【答案】应助回帖

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1楼2016-01-21 00:13:28

hdx1991

新虫 (著名写手)

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你先下载amber,其中他的ambertools板块是免费的，然后百度amber和gromacs获取小分子力场，有个人的博客讲的很清楚，记住多百度几个关键词

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9楼2016-05-15 13:29:45

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zycz138

至尊木虫 (正式写手)

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【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1

你先查找一下对接进去的复合物有没有残基缺失，或者不明原子等情况，如果有的话在pdb2gmx之前就应该修正好。然后再运行pdb2gmx加力场试试看。还有小分子应该先从复合物里抠出来，再对蛋白进行力场的赋予。

2楼2016-01-21 09:04:25

张德涛

木虫 (小有名气)

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2楼: Originally posted by zycz138 at 2016-01-21 09:04:25
你先查找一下对接进去的复合物有没有残基缺失，或者不明原子等情况，如果有的话在pdb2gmx之前就应该修正好。然后再运行pdb2gmx加力场试试看。还有小分子应该先从复合物里抠出来，再对蛋白进行力场的赋予。

我不是做的蛋白质呀，我做的是两个小分子的对接。

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3楼2016-01-22 00:14:37

zycz138

至尊木虫 (正式写手)

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3楼: Originally posted by 张德涛 at 2016-01-22 00:14:37
我不是做的蛋白质呀，我做的是两个小分子的对接。
...

两个小分子也可以对接？我们要不做蛋白与小分子的对接，要不就是蛋白和蛋白的对接。还没听说过小分子之间的对接呢。不吝赐教

4楼2016-01-22 08:44:37