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大笨笨熊
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Gromacs
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[已完结]
谁有"在NAMD下利用Amber力场计算MD模拟的方法"的四个附件?
(1/670)
lerel12345
2016-10-17
2018-04-02 06:40:13
by
13488143026
[
Gromacs
]
[已完结]
为什么用NAMD和Gromacs用相同的参数设置SMD模拟得到的力的峰值差异那么大?
(0/481)
Pangs
2018-03-31
2018-03-31 20:59:57
by
Pangs
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Gromacs
]
精华
I
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【转载】计算不同z位置水能形成氢键数的VMD Tcl脚本
(评阅+1)
(3/1928)
childsliu
2009-11-09
2018-03-30 11:37:17
by
长草团子
[
Gromacs
]
[已完结]
GMX运行出错
(7/1535)
邓芳
2012-12-20
2018-03-29 16:31:11
by
青青白白123
[
Gromacs
]
[已完结]
一个关于gromacs 质心牵引pull-coord1-origin设置问题
(0/1472)
jianjunjiang
2018-03-28
2018-03-28 14:12:34
by
jianjunjiang
[
Gromacs
]
[已完结]
分子模拟建立初始盒子
(1/604)
挥挥一手
2018-01-10
2018-03-28 12:56:29
by
cwllxy
[
Gromacs
]
[已完结]
求助关于namd中能量优化的一点疑问
(6/1558)
zhongshun
2012-06-13
2018-03-27 17:05:43
by
一时花开11
[
Gromacs
]
求CHARMM GUI手册
(8/2464)
大笨笨熊
2018-03-20
2018-03-26 20:21:38
by
hclwonder
[
Gromacs
]
力场
(0/395)
大笨笨熊
2018-03-25
2018-03-25 21:03:45
by
大笨笨熊
[
Gromacs
]
[已完结]
trr文件如何输出
(模拟EPI+1)
(5/2137)
蓝紫色玻璃心
2012-02-10
2018-03-25 20:42:51
by
huyanqiu
[
Gromacs
]
[已完结]
在gromacs中运行mdrun命令时出错
(
1
2
)
(10/4394)
xinji
2011-12-20
2018-03-22 06:13:33
by
青青白白123
[
Gromacs
]
[已完结]
Gromacs中,mdrun出错
(5/1490)
xinji
2012-01-09
2018-03-22 05:57:35
by
青青白白123
[
Gromacs
]
[已完结]
GMX运行出错求助
(5/913)
邓芳
2012-12-18
2018-03-21 11:26:26
by
青青白白123
[
Gromacs
]
[已完结]
Gromacs粗粒化力场(自己写)
(
1
2
)
(11/3489)
Leliel
2013-07-12
2018-03-21 11:22:48
by
青青白白123
[
Gromacs
]
[已完结]
NAMD关于调整两分子间bond的求助
(3/633)
一时花开11
2018-03-21
2018-03-21 08:30:51
by
一时花开11
[
Gromacs
]
[已完结]
NAMD,蛋白跑出水盒子
(3/2100)
可乐白面包
2017-03-23
2018-03-21 06:27:54
by
hanzhongjie
[
Gromacs
]
[已完结]
grompp出错
(4/1628)
xinji
2011-12-20
2018-03-20 11:17:12
by
Real-wj
[
Gromacs
]
【求助】gromacs消除质心的运动
(3/2096)
zhulijuan001
2011-03-24
2018-03-19 23:45:58
by
brucefan
[
Gromacs
]
[已完结]
Gromacs网站上将Tripos.mol2文件转换为拓扑的Topolbuild有朋友用过吗?
(1/1018)
田亚锋
2018-03-02
2018-03-18 00:36:36
by
sugarmengqi
[
Gromacs
]
gromacs如何做metadynamic
(0/948)
雪野千树
2018-03-17
2018-03-17 17:07:46
by
雪野千树
[
Gromacs
]
[已完结]
gromacs MD模拟 刚体问题
(3/1293)
Zzzlk
2017-04-07
2018-03-12 12:23:38
by
crocodile5091
[
Gromacs
]
[已完结]
lammps 金屬拉伸的問題
(1/729)
gramting
2018-03-10
2018-03-11 14:50:21
by
brucefan
[
Gromacs
]
关于金属蛋白分子动力学模拟的问题
(3/1431)
考研生涯
2013-01-16
2018-03-07 16:14:37
by
fengrui826
[
Gromacs
]
使用gromacs
(7/2224)
zcsxnb99
2017-03-13
2018-03-05 08:31:48
by
虔诚的人
[
Gromacs
]
[已完结]
如何分析residue cross correlation图
(评阅+1)
(4/1327)
筱婧子儿
2014-03-14
2018-03-04 16:46:45
by
一生悠悠
[
Gromacs
]
[已完结]
求助:Gromacs准备蛋白质拓扑文件时报错
(3/1583)
逗逼1号
2018-02-18
2018-02-27 17:04:28
by
田亚锋
[
Gromacs
]
Gromacs oplsaa 只有两种形式的proper dihedral 力场函数吗?
(3/752)
mengsk
2012-08-05
2018-02-27 16:00:34
by
虔诚的人
[
Gromacs
]
[NAMD]利用NAMD模拟拉伸石墨烯
(7/1327)
乘风来去客
2017-08-25
2018-02-23 15:25:03
by
gezhenpeng
[
Gromacs
]
[已完结]
gromos53a2立场下超临界二氧化碳密度模拟
(1/555)
yoursmy
2017-12-14
2018-02-12 15:33:19
by
深夜仰望星空
[
Gromacs
]
[已完结]
模拟时时间步长的选择,1fs和2fs对结果有影响吗
(8/2940)
吉米爱多
2018-01-14
2018-02-10 10:39:09
by
吉米爱多
[
Gromacs
]
【求助】如何得到RMS gradient值
(评阅+1)
(1/2622)
zhulijuan001
2010-10-27
2018-02-08 11:29:39
by
17713620274
[
Gromacs
]
[已完结]
拜托拜托
(3/687)
gentleman_on
2018-01-30
2018-02-02 09:19:05
by
gentleman_on
[
Gromacs
]
[已完结]
求VMD tcl脚本 计算一个蛋白结构中每个氨基酸的溶剂可及表面sasa
(2/1727)
lisuperyao
2017-05-06
2018-02-02 07:27:51
by
lisuperyao
[
Gromacs
]
[已完结]
【新人求助】MMPBSA计算报错
(0/640)
Van_vega
2018-02-01
2018-02-01 20:39:55
by
Van_vega
[
Gromacs
]
[已完结]
gaff力场和amber力场的关系
(2/2376)
gentleman_on
2018-01-19
2018-01-30 17:13:48
by
gentleman_on
[
Gromacs
]
[已完结]
液滴质心约束
(7/1707)
tranquil1993
2016-06-16
2018-01-29 10:50:04
by
cm小陈
[
Gromacs
]
[已完结]
amber 配体各基团与受体之间的能量分析
(1/1050)
keke_1210
2014-10-16
2018-01-28 14:25:02
by
斯芬克斯喵
[
Gromacs
]
[已完结]
NAMD怎么实现最陡下降法
(评阅+1)
(1/450)
rocksliu
2015-04-17
2018-01-26 12:05:52
by
Hejunmei
[
Gromacs
]
[已完结]
gromacs如何计算IR和拉曼光谱
(1/1129)
我叫小乐乐
2017-06-18
2018-01-25 12:51:17
by
长草团子
[
Gromacs
]
【求助】求助psf文件的生成
(4/1365)
astringent
2010-08-07
2018-01-23 15:51:33
by
王王仙女
[
Gromacs
]
[已完结]
如何用amber进行主成分分析
(评阅+1)
(2/3375)
lmyiop
2014-06-25
2018-01-20 11:23:37
by
李甲乙丙丁
[
Gromacs
]
【求助】amber 力场中的gaff 参数文件的原文件
(评阅+1)
(3/1254)
zln1987
2010-10-19
2018-01-19 12:29:01
by
gentleman_on
[
Gromacs
]
[已完结]
VMD径向分布函数突降为零
(2/1202)
龙山狮崖
2018-01-16
2018-01-16 13:12:27
by
龙山狮崖
[
Gromacs
]
[已完结]
软件区别求助
(4/1816)
junzhang1989
2018-01-15
2018-01-15 17:45:10
by
hclwonder
[
Gromacs
]
gromacs分析求助,有偿
(评阅+1)
(2/478)
prince147
2018-01-13
2018-01-14 01:17:10
by
prince147
[
Gromacs
]
[已完结]
请人代做表面活性剂液膜模拟(有偿)
(1/410)
lxl50369423
2018-01-11
2018-01-13 13:08:10
by
jiaoyixiong
[
Gromacs
]
[已完结]
vmd截取溶质附近的水分子时,如何保持水分子的完整?
(1/994)
ra2ghgzh
2017-12-25
2018-01-12 23:22:54
by
awaken2013
[
Gromacs
]
关于力场、配体
(2/501)
喵酱01
2018-01-09
2018-01-12 22:59:37
by
awaken2013
[
Gromacs
]
[已完结]
VMD里RMSD trajectory tool怎么截取几段残基来算
(2/1878)
1466822597
2012-12-25
2018-01-12 06:39:13
by
逗比装傲娇
[
Gromacs
]
[已完结]
用Gromacs能不能模拟不同温度下底物和受体之间的结合情况
(4/843)
spirte雷
2013-01-19
2018-01-11 07:04:01
by
青青白白123
[
Gromacs
]
【求助】有关em.mdp文件
(4/1317)
astringent
2010-05-09
2018-01-11 06:18:42
by
青青白白123
[
Gromacs
]
[已完结]
gromacs编译中MPI的选择
(3/2244)
zhyh_
2016-09-26
2018-01-10 07:03:38
by
hezhancong
[
Gromacs
]
[已完结]
Gromacs编译grompp错误
(2/896)
hezhancong
2018-01-08
2018-01-09 10:04:26
by
hezhancong
[
Gromacs
]
【求助】(请教高手!)请您哪位知道动力学交叉相关图(DCCM)怎么作啊??非常感激。
(评阅+1)
(金币≥30)
(5/87)
vip_zzc
2010-12-24
2018-01-08 07:41:12
by
玥末夏初
[
Gromacs
]
[已完结]
分子动力学跑同源二聚体蛋白,为何会跑散?
(1/1158)
大姚
2018-01-04
2018-01-07 01:39:17
by
awaken2013
[
Gromacs
]
[已完结]
fix nvt 命令求指导
(2/769)
追梦2016
2017-12-31
2018-01-06 22:41:12
by
追梦2016
[
Gromacs
]
[已完结]
关于LAMMPS做GCMC
(1/1244)
亦倾、
2018-01-02
2018-01-02 19:44:37
by
20100707416
[
Gromacs
]
[已完结]
求问g_order的使用方法
(0/363)
SophieMeiMei
2017-12-28
2017-12-28 18:43:43
by
SophieMeiMei
[
Gromacs
]
[已完结]
环状肽链如何构建拓扑文件
(9/2125)
29050801
2013-10-17
2017-12-28 11:37:26
by
Darren0220
[
Gromacs
]
[已完结]
grompp出错
(3/2279)
羽曦云泽
2012-12-18
2017-12-27 14:02:06
by
娇桥
[
Gromacs
]
[已完结]
请问gromacs5.0以上的版本怎么加入多种分子呢?
(0/381)
白玉浴血
2017-12-25
2017-12-25 21:49:27
by
白玉浴血
[
Gromacs
]
能量最小化
(2/654)
llllemonade
2017-12-20
2017-12-21 21:22:03
by
brucefan
[
Gromacs
]
[已完结]
New format PARM file being parsed.
(0/319)
Hejunmei
2017-12-21
2017-12-21 13:29:10
by
Hejunmei
[
Gromacs
]
[已完结]
NAMD加速
(
1
2
)
(11/3650)
adtxcg38
2017-09-28
2017-12-19 08:09:47
by
Edison_ru
[
Gromacs
]
[已完结]
用Ambertool转换小分子力场时出错
(1/957)
yuyuping121
2013-01-08
2017-12-17 17:57:21
by
1239249493
[
Gromacs
]
[已完结]
gromacs运算如何对某些水分子实行位置限制
(6/1805)
jianjunjiang
2016-12-10
2017-12-17 17:20:12
by
月灯三昧
[
Gromacs
]
[已完结]
NAMD在服务器上的并行安装,三无小白求指教
(评阅-50)
(4/737)
生物痞子
2017-11-08
2017-12-12 22:07:49
by
一笑云天外
[
Gromacs
]
[已完结]
gromacs DPPC实例中不会建confout.gro文件
(1/1150)
徐经纬
2017-02-03
2017-12-11 22:51:08
by
茜茜小虫
[
Gromacs
]
gromacs添加离子时遇到的问题
(1/1369)
danking3
2017-04-11
2017-12-08 13:49:41
by
sugarmengqi
[
Gromacs
]
[已完结]
namd2.exe已停止工作
(4/1669)
简点爱的
2017-03-02
2017-12-08 10:27:37
by
?}果
[
Gromacs
]
[已完结]
MD如何模拟等温压缩线?有什么意义呢?
(0/450)
青青白白123
2017-12-07
2017-12-07 16:27:09
by
青青白白123
[
Gromacs
]
[已完结]
gromacs里面的水分子镜像成键问题怎么解决?
(0/308)
muchongheddy
2017-12-07
2017-12-07 09:09:35
by
muchongheddy
[
Gromacs
]
NAMD中如何得到表面张力
(1/491)
L243620344
2017-07-16
2017-12-07 07:50:14
by
moirakaola
[
Gromacs
]
β-甘露聚糖酶的提取
(35/460)
碎梦醉蝶
2017-12-06
2017-12-06 11:06:17
by
Materials
[
Gromacs
]
[专家]
创建周期性体系的拓扑文件: 以石墨烯为例
(1/1539)
jerkwin
2015-07-02
2017-12-06 07:06:54
by
63311795
[
Gromacs
]
[已完结]
求助amber算径向分布函数(RDF)详细步骤!
(1/1124)
1239249493
2017-12-05
2017-12-06 06:02:50
by
brucefan
[
Gromacs
]
[已完结]
求助:怎样用ambertools 添加保守水分子。。
(0/461)
straysme
2017-12-05
2017-12-05 23:52:53
by
straysme
[
Gromacs
]
PMF和拉伸动力学有没有大神给讲讲怎么做
(0/1002)
moraynia68
2017-12-05
2017-12-05 09:09:44
by
moraynia68
[
Gromacs
]
[已完结]
VMD里如何筛选出最大团簇并把所有帧数值导出
(评阅+10)
(3/2153)
Oceansdeep
2016-11-20
2017-11-30 07:20:48
by
xb490284223
[
Gromacs
]
求助
(10/257)
超级小小龙
2017-11-27
2017-11-27 02:41:54
by
fbbqt
[
Gromacs
]
[已完结]
水合物的拓扑文件
(0/323)
青大柯尔斯滕
2017-11-23
2017-11-23 21:43:10
by
青大柯尔斯滕
[
Gromacs
]
[已完结]
amber中小分子电荷的选择
(0/373)
gaolimei55
2017-11-21
2017-11-21 16:36:40
by
gaolimei55
[
Gromacs
]
[已完结]
sander.MPI并行运算速度慢
(5/1917)
宸雨沐沐
2017-11-18
2017-11-20 09:53:26
by
宸雨沐沐
[
Gromacs
]
[已完结]
MD模拟后能量和温度随时间的变化与文献上的不一样该怎么办
(1/753)
o妙蛙种子o
2017-11-13
2017-11-13 21:14:38
by
o妙蛙种子o
[
Gromacs
]
[已完结]
如何计算溶剂盒子密度
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)
(15/3616)
mengyan142
2013-04-19
2017-11-13 15:15:05
by
不为功利坚持
[
Gromacs
]
[已完结]
模拟葡萄糖-6-磷酸的水溶液用什么力场好?
(2/510)
ra2ghgzh
2017-11-10
2017-11-10 19:09:58
by
琳达的情人
[
Gromacs
]
[已完结]
并行版的gromacs安装
(评阅+1)
(3/1063)
Cythera
2015-01-18
2017-11-09 06:21:47
by
neverlando
[
Gromacs
]
[已完结]
CentOS 6.5下安装Gromacs报错求助!!!谢谢!!!
(6/2158)
ycqzl
2016-04-29
2017-11-05 20:06:44
by
你好哈-
[
Gromacs
]
ptraj计算二面角
(0/647)
tina100000
2017-11-04
2017-11-04 18:47:06
by
tina100000
[
Gromacs
]
[已完结]
NAMD输入求助
(1/354)
gaolimei55
2017-11-02
2017-11-04 08:42:25
by
jiaoyixiong
[
Gromacs
]
[已完结]
NAMD重复文献求助
(1/358)
gaolimei55
2017-10-31
2017-10-31 09:57:58
by
你好哈-
[
Gromacs
]
[已完结]
计算残基二面角,如何选择原子
(0/416)
小清新王虫虫
2017-10-31
2017-10-31 09:37:29
by
小清新王虫虫
[
Gromacs
]
[已完结]
钨钼 钨钽 钨铌势函数 求助
(0/470)
我pro求学路
2017-10-30
2017-10-30 21:02:43
by
我pro求学路
[
Gromacs
]
[已完结]
Gromacs中,小分子力场的生成
(
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)
(10/3710)
张德涛
2016-01-21
2017-10-30 05:37:22
by
不美女纸2017
[
Gromacs
]
[已完结]
分子动力学模拟
(3/527)
zdy_123
2017-10-27
2017-10-28 11:58:49
by
zdy_123
[
Gromacs
]
使用Amber进行QM/MM动力学模拟
(5/3395)
cndenis
2012-05-11
2017-10-27 03:30:10
by
natureguy
[
Gromacs
]
[已完结]
gromacs中的Pressure (bar)和Pres. DC (bar)分别是什么意思?
(0/1330)
ra2ghgzh
2017-10-25
2017-10-25 19:43:53
by
ra2ghgzh
[
Gromacs
]
[已完结]
急问amber力场里有模拟羧基的参数么?
(1/537)
bluejh
2017-10-19
2017-10-23 20:51:56
by
吃不胖就好
[
Gromacs
]
[已完结]
求个好用的gromacs的pbs脚本
(1/953)
ra2ghgzh
2017-10-23
2017-10-23 20:48:54
by
ra2ghgzh
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