端
7楼2019-10-21 18:47:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 lcxw1224 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
信息提示
请填处理意见