应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » amber创建拓扑报错及找不到pdb4amber命令
71/1返回列表
查看: 2206  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

lcxw1224

新虫 (初入文坛)

[交流] amber创建拓扑报错及找不到pdb4amber命令

使用amber12+ambertools13的组合，由pdb文件创建拓扑文件时，会遇到“the file contained
575 atoms not in residue temples”以及“FATAL: Atom .R<NASP 1> A. <HB1 15> does not have a type”的错误，应该如何解决？是否需要reduce和pdb4amber两个命令先处理pdb文件后再生成拓扑文件？但是我的tleap下找不到pdb4amber命令是为什么？非常感谢大神！

发自小木虫Android客户端
回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

zmnhztt

» 猜你喜欢
1楼 2018-03-19 11:49:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

沙漠猎人

版主 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
可能是amber没有装好

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
www.modekeji.cn
2楼2018-03-19 13:00:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lcxw1224

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 沙漠猎人 at 2018-03-19 13:00:44
可能是amber没有装好

你好！再请问一下，amber12+ambertools13这个组合，有pdb4amber的命令吗？我在manual上没找到……

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
3楼2018-03-19 19:41:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

沙漠猎人

版主 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by lcxw1224 at 2018-03-19 19:41:34
你好！再请问一下，amber12+ambertools13这个组合，有pdb4amber的命令吗？我在manual上没找到……
...

应该是有的

发自小木虫Android客户端
回复此楼
www.modekeji.cn
4楼2018-03-19 20:04:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zmnhztt

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
请问楼主解决了吗  我也遇到类似问题
赞一下 回复此楼
5楼2019-01-09 15:08:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zmnhztt

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
送红花一朵
您好，请问这个问题解决了吗？我也遇到类似问题，请求指教
赞一下 回复此楼
6楼2019-01-09 15:11:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

向阳奔跑1996

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
5楼: Originally posted by zmnhztt at 2019-01-09 15:08:50
请问楼主解决了吗  我也遇到类似问题

请问你们解决了吗，我有同样的问题

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
7楼2019-10-21 18:47:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 lcxw1224 的主题更新
71/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 什么时候开奖？ +8 CrisMessi 2026-08-18 9/450 2026-08-23 10:49 by 旋风马1987
[基金申请] 让我中一个面上吧！ +12 大萍1987 2026-08-20 14/700 2026-08-23 10:30 by wrm
[教师之家] 跳槽后在研项目怎么办？ +4 简单化xn 2026-08-22 8/400 2026-08-23 07:20 by ilovexiaobin
[论文投稿] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-22 4/200 2026-08-23 04:04 by OEbVnUOu01ol
[论文投稿] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-22 5/250 2026-08-23 03:52 by OEbVnUOu01ol
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-22 7/350 2026-08-23 03:43 by OEbVnUOu01ol
[考博] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 DpSrDtM079iu 2026-08-22 3/150 2026-08-23 00:55 by OEbVnUOu01ol
[基金申请] 范进中举一文的中心思想 +3 zjuhero 2026-08-22 4/200 2026-08-22 20:02 by mycsru
[基金申请] 人气不行了 +8 fansofjerry 2026-08-21 8/400 2026-08-22 16:30 by zyqchem
[基金申请] 今天基金会出结果吗？20260819 +16 kkkl_v 2026-08-19 17/850 2026-08-22 16:12 by 阿布Abu
[基金申请] 放榜前的不淡定 40+4 snowwithsea 2026-08-19 14/700 2026-08-21 23:51 by cratir
[基金申请] 今日不放榜？网传国自然预计 8 月 27 日可查结果 +16 医学老男孩 2026-08-20 20/1000 2026-08-21 21:13 by Ldrop2023
[基金申请] 看来今天不会放榜了？ +8 chengyan1220 2026-08-21 11/550 2026-08-21 17:52 by dcqxinyang
[基金申请] 时间戳又变了 +13 wuchongjun 2026-08-20 19/950 2026-08-21 17:21 by 紫杉醇
[基金申请] 感觉是下周放榜了 +7 angus9576 2026-08-17 12/600 2026-08-21 13:38 by weiyin
[基金申请] 我面上完蛋了 +7 且听虎啸 2026-08-20 8/400 2026-08-21 12:31 by 酷酷墨镜
[基金申请] 今天放榜没戏了吧 +9 yuleib84 2026-08-19 11/550 2026-08-21 10:06 by gltch
[基金申请] 今天系统多次维护，明天很可能放榜！ +10 zju2000 2026-08-16 11/550 2026-08-20 20:02 by cl479861084
[基金申请] 明天放榜？ +5 Shxjjxjkx 2026-08-18 5/250 2026-08-18 18:14 by -大大大大大-
[基金申请] 今天维护系统维护 祝所有人 高中 +8 gjjjzhong 2026-08-18 9/450 2026-08-18 13:01 by 家与远方
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭