| 查看: 2404 | 回复: 10 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
xingyanfei金虫 (正式写手)
|
[求助]
namd 蛋白质溢出水盒子，并且跑的盒子的另一边
|
||
|
图1.是最开始构建的模型，水分子隐去 图2.图3.模拟一段时间后，蛋白质逐渐像盒子外面跑 图4.蛋白质突然跑到盒子的另一面 图5.显示水盒子，蛋白质在水盒子的外面 这个现象很纠结，为什么会出现这个样子呢？蛋白质不是应该被吸附到CNT里面吗？  1.jpg  2.jpg  3.jpg  4.jpg  5.jpg |
回复此楼» 猜你喜欢
科研人应该花精力去思考如何解决问题，而不是去凝练问题
已经有14人回复
-
要骂人了，新模版改版就是要淡化问题凝练这种虚的东西，结果有个评委还在说凝练得不够
已经有17人回复
-
基金系统什么内容也没有
已经有10人回复
-
学科评审组评审是指会评吗？
已经有5人回复
-
梦想
已经有8人回复
-
面上合作单位盖章
已经有9人回复
-
面上函评意见出来了，像什么等级？
已经有17人回复
-
为什么资助数各大高校都创新高，自己申请怎么就这么难
已经有14人回复
-
小白求助 投论文要求的highlights应该如何写
已经有4人回复
-
麻烦专家们看看评委们的意见（F口面上）
已经有12人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
|
比如说：solvate ssdna.psf ssdna.pdb -minmax {{-30 -30 -70} {30 30 110}} -o ssdna+solv 就是把ssdna 放在水盒子里，盒子的范围是： x: [-30, 30] y: [-30, 30] z: [-70, 110] ******************************************************************************************************************************************* 比如： solvate membrane.psf membrane.pdb -z 73.1 +z 73.1 -o membrane_sol 就是说，把membrane放在水盒子里，盒子的xy平面方向与membrane相同，但是在z方向上扩展，在membrane的+z和-z方向个增加73.1的水盒子。 结合上面的两个例子，你自己把你的模型，分别使用上面不同的参数，加水试试，并且在VMD中看看结果你就会更加理解这些命令。 |
10楼2012-09-24 13:54:03
2楼2012-09-23 22:26:52
xingyanfei
金虫 (正式写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 1897.7
- 红花: 2
- 帖子: 761
- 在线: 265.3小时
- 虫号: 1504011
- 注册: 2011-11-22
- 性别: MM
- 专业: 原子和分子物理
3楼2012-09-24 08:14:45
leigp
木虫 (正式写手)
- 应助: 10 (幼儿园)
- 金币: 1811.8
- 散金: 115
- 红花: 5
- 帖子: 638
- 在线: 225小时
- 虫号: 758557
- 注册: 2009-04-27
- 性别: GG
- 专业: 分离过程
4楼2012-09-24 08:43:09
30