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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » NAMD关于调整两分子间bond的求助
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一时花开11

新虫 (正式写手)

[求助] NAMD关于调整两分子间bond的求助

最近在用NAMD进行分子动力学模拟，两个分子的PDB合成一个PDB后，在VMD中看结构时重叠在一起，我想调整一下两分子间的距离，让他们分开或调整成我想让它们相距的距离。麻烦大神们告知如何操作呢？刚刚接触NAMD还不十分了解，看教程也不是十分明白，希望这里的大神告知，谢谢谢谢

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1楼 2018-03-21 00:55:58
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梧桐77

新虫 (著名写手)
选择一个分子移动，

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2楼2018-03-21 05:31:04
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一时花开11

新虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 梧桐77 at 2018-03-21 05:31:04
选择一个分子移动，

你好，请问是如何选择一个分子移动呢？具体该如何操作？谢谢，是真的不懂。NAMD小白

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3楼2018-03-21 08:18:13
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一时花开11

新虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 梧桐77 at 2018-03-21 05:31:04
选择一个分子移动，

请问可以手动固定一个原子，然后移动另一个原子吗？具体又该如何操作？

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4楼2018-03-21 08:30:51
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