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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » gromacs模拟咨询，谢谢指点
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小范范1989

木虫 (著名写手)

[交流] gromacs模拟咨询，谢谢指点

背景：别人一个gromacs模拟描述如下。（图一，图二）
我现在有以下几个问题不明白，望老师指点一二。
1：他的整个模拟过程应该是em，eq和prod。eq和prod采用了不同的热浴和压浴。但是，她整个过程没有进行周期性退火吧？只是单个的退火。这样能找到最小点吗？
我理解的退火过程是，高温跨过势垒，然后退到0K的时候，才找到极小点，也就是周期性退火，多少个0K，就有多少个极小点，通过比较极小点，选出最小点。
但是他的这个过程，没有到0K。是不是对了是真实实验对比？或者是其他方面考虑？
2：如果按照他这个过程模拟，最后选取结构，应该是对最后的那10ns进行了簇分析吧（我的猜测），然后选取了构型研究？或者是一些其他经常用的方法是什么？
3：我看按照他说的，她整过过程下来30ns左右吧。一般模拟都这个时间范围左右？这个时间是不是偏长？
4：最后一点，他的那20ns，其中前10ns和后10ns压浴和热浴的方式变了，这个在模拟过程中，是分开模拟前10ns，结束之后再进行后10ns，这样修改mdp文件。
还是说一个mdp文件，能够前10ns采用第一种方式，后10ns采用第二种方式？还是什么办法？
5：MD模拟的开始，他说缺少参数，通过DFT计算得到了？这个是什么意思？我们对分子做出来的GAFF力场还缺少参数？具体应该如何做呢，有没有相应的帖子或者案例。谢谢

我想模拟的就是有机分子做成 的薄膜，不知道老师有什么好的建议，或者相对清晰的模拟过程。

谢谢老师的指点。

gromacs模拟咨询，谢谢指点
1.png


gromacs模拟咨询，谢谢指点-1
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1楼2017-10-16 21:15:42
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leafbrooks3

金虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小范范1989: 金币+10, 非常感谢老师指点，谢谢老师 2017-10-17 14:25:50
smutao: 金币+3 2018-01-14 07:00:29
1：周期性退火不是找能量最低点的，能量最低点是通过EM来找的。这里模拟的重点不是要得到0K时能量最小的点，对于大多数有机系统这样的能量最低点是很难找到的，而且也没有太大意义。模拟的重点是要找到实验温度和压力下的平衡态结构。所以一般通过EM找到一个能量相对低的点，然后通过eq把系统加热到想要的温度，这个可以分几步，也可以一步到位。最后就是在NVT，或者NPT系统下，进行模拟找到系统的平衡结构。因为要加温，所以起始构型是不是能量最低不太重要，只要g构型差的不是太远，最后加温后的结构都会差不多。

2：这个看自己研究的需要，一般可能就从最后10ns里随机选一些构型作为初始构型进行下一步研究。

3：对于一般的系统来说，30ns不算长。就是一个初始的平衡过程。
4：是的，这个是分两步进行的，需要修改mdp文件
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小范范1989
13楼2017-10-17 11:08:52
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星城辛未

木虫 (正式写手)
★
小范范1989(金币+1): 谢谢参与
祝早得解答
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5楼2017-10-16 22:21:40
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leafbrooks3

金虫 (正式写手)
★
小范范1989(金币+1): 谢谢参与
说一下力场参数吧，不是所有的分子都有已有的力场，有些不常用的分子就没有，需要自己建参数。这个作者模拟的系统里就有这样的分子

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11楼2017-10-17 10:52:02
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小范范1989

木虫 (著名写手)
送红花一朵
引用回帖:
13楼: Originally posted by leafbrooks3 at 2017-10-17 11:08:52
1：周期性退火不是找能量最低点的，能量最低点是通过EM来找的。这里模拟的重点不是要得到0K时能量最小的点，对于大多数有机系统这样的能量最低点是很难找到的，而且也没有太大意义。模拟的重点是要找到实验温度和压 ...

非常感谢老师指点，谢谢老师。
自己初学gromacs，很多不明白的地方，多谢老师指点
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19楼2017-10-17 14:39:18
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青青白白123

新虫 (小有名气)
★
小范范1989(金币+1): 谢谢参与
引用回帖:
13楼: Originally posted by leafbrooks3 at 2017-10-17 11:08:52
1：周期性退火不是找能量最低点的，能量最低点是通过EM来找的。这里模拟的重点不是要得到0K时能量最小的点，对于大多数有机系统这样的能量最低点是很难找到的，而且也没有太大意义。模拟的重点是要找到实验温度和压 ...

老师，请问模拟退火的作用是什么呢？我要模拟膜的相变，看不同温度对膜的影响，怎么定义mdp文件来实现不同的温度呢?希望得到老师的解答！
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26楼2018-01-12 14:27:41
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小范范1989

木虫 (著名写手)
引用回帖:
26楼: Originally posted by 青青白白123 at 2018-01-12 14:27:41
老师，请问模拟退火的作用是什么呢？我要模拟膜的相变，看不同温度对膜的影响，怎么定义mdp文件来实现不同的温度呢?希望得到老师的解答！...

你好，我的理解是，退火模拟是一个温度变化的过程，是为了来寻找全局最小点，因为只是通过能量最小化，得到的是一个局部的极小点。
mdp中，你查阅一下，我这里
annealing = single
annealing_npoints = 2
annealing_time = 0 100 ;ps
annealing_temp = 0 298.15

具体含义，你查阅一下就明白了
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27楼2018-01-13 16:12:35
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青青白白123

新虫 (小有名气)
引用回帖:
27楼: Originally posted by 小范范1989 at 2018-01-13 16:12:35
你好，我的理解是，退火模拟是一个温度变化的过程，是为了来寻找全局最小点，因为只是通过能量最小化，得到的是一个局部的极小点。
mdp中，你查阅一下，我这里
annealing = single
annealing_npoints = 2
anne ...

那是通过看退火过程的不同温度对膜的影响吗？

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28楼2018-01-13 22:55:45
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随风zzd

银虫 (小有名气)
★
小范范1989(金币+1): 谢谢参与
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请问你模拟出的薄膜能看出或是分析出成膜性吗，请求指点。
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29楼2019-01-09 11:26:27
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Lucyjuly7292楼
2017-10-16 21:23   回复  
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dongmings3楼
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nono20094楼
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