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xingyanfei

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[求助] namd 蛋白质溢出水盒子，并且跑的盒子的另一边

图1.是最开始构建的模型，水分子隐去
图2.图3.模拟一段时间后，蛋白质逐渐像盒子外面跑
图4.蛋白质突然跑到盒子的另一面
图5.显示水盒子，蛋白质在水盒子的外面

这个现象很纠结，为什么会出现这个样子呢？蛋白质不是应该被吸附到CNT里面吗？

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1楼 2012-09-23 21:43:34

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jiaoyixiong

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引用回帖:

9楼: Originally posted by xingyanfei at 2012-09-24 11:50:54

版主，我太笨了，没看懂，
Info)    -x <pad negative x>
Info)    -y <pad negative y>
Info)    -z <pad negative z>
Info)    +x <pad positive x>
In ...

比如说：solvate ssdna.psf ssdna.pdb -minmax {{-30 -30 -70} {30 30 110}} -o ssdna+solv

就是把ssdna 放在水盒子里，盒子的范围是：
x: [-30, 30]
y: [-30, 30]
z: [-70, 110]

*******************************************************************************************************************************************
比如：
solvate membrane.psf membrane.pdb -z 73.1 +z 73.1 -o membrane_sol

就是说，把membrane放在水盒子里，盒子的xy平面方向与membrane相同，但是在z方向上扩展，在membrane的+z和-z方向个增加73.1的水盒子。

结合上面的两个例子，你自己把你的模型，分别使用上面不同的参数，加水试试，并且在VMD中看看结果你就会更加理解这些命令。