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关于NAMD mpi并行问题
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我下载了已编译好的放在机群上。 NAMD_2.8_Linux-x86_64-multicore.tar.tar 解压后设置好环境变量。 运行： #!/bin/sh -f #PBS -N NAMD_test #PBS -m n #PBS -l nodes=1:ppn=12 #PBS -l mem=20gb #PBS -q parallel nprocs=`wc -l < $PBS_NODEFILE` cd $PBS_O_WORKDIR mpirun -np $nprocs -hostfile $PBS_NODEFILE namd2 wsg.namd > wsg.log 并行效率很低，基本和没并行没什么区别。 请问：namd 如何用mpi并行起来，需要自己编译安装吗？如何安装namd with mpi? |
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2楼2012-02-13 09:52:00
JimKarrey
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