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小范范1989

木虫 (著名写手)

应助: 123 (高中生)
金币: 3821.3
帖子: 1979
在线: 452.8小时
虫号: 2013403

[交流] gromacs模拟咨询，谢谢指点

背景：别人一个gromacs模拟描述如下。（图一，图二）
我现在有以下几个问题不明白，望老师指点一二。
1：他的整个模拟过程应该是em，eq和prod。eq和prod采用了不同的热浴和压浴。但是，她整个过程没有进行周期性退火吧？只是单个的退火。这样能找到最小点吗？
我理解的退火过程是，高温跨过势垒，然后退到0K的时候，才找到极小点，也就是周期性退火，多少个0K，就有多少个极小点，通过比较极小点，选出最小点。
但是他的这个过程，没有到0K。是不是对了是真实实验对比？或者是其他方面考虑？
2：如果按照他这个过程模拟，最后选取结构，应该是对最后的那10ns进行了簇分析吧（我的猜测），然后选取了构型研究？或者是一些其他经常用的方法是什么？
3：我看按照他说的，她整过过程下来30ns左右吧。一般模拟都这个时间范围左右？这个时间是不是偏长？
4：最后一点，他的那20ns，其中前10ns和后10ns压浴和热浴的方式变了，这个在模拟过程中，是分开模拟前10ns，结束之后再进行后10ns，这样修改mdp文件。
还是说一个mdp文件，能够前10ns采用第一种方式，后10ns采用第二种方式？还是什么办法？
5：MD模拟的开始，他说缺少参数，通过DFT计算得到了？这个是什么意思？我们对分子做出来的GAFF力场还缺少参数？具体应该如何做呢，有没有相应的帖子或者案例。谢谢

我想模拟的就是有机分子做成的薄膜，不知道老师有什么好的建议，或者相对清晰的模拟过程。

谢谢老师的指点。

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随风zzd

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1楼 2017-10-16 21:15:42

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leafbrooks3

金虫 (正式写手)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 988.3
帖子: 725
在线: 16.7小时
虫号: 6441759

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小范范1989: 金币+10, 非常感谢老师指点，谢谢老师 2017-10-17 14:25:50
smutao: 金币+3 2018-01-14 07:00:29

1：周期性退火不是找能量最低点的，能量最低点是通过EM来找的。这里模拟的重点不是要得到0K时能量最小的点，对于大多数有机系统这样的能量最低点是很难找到的，而且也没有太大意义。模拟的重点是要找到实验温度和压力下的平衡态结构。所以一般通过EM找到一个能量相对低的点，然后通过eq把系统加热到想要的温度，这个可以分几步，也可以一步到位。最后就是在NVT，或者NPT系统下，进行模拟找到系统的平衡结构。因为要加温，所以起始构型是不是能量最低不太重要，只要g构型差的不是太远，最后加温后的结构都会差不多。

2：这个看自己研究的需要，一般可能就从最后10ns里随机选一些构型作为初始构型进行下一步研究。

3：对于一般的系统来说，30ns不算长。就是一个初始的平衡过程。
4：是的，这个是分两步进行的，需要修改mdp文件