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张德涛木虫 (小有名气)
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[求助]
Gromacs中，小分子力场的生成 已有2人参与
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大家好 ，初学GROMACS，在分子力场方面遇到了一个棘手的问题 。我做的是小分子药物与另一分子对接之后的动力学模拟 。首先我采用autodock将两分子对接，对接结果采用Pymol保存成复合物pdb格式的输入文件；然后用Gromscs进行动力学模拟。GMX中第一步是pdb2gmx，之后会提示选择力场，我选择gromos力场（其实各个力场都试了），出现报错（ ），经询问查找，是对应力场下残基数据库没有相应的残基，但同时我的小分子也没有相应的力场。经过大家的帮助，我得知大概有两种方法可以解决这个问题，一个是用acpype来帮助生成力场，另一个是用prodrg来生成.itp文件，#include到top文件中（说的不详细）。查找资料已经接近一周了，期间得到了各位老师同仁的帮助，但还是没有解决。本人愚钝 学的不是很明白，希望大家能在gromacs中生成小分子力场的方法或者实例（实例的链接也可以）or解决残基fetal error方法方面给出帮助。Sample Text，鄙人在此感谢大家  输入命令.png |
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hdx1991
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你先下载amber,其中他的ambertools板块是免费的，然后百度amber和gromacs获取小分子力场，有个人的博客讲的很清楚，记住多百度几个关键词 发自小木虫Android客户端 |
9楼2016-05-15 13:29:45
zycz138
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zycz138
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