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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 关于NAMD mpi并行问题
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wsgchem

铜虫 (小有名气)

[求助] 关于NAMD mpi并行问题

我下载了已编译好的放在机群上。 NAMD_2.8_Linux-x86_64-multicore.tar.tar
解压后设置好环境变量。
运行：
#!/bin/sh -f
#PBS  -N  NAMD_test
#PBS -m n
#PBS -l nodes=1:ppn=12
#PBS -l mem=20gb
#PBS -q parallel

nprocs=`wc -l < $PBS_NODEFILE`
cd $PBS_O_WORKDIR



mpirun -np $nprocs -hostfile $PBS_NODEFILE namd2 wsg.namd > wsg.log

并行效率很低，基本和没并行没什么区别。

请问：namd 如何用mpi并行起来，需要自己编译安装吗？如何安装namd with mpi?
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1楼2012-02-13 09:40:11
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wsgchem

铜虫 (小有名气)
机器人答得不对，虽然你很可爱。
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2楼2012-02-13 09:52:00
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JimKarrey

木虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2012-02-17 21:49:45
最好还是自己编译一个mpi的NAMD吧……
不过NAMD的编译是出了名的麻烦，有闲时间可以研究一下，我反正是一直没成功过……
赞一下 回复此楼
3楼2012-02-14 00:45:40
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cuiyoutian88

金虫 (小有名气)
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2012-02-17 21:49:55
请问您为什么要用mpi而不用openmpi呢
赞一下 回复此楼
4楼2012-02-15 19:38:35
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gezhenpeng

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong(金币+2): 鼓励交流 2012-02-21 21:40:45
你可以在namd的log文件看到有没有并行，用了多少cpu
赞一下 回复此楼
5楼2012-02-21 21:29:18
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