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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » VMD里如何筛选出最大团簇并把所有帧数值导出
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Oceansdeep

新虫 (初入文坛)

[求助] VMD里如何筛选出最大团簇并把所有帧数值导出 已有1人参与

正在用gromacs做分子模拟，研究分子聚集状态。现在想把200个ns（200000帧）里面每一帧的最大聚集团簇的聚集数导出，VMD里的measure cluster似乎可以，但是如何使用？求大神～

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1楼 2016-11-20 12:42:10
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Oceansdeep

新虫 (初入文坛)
新人发帖秒沉哎....

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2楼2016-11-21 10:22:51
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awaken2013

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你看看gmx cluster里面的功能能不能满足
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3楼2016-11-21 13:13:34
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xb490284223

金虫 (正式写手)

蘑菇头
楼主是否解决问题？我现在用VMD的measure cluster进行团簇分析，碰到一些问题。我用lammps计算后的data文件导入VMD，可以看到分子运动轨迹。现在想进行随着时间的推移，分子运动的团簇分析。请问如何实现？谢谢。如能帮忙解决，送上大量金币。
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4楼2017-11-30 10:20:48
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