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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » namd 蛋白质溢出水盒子，并且跑的盒子的另一边
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xingyanfei

金虫 (正式写手)

[求助] namd 蛋白质溢出水盒子，并且跑的盒子的另一边

图1.是最开始构建的模型，水分子隐去
图2.图3.模拟一段时间后，蛋白质逐渐像盒子外面跑
图4.蛋白质突然跑到盒子的另一面
图5.显示水盒子，蛋白质在水盒子的外面

这个现象很纠结，为什么会出现这个样子呢？蛋白质不是应该被吸附到CNT里面吗？

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1楼 2012-09-23 21:43:34
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-09-23 22:40:04
xingyanfei: 金币+3, ★★★很有帮助 2012-09-24 08:14:56
因为是周期边界条件吧？
要是你不想这样，建议你把模拟的盒子稍微增大一些，尤其是沿着碳纳米管的方向上
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2楼2012-09-23 22:26:52
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xingyanfei

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-09-23 22:26:52
因为是周期边界条件吧？
要是你不想这样，建议你把模拟的盒子稍微增大一些，尤其是沿着碳纳米管的方向上

增大模拟的盒子的意思是：建模型的时候增大吗？我只知道solvate xx.psf  xx.pdb -t 7 -o xxx ,有其它的建模方式吗？
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3楼2012-09-24 08:14:45
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leigp

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-09-24 08:46:02
xingyanfei: 金币+2 2012-09-24 08:53:48
你的蛋白质分子在受力的时候会受到左边固体原子的作用，所以像版主所说那样沿纳米管轴线方向盒子弄大点，让蛋白质分子完全处于水环境中
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希望多向各位学习！
4楼2012-09-24 08:43:09
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xingyanfei

金虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by leigp at 2012-09-24 08:43:09
你的蛋白质分子在受力的时候会受到左边固体原子的作用，所以像版主所说那样沿纳米管轴线方向盒子弄大点，让蛋白质分子完全处于水环境中

就是solvate xx.psf xx.pdb -t 7 -o xxx
将中间的7变大些，例如10 ，就可以了吗？这个值与其他参数没有关系吗？求教！！！
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5楼2012-09-24 09:31:43
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leigp

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-09-24 10:44:59
引用回帖:
5楼: Originally posted by xingyanfei at 2012-09-24 09:31:43
就是solvate xx.psf xx.pdb -t 7 -o xxx
将中间的7变大些，例如10 ，就可以了吗？这个值与其他参数没有关系吗？求教！！！...

由于我是自己编写程序的，所以我对NAMD不大了解，只能从原理上跟你说说，solvate xx.psf xx.pdb -t 7 -o xxx中的7就是尺寸吗？如果是的话就是改这个了
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希望多向各位学习！
6楼2012-09-24 10:31:30
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-09-24 12:10:27
xingyanfei: 金币+5 2012-09-24 14:05:38
引用回帖:
3楼: Originally posted by xingyanfei at 2012-09-24 08:14:45
增大模拟的盒子的意思是：建模型的时候增大吗？我只知道solvate xx.psf  xx.pdb -t 7 -o xxx ,有其它的建模方式吗？...

在VMD 的 tkconsole 里输入命令
solvate help

你就知道了
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7楼2012-09-24 10:47:24
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xingyanfei

金虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by leigp at 2012-09-24 10:31:30
由于我是自己编写程序的，所以我对NAMD不大了解，只能从原理上跟你说说，solvate xx.psf xx.pdb -t 7 -o xxx中的7就是尺寸吗？如果是的话就是改这个了...

奥，那也谢谢你了
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8楼2012-09-24 11:26:34
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xingyanfei

金虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-09-24 10:47:24
在VMD 的 tkconsole 里输入命令
solvate help

你就知道了...


版主，我太笨了，没看懂，
Info)     -x
Info)     -y
Info)     -z
Info)     +x
Info)     +y
Info)     +z
这个是啥米意思呀
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9楼2012-09-24 11:50:54
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
引用回帖:
9楼: Originally posted by xingyanfei at 2012-09-24 11:50:54

版主，我太笨了，没看懂，
Info)     -x <pad negative x>
Info)     -y <pad negative y>
Info)     -z <pad negative z>
Info)     +x <pad positive x>
In ...

比如说：solvate ssdna.psf ssdna.pdb -minmax {{-30 -30 -70} {30 30 110}} -o ssdna+solv

就是把ssdna 放在水盒子里，盒子的范围是：
x: [-30, 30]
y: [-30, 30]
z: [-70, 110]

*******************************************************************************************************************************************
比如：
solvate membrane.psf membrane.pdb -z 73.1 +z 73.1 -o membrane_sol

就是说，把membrane放在水盒子里，盒子的xy平面方向与membrane相同，但是在z方向上扩展，在membrane的+z和-z方向个增加73.1的水盒子。


结合上面的两个例子，你自己把你的模型，分别使用上面不同的参数，加水试试，并且在VMD中看看结果你就会更加理解这些命令。
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10楼2012-09-24 13:54:03
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