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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】NAMD中的segment是什么意思？
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leewz922

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】NAMD中的segment是什么意思？

小弟初学NAMD，谁能确切的解释下NAMD中提到的segment是什么意思？具体是指什么？
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1楼 2010-12-01 22:13:45
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wally8962

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★
leewz922(金币+1):谢谢参与
zh1987hs(金币+3):谢谢 2010-12-02 22:12:50
对于蛋白质相当于一个subunit，对其他小分子就是没有特定关系的若干分子的组合

一个segment内不能有重复的resid，一个residue内不能有重复的atom name
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2楼2010-12-02 14:27:59
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leewz922

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by wally8962 at 2010-12-02 14:27:59:
对于蛋白质相当于一个subunit，对其他小分子就是没有特定关系的若干分子的组合

一个segment内不能有重复的resid，一个residue内不能有重复的atom name

没太明白，再问个问题，生成psf时，为什么把蛋白的不同链和水分别做成不同的segment？有什么意义？
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3楼2010-12-02 16:52:14
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wally8962

木虫 (著名写手)
★
zh1987hs(金币+1):谢谢 2010-12-02 22:13:00
leewz922(金币+1): 2010-12-03 20:08:36
引用回帖:
Originally posted by leewz922 at 2010-12-02 16:52:14:



没太明白，再问个问题，生成psf时，为什么把蛋白的不同链和水分别做成不同的segment？有什么意义？

分门别类，方便
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4楼2010-12-02 20:50:36
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