2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-09-23 22:26:52
因为是周期边界条件吧？
要是你不想这样，建议你把模拟的盒子稍微增大一些，尤其是沿着碳纳米管的方向上

4楼: Originally posted by leigp at 2012-09-24 08:43:09
你的蛋白质分子在受力的时候会受到左边固体原子的作用，所以像版主所说那样沿纳米管轴线方向盒子弄大点，让蛋白质分子完全处于水环境中

5楼: Originally posted by xingyanfei at 2012-09-24 09:31:43
就是solvate xx.psf xx.pdb -t 7 -o xxx
将中间的7变大些，例如10 ，就可以了吗？这个值与其他参数没有关系吗？求教！！！...

3楼: Originally posted by xingyanfei at 2012-09-24 08:14:45
增大模拟的盒子的意思是：建模型的时候增大吗？我只知道solvate xx.psf  xx.pdb -t 7 -o xxx ,有其它的建模方式吗？...

6楼: Originally posted by leigp at 2012-09-24 10:31:30
由于我是自己编写程序的，所以我对NAMD不大了解，只能从原理上跟你说说，solvate xx.psf xx.pdb -t 7 -o xxx中的7就是尺寸吗？如果是的话就是改这个了...

7楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-09-24 10:47:24
在VMD 的 tkconsole 里输入命令
solvate help

你就知道了...

9楼: Originally posted by xingyanfei at 2012-09-24 11:50:54

版主，我太笨了，没看懂，
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