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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » Gromacs中，小分子力场的生成
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张德涛

木虫 (小有名气)

[求助] Gromacs中，小分子力场的生成 已有2人参与

大家好，初学GROMACS，在分子力场方面遇到了一个棘手的问题。我做的是小分子药物与另一分子对接之后的动力学模拟。首先我采用autodock将两分子对接，对接结果采用Pymol保存成复合物pdb格式的输入文件；然后用Gromscs进行动力学模拟。GMX中第一步是pdb2gmx，之后会提示选择力场，我选择gromos力场（其实各个力场都试了），出现报错（Gromacs中，小分子力场的生成），经询问查找，是对应力场下残基数据库没有相应的残基，但同时我的小分子也没有相应的力场。经过大家的帮助，我得知大概有两种方法可以解决这个问题，一个是用acpype来帮助生成力场，另一个是用prodrg来生成.itp文件，#include到top文件中（说的不详细）。查找资料已经接近一周了，期间得到了各位老师同仁的帮助，但还是没有解决。本人愚钝学的不是很明白，希望大家能在gromacs中生成小分子力场的方法或者实例（实例的链接也可以）or解决残基fetal error方法方面给出帮助。Sample Text，鄙人在此感谢大家

Gromacs中，小分子力场的生成-1
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1楼 2016-01-21 00:13:28
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

G、sir

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

http://sobereva.com/266
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10楼2016-05-20 10:32:35
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普通回帖

zycz138

至尊木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你先查找一下对接进去的复合物有没有残基缺失，或者不明原子等情况，如果有的话在pdb2gmx之前就应该修正好。然后再运行pdb2gmx加力场试试看。还有小分子应该先从复合物里抠出来，再对蛋白进行力场的赋予。
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2楼2016-01-21 09:04:25
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张德涛

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zycz138 at 2016-01-21 09:04:25
你先查找一下对接进去的复合物有没有残基缺失，或者不明原子等情况，如果有的话在pdb2gmx之前就应该修正好。然后再运行pdb2gmx加力场试试看。还有小分子应该先从复合物里抠出来，再对蛋白进行力场的赋予。

我不是做的蛋白质呀，我做的是两个小分子的对接。

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3楼2016-01-22 00:14:37
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zycz138

至尊木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 张德涛 at 2016-01-22 00:14:37
我不是做的蛋白质呀，我做的是两个小分子的对接。
...

两个小分子也可以对接？我们要不做蛋白与小分子的对接，要不就是蛋白和蛋白的对接。还没听说过小分子之间的对接呢。不吝赐教
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4楼2016-01-22 08:44:37
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张德涛

木虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by zycz138 at 2016-01-22 08:44:37
两个小分子也可以对接？我们要不做蛋白与小分子的对接，要不就是蛋白和蛋白的对接。还没听说过小分子之间的对接呢。不吝赐教...

谢谢你，我又查了查资料，pdb2gmx工具，是gromacs通用工具，只能用于蛋白质，DNA、RNA等的生物分子，其他的要用其他的方法。

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5楼2016-01-22 09:27:06
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zycz138

至尊木虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 张德涛 at 2016-01-22 09:27:06
谢谢你，我又查了查资料，pdb2gmx工具，是gromacs通用工具，只能用于蛋白质，DNA、RNA等的生物分子，其他的要用其他的方法。
...

不客气，祝你好运

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6楼2016-01-22 21:25:02
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张德涛

木虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by zycz138 at 2016-01-22 21:25:02
不客气，祝你好运
...

嘿嘿，前期不太懂。不过基本上已解决……

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7楼2016-01-23 00:04:32
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tjpugu

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 张德涛 at 2016-01-23 00:04:32
嘿嘿，前期不太懂。不过基本上已解决……
...

您好，我现在也在做类似的课题，能问一下您最后怎么解决的这个问题吗，是用的PRODRG吗？我也是从AutoDock中得到对接的最优构象，输入GROMACS里，您是输入的复合物，还是只有配体的构象？
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8楼2016-05-14 13:34:01
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hdx1991

新虫 (著名写手)
你先下载amber,其中他的ambertools板块是免费的，然后百度amber和gromacs获取小分子力场，有个人的博客讲的很清楚，记住多百度几个关键词

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9楼2016-05-15 13:29:45
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