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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » amber创建拓扑报错及找不到pdb4amber命令
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lcxw1224

新虫 (初入文坛)

[交流] amber创建拓扑报错及找不到pdb4amber命令

使用amber12+ambertools13的组合，由pdb文件创建拓扑文件时，会遇到“the file contained
575 atoms not in residue temples”以及“FATAL: Atom .R<NASP 1> A. <HB1 15> does not have a type”的错误，应该如何解决？是否需要reduce和pdb4amber两个命令先处理pdb文件后再生成拓扑文件？但是我的tleap下找不到pdb4amber命令是为什么？非常感谢大神！

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zmnhztt

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1楼 2018-03-19 11:49:13
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沙漠猎人

版主 (正式写手)
★
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可能是amber没有装好

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www.modekeji.cn
2楼2018-03-19 13:00:44
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lcxw1224

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 沙漠猎人 at 2018-03-19 13:00:44
可能是amber没有装好

你好！再请问一下，amber12+ambertools13这个组合，有pdb4amber的命令吗？我在manual上没找到……

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3楼2018-03-19 19:41:34
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沙漠猎人

版主 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by lcxw1224 at 2018-03-19 19:41:34
你好！再请问一下，amber12+ambertools13这个组合，有pdb4amber的命令吗？我在manual上没找到……
...

应该是有的

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www.modekeji.cn
4楼2018-03-19 20:04:06
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zmnhztt

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
请问楼主解决了吗  我也遇到类似问题
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5楼2019-01-09 15:08:50
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zmnhztt

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
送红花一朵
您好，请问这个问题解决了吗？我也遇到类似问题，请求指教
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6楼2019-01-09 15:11:22
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向阳奔跑1996

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
5楼: Originally posted by zmnhztt at 2019-01-09 15:08:50
请问楼主解决了吗  我也遇到类似问题

请问你们解决了吗，我有同样的问题

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7楼2019-10-21 18:47:34
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