| 查看: 3034 | 回复: 28 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
[交流]
gromacs模拟咨询，谢谢指点
|
|||
|
背景：别人一个gromacs模拟描述如下。（图一，图二） 我现在有以下几个问题不明白，望老师指点一二。 1：他的整个模拟过程应该是em，eq和prod。eq和prod采用了不同的热浴和压浴。但是，她整个过程没有进行周期性退火吧？只是单个的退火。这样能找到最小点吗？ 我理解的退火过程是，高温跨过势垒，然后退到0K的时候，才找到极小点，也就是周期性退火，多少个0K，就有多少个极小点，通过比较极小点，选出最小点。 但是他的这个过程，没有到0K。是不是对了是真实实验对比？或者是其他方面考虑？ 2：如果按照他这个过程模拟，最后选取结构，应该是对最后的那10ns进行了簇分析吧（我的猜测），然后选取了构型研究？或者是一些其他经常用的方法是什么？ 3：我看按照他说的，她整过过程下来30ns左右吧。一般模拟都这个时间范围左右？这个时间是不是偏长？ 4：最后一点，他的那20ns，其中前10ns和后10ns压浴和热浴的方式变了，这个在模拟过程中，是分开模拟前10ns，结束之后再进行后10ns，这样修改mdp文件。 还是说一个mdp文件，能够前10ns采用第一种方式，后10ns采用第二种方式？还是什么办法？ 5：MD模拟的开始，他说缺少参数，通过DFT计算得到了？这个是什么意思？我们对分子做出来的GAFF力场还缺少参数？具体应该如何做呢，有没有相应的帖子或者案例。谢谢 我想模拟的就是有机分子做成 的薄膜，不知道老师有什么好的建议，或者相对清晰的模拟过程。 谢谢老师的指点。  1.png  2.png |
回复此楼» 本帖已获得的红花（最新10朵）
随风zzd» 猜你喜欢
各位大神，目前国内有哪些比较好用的逆合成软件？
已经有14人回复
-
国社科系统bug了，是不是要放榜了？
已经有10人回复
-
现代”学阀”该如何界定
已经有9人回复
-
课题组招2027级博士 上海工程技术大学 激光智能制造方向
已经有4人回复
-
上海工程技术大学 激光智能制造课题组 2027级博士研究生招生
已经有3人回复
-
上海工程技术大学激光智能制造课题组｜2027级博士研究生招生公告
已经有11人回复
-
申博发邮件
已经有11人回复
-
我的奶奶
已经有3人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 抢金币啦！回帖就可以得到:
-
2027年生物医学、农业与可持续发展国际会议（BASD 2027）
+1/919
-
1：1丙烯酸结构 CHP的促进剂
+5/370
-
大连理工大学大连市复杂工业场景具身智能重点实验室科研助理招聘启事
+2/166
-
大连理工大学控制科学与工程学院欧勇盛教授课题组2026年科研助理招聘启事
+2/166
-
坐标无锡，诚征女友
+3/153
-
威格核工业屏蔽系统量产落地，赋能多种同位素规模化生产
+1/91
-
杭州中科院医学所贾飞课题组博后及科研助理招聘
+1/88
-
准事业编！低空权威机构—中国民航大学诚聘智能仪器A类博士后
+1/87
-
韩国全北国立大学禽病研究所博士研究生招生简章
+2/64
-
澳门大学孙鹏展博士课题组招收全奖博士研究生1名
+3/43
-
哈尔滨工业大学王志江教授课题组招聘博士生
+1/39
-
求助邢其毅第四版基础有机化学PDF版
+1/33
-
北京理工大学集成电路与电子学院招聘 | 副研究员 | 博士后 | 科研助理
+1/20
-
加拿大UBC博士/博士后招聘｜人工智能 × 电池
+1/18
-
加拿大UBC博士后招聘｜人工智能 × 电池
+1/18
-
【推免招生】招收材料、化工、环境、冶金类推免生
+1/10
-
加拿大UBC博士后招聘｜人工智能 × 电池
+1/9
-
南方医科大学皮肤病医院科研助理招聘
+1/8
-
香港城市大学刘佳玮课题组诚招2027年秋季全奖博士生
+1/2
-
院士领衔，ICBMBA生物功能材料与生物医学应用会议诚邀学者加入！
+1/1
29楼2019-01-09 11:26:27
11楼2017-10-17 10:52:02
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小范范1989: 金币+10, 非常感谢老师指点，谢谢老师 2017-10-17 14:25:50
smutao: 金币+3 2018-01-14 07:00:29
小范范1989: 金币+10, 非常感谢老师指点，谢谢老师 2017-10-17 14:25:50
smutao: 金币+3 2018-01-14 07:00:29
|
1：周期性退火不是找能量最低点的，能量最低点是通过EM来找的。这里模拟的重点不是要得到0K时能量最小的点，对于大多数有机系统这样的能量最低点是很难找到的，而且也没有太大意义。模拟的重点是要找到实验温度和压力下的平衡态结构。所以一般通过EM找到一个能量相对低的点，然后通过eq把系统加热到想要的温度，这个可以分几步，也可以一步到位。最后就是在NVT，或者NPT系统下，进行模拟找到系统的平衡结构。因为要加温，所以起始构型是不是能量最低不太重要，只要g构型差的不是太远，最后加温后的结构都会差不多。 2：这个看自己研究的需要，一般可能就从最后10ns里随机选一些构型作为初始构型进行下一步研究。 3：对于一般的系统来说，30ns不算长。就是一个初始的平衡过程。 4：是的，这个是分两步进行的，需要修改mdp文件 |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
13楼2017-10-17 11:08:52
简单回复
2017-10-16 21:23
回复
2017-10-16 21:26
回复
nono20094楼
2017-10-16 21:34
回复
小范范1989(金币+1): 谢谢参与
。 发自小木虫Android客户端
朙天儿6楼
2017-10-16 23:07
回复
skyish8楼
2017-10-17 09:51
回复
小范范1989(金币+1): 谢谢参与
一 发自小木虫IOS客户端
一杯绿豆9楼
2017-10-17 10:45
回复
小范范1989(金币+1): 谢谢参与
^_^ 发自小木虫IOS客户端
岩拔t810楼
2017-10-17 10:47
回复
小范范1989(金币+1): 谢谢参与
M 发自小木虫IOS客户端