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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 讨论一下namd里的SWM4-NDP 水模型
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skt1bisu

新虫 (初入文坛)

[交流] 讨论一下namd里的SWM4-NDP 水模型已有2人参与

namd新版本已经提供SWM4-NDP 极化水模型了，下面是一个水分子的psf
       1 BULP 1    SWM4 OH2  ODW    1.716360       15.5994           0
       2 BULP 1    SWM4 DOH2 DOH2  -1.716360        0.4000           0
       3 BULP 1    SWM4 OM   LP         -1.114660        0.0000           0
       4 BULP 1    SWM4 H1   HDW       0.557330        1.0080           0
       5 BULP 1    SWM4 H2   HDW       0.557330        1.0080           0

注意看第3项，虽然LP是有电荷的，但是质量是0，即使他受到库伦力的作用，那他有如何感受到呢？F=qE=Ma，没有质量的物质，那来的力，求解？
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1楼2013-06-29 09:52:54
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fhh2626

木虫 (正式写手)
★
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是刚性的水分子吗?刚性的就不存在这个问题了
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2楼2013-06-30 14:31:51
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蘑菇丽

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
请问你是用的namd的swm4水模型吗，请问如何生成psf文件呀

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3楼2019-10-19 09:59:56
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蘑菇丽

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
请问你能教教我吗？不胜感激

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4楼2019-10-19 17:51:39
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