| 查看: 1387 | 回复: 4 | ||
[求助]
关于NAMD mpi并行问题
|
|
我下载了已编译好的放在机群上。 NAMD_2.8_Linux-x86_64-multicore.tar.tar 解压后设置好环境变量。 运行： #!/bin/sh -f #PBS -N NAMD_test #PBS -m n #PBS -l nodes=1:ppn=12 #PBS -l mem=20gb #PBS -q parallel nprocs=`wc -l < $PBS_NODEFILE` cd $PBS_O_WORKDIR mpirun -np $nprocs -hostfile $PBS_NODEFILE namd2 wsg.namd > wsg.log 并行效率很低，基本和没并行没什么区别。 请问：namd 如何用mpi并行起来，需要自己编译安装吗？如何安装namd with mpi? |
回复此楼» 猜你喜欢
材料专硕322
已经有4人回复
-
308求调剂
已经有11人回复
-
机械专硕274求调剂，不挑专业学校
已经有7人回复
-
336材料与化工085600求调剂
已经有6人回复
-
一志愿郑州大学085600求调剂
已经有18人回复
-
302分求调剂 一志愿安徽大学085601
已经有8人回复
-
294求调剂
已经有5人回复
-
生物与医药求调剂
已经有6人回复
-
求调剂
已经有8人回复
-
一志愿北京化工085600 310分求调剂
已经有16人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 关于MPI并行编程的基本问题
已经有8人回复
- 【求助】mpi vasp问题
已经有32人回复
- 【求助】Gromacs和NAMD比Amber快很多吗？如何选择？
已经有7人回复
- 【专家会诊】bay 讨论namd,gmx处理水溶液,蛋白等MD 模拟;讨论水及水通道
已经有50人回复
- 【求助】更改源代码 并行出问题
已经有9人回复
- 【求助】NAMD和Gromacs哪个简单？
已经有5人回复
- 【求助】两台电脑并行问题
已经有5人回复
- 【求助】namd tutorial遇到问题
已经有10人回复
- 【求助】NAMD安装问题
已经有19人回复
- 【求助】MS4.3/4.4多核处理器并行运算的问题
已经有24人回复
- 【在线答疑】关于NAMD/VMD
已经有210人回复
- 【求助】castep并行计算问题
已经有15人回复
2楼2012-02-13 09:52:00
JimKarrey
木虫 (初入文坛)
- 应助: 4 (幼儿园)
- 金币: 2435.3
- 帖子: 21
- 在线: 8.9小时
- 虫号: 926584
- 注册: 2009-12-12
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
3楼2012-02-14 00:45:40
cuiyoutian88
金虫 (小有名气)
- 应助: 3 (幼儿园)
- 金币: 890.1
- 散金: 27
- 帖子: 262
- 在线: 198.5小时
- 虫号: 1193813
- 注册: 2011-01-21
- 性别: GG
- 专业: 生物化学
4楼2012-02-15 19:38:35
gezhenpeng
铜虫 (小有名气)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 740.3
- 红花: 2
- 帖子: 115
- 在线: 155.7小时
- 虫号: 968946
- 注册: 2010-03-12
- 专业: 理论和计算化学
5楼2012-02-21 21:29:18
