应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » namd 蛋白质溢出水盒子，并且跑的盒子的另一边
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
111/2返回列表12下一页
查看: 2150  |  回复: 10
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

xingyanfei

金虫 (正式写手)

[求助] namd 蛋白质溢出水盒子，并且跑的盒子的另一边

图1.是最开始构建的模型，水分子隐去
图2.图3.模拟一段时间后，蛋白质逐渐像盒子外面跑
图4.蛋白质突然跑到盒子的另一面
图5.显示水盒子，蛋白质在水盒子的外面

这个现象很纠结，为什么会出现这个样子呢？蛋白质不是应该被吸附到CNT里面吗？

1.jpg



2.jpg



3.jpg



4.jpg



5.jpg
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
00fei00fei00fei00fei00fei00
1楼 2012-09-23 21:43:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-09-23 22:40:04
xingyanfei: 金币+3, ★★★很有帮助 2012-09-24 08:14:56
因为是周期边界条件吧？
要是你不想这样，建议你把模拟的盒子稍微增大一些，尤其是沿着碳纳米管的方向上
赞一下 回复此楼
2楼2012-09-23 22:26:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xingyanfei

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-09-23 22:26:52
因为是周期边界条件吧？
要是你不想这样，建议你把模拟的盒子稍微增大一些，尤其是沿着碳纳米管的方向上

增大模拟的盒子的意思是：建模型的时候增大吗？我只知道solvate xx.psf  xx.pdb -t 7 -o xxx ,有其它的建模方式吗？
赞一下 回复此楼
00fei00fei00fei00fei00fei00
3楼2012-09-24 08:14:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

leigp

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-09-24 08:46:02
xingyanfei: 金币+2 2012-09-24 08:53:48
你的蛋白质分子在受力的时候会受到左边固体原子的作用，所以像版主所说那样沿纳米管轴线方向盒子弄大点，让蛋白质分子完全处于水环境中
赞一下 回复此楼
希望多向各位学习！
4楼2012-09-24 08:43:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xingyanfei

金虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by leigp at 2012-09-24 08:43:09
你的蛋白质分子在受力的时候会受到左边固体原子的作用，所以像版主所说那样沿纳米管轴线方向盒子弄大点，让蛋白质分子完全处于水环境中

就是solvate xx.psf xx.pdb -t 7 -o xxx
将中间的7变大些，例如10 ，就可以了吗？这个值与其他参数没有关系吗？求教！！！
赞一下 回复此楼
00fei00fei00fei00fei00fei00
5楼2012-09-24 09:31:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

leigp

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-09-24 10:44:59
引用回帖:
5楼: Originally posted by xingyanfei at 2012-09-24 09:31:43
就是solvate xx.psf xx.pdb -t 7 -o xxx
将中间的7变大些，例如10 ，就可以了吗？这个值与其他参数没有关系吗？求教！！！...

由于我是自己编写程序的，所以我对NAMD不大了解，只能从原理上跟你说说，solvate xx.psf xx.pdb -t 7 -o xxx中的7就是尺寸吗？如果是的话就是改这个了
赞一下 回复此楼
希望多向各位学习！
6楼2012-09-24 10:31:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-09-24 12:10:27
xingyanfei: 金币+5 2012-09-24 14:05:38
引用回帖:
3楼: Originally posted by xingyanfei at 2012-09-24 08:14:45
增大模拟的盒子的意思是：建模型的时候增大吗？我只知道solvate xx.psf  xx.pdb -t 7 -o xxx ,有其它的建模方式吗？...

在VMD 的 tkconsole 里输入命令
solvate help

你就知道了
赞一下 回复此楼
7楼2012-09-24 10:47:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xingyanfei

金虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by leigp at 2012-09-24 10:31:30
由于我是自己编写程序的，所以我对NAMD不大了解，只能从原理上跟你说说，solvate xx.psf xx.pdb -t 7 -o xxx中的7就是尺寸吗？如果是的话就是改这个了...

奥，那也谢谢你了
回复此楼
00fei00fei00fei00fei00fei00
8楼2012-09-24 11:26:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xingyanfei

金虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-09-24 10:47:24
在VMD 的 tkconsole 里输入命令
solvate help

你就知道了...


版主，我太笨了，没看懂，
Info)     -x
Info)     -y
Info)     -z
Info)     +x
Info)     +y
Info)     +z
这个是啥米意思呀
赞一下 回复此楼
00fei00fei00fei00fei00fei00
9楼2012-09-24 11:50:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
引用回帖:
9楼: Originally posted by xingyanfei at 2012-09-24 11:50:54

版主，我太笨了，没看懂，
Info)     -x <pad negative x>
Info)     -y <pad negative y>
Info)     -z <pad negative z>
Info)     +x <pad positive x>
In ...

比如说：solvate ssdna.psf ssdna.pdb -minmax {{-30 -30 -70} {30 30 110}} -o ssdna+solv

就是把ssdna 放在水盒子里，盒子的范围是：
x: [-30, 30]
y: [-30, 30]
z: [-70, 110]

*******************************************************************************************************************************************
比如：
solvate membrane.psf membrane.pdb -z 73.1 +z 73.1 -o membrane_sol

就是说，把membrane放在水盒子里，盒子的xy平面方向与membrane相同，但是在z方向上扩展，在membrane的+z和-z方向个增加73.1的水盒子。


结合上面的两个例子，你自己把你的模型，分别使用上面不同的参数，加水试试，并且在VMD中看看结果你就会更加理解这些命令。
赞一下 回复此楼
10楼2012-09-24 13:54:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 xingyanfei 的主题更新
111/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考博] 申博 +8 IQwQl 2026-04-04 8/400 2026-04-08 09:43 by 0608104024
[考研] 266调剂 +6 daya sun 2026-04-07 7/350 2026-04-08 08:59 by 蓝云思雨
[考研] 316求调剂 +4 15318418673 2026-04-07 4/200 2026-04-07 22:12 by hemengdong
[考研] 作栽330调剂 +3 我要上好学 2026-04-02 4/200 2026-04-07 19:54 by biomichael
[考研] 专硕085403，291分，有两篇专利，一国一奖 +3 哈吉咪哈吉咪 2026-04-07 3/150 2026-04-07 18:21 by 蓝云思雨
[考研] 材料调剂 +11 一样YWY 2026-04-07 11/550 2026-04-07 15:13 by shdgaomin
[考研] 一志愿华中农业大学0710（A）初试329分 求调剂 +5 一名26考研生 2026-04-04 5/250 2026-04-07 08:54 by 18828373951
[考研] 071000生物学调剂 +7 拉提桃 2026-04-06 7/350 2026-04-06 18:55 by 52305043001
[考研] 求调剂 +4 wos666 2026-04-03 5/250 2026-04-06 15:22 by wos666
[考研] 一志愿武汉理工大学080200机械工程308分，求调剂 +4 终不似从前 2026-04-05 4/200 2026-04-06 11:46 by 考研学校招点人
[考研] 一志愿电子科技大学085600材料与化工 329分求调剂 +10 Naiko 2026-04-04 10/500 2026-04-05 09:40 by sam3303
[考研] 272求调剂 +4 松柏常青5 2026-04-03 4/200 2026-04-04 17:03 by babysonlkd
[考研] 317分 一志愿江南大学 化学工程学硕 求调剂 +6 YinTai 2026-04-03 6/300 2026-04-03 22:30 by 无际的草原
[考研] 考研调剂 +3 Draa 2026-04-03 3/150 2026-04-03 17:37 by hgwz7468
[考研] 求调剂机会 +5 意染ivy 2026-04-03 5/250 2026-04-03 15:13 by qoooooo614
[考研] 071000生物学调剂 +8 知昭蔓 2026-04-02 8/400 2026-04-03 10:36 by macy2011
[考研] 279求调剂 +6 qazplm0852 2026-04-02 6/300 2026-04-03 10:03 by 蓝云思雨
[考研] 321求调剂 一志愿 浙江工业大学生物医药 +5 嘿嘿HC 2026-04-01 6/300 2026-04-02 15:23 by sophie2180
[考研] 279求调剂 +6 学而思兮知 2026-04-01 6/300 2026-04-02 09:16 by vgtyfty
[考研] 江苏科技大学招材料研究生 +4 Su032713. 2026-04-01 5/250 2026-04-01 22:03 by cccchenso
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭