| 查看: 4014 | 回复: 10 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
张德涛木虫 (小有名气)
|
[求助]
Gromacs中，小分子力场的生成 已有2人参与
|
||
大家好 ，初学GROMACS，在分子力场方面遇到了一个棘手的问题 。我做的是小分子药物与另一分子对接之后的动力学模拟 。首先我采用autodock将两分子对接，对接结果采用Pymol保存成复合物pdb格式的输入文件；然后用Gromscs进行动力学模拟。GMX中第一步是pdb2gmx，之后会提示选择力场，我选择gromos力场（其实各个力场都试了），出现报错（ ），经询问查找，是对应力场下残基数据库没有相应的残基，但同时我的小分子也没有相应的力场。经过大家的帮助，我得知大概有两种方法可以解决这个问题，一个是用acpype来帮助生成力场，另一个是用prodrg来生成.itp文件，#include到top文件中（说的不详细）。查找资料已经接近一周了，期间得到了各位老师同仁的帮助，但还是没有解决。本人愚钝 学的不是很明白，希望大家能在gromacs中生成小分子力场的方法或者实例（实例的链接也可以）or解决残基fetal error方法方面给出帮助。Sample Text，鄙人在此感谢大家  输入命令.png |
回复此楼» 猜你喜欢
93BebMhtakh前后11位开头都是大写
已经有5人回复
-
欢迎发来filecode的Mz6后的代码验证其规律
已经有86人回复
-
感觉是下周放榜了
已经有11人回复
-
filecode=后面第一个是大写字母
已经有10人回复
-
时间戳变了，能看出什么问题？
已经有4人回复
-
哪位老哥知道今年的国自然具体哪一天放榜？
已经有15人回复
-
今天系统多次维护，明天很可能放榜！
已经有9人回复
-
时间戳又变了8-15
已经有25人回复
-
2027广东省杰青
已经有6人回复
-
快农历七夕节了，轻松一下，男人悄悄话，女施主请不要进来。
已经有3人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- gromacs进行分子模拟时，pdb2gmx不认识小分子残基，怎么办，以及如何导入糖的力场
已经有8人回复
- 初学gromacs，关于力场选择和残基出错问题的请教。
已经有1人回复
- 小分子电荷错误修改方法
已经有5人回复
- 【转帖】一些计算化学相关的免费的在线数据库、分子结构库及工具
已经有109人回复
hdx1991
新虫 (著名写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 15431.5
- 散金: 1277
- 红花: 9
- 沙发: 5
- 帖子: 2785
- 在线: 216.7小时
- 虫号: 4093952
- 注册: 2015-09-22
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性I:结构、力学和
|
你先下载amber,其中他的ambertools板块是免费的，然后百度amber和gromacs获取小分子力场，有个人的博客讲的很清楚，记住多百度几个关键词 发自小木虫Android客户端 |
9楼2016-05-15 13:29:45
zycz138
至尊木虫 (正式写手)
- 应助: 16 (小学生)
- 金币: 11567.7
- 红花: 4
- 帖子: 490
- 在线: 269.8小时
- 虫号: 681344
- 注册: 2008-12-25
- 性别: GG
- 专业: 药物化学
2楼2016-01-21 09:04:25
张德涛
木虫 (小有名气)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 1710.4
- 散金: 108
- 红花: 8
- 帖子: 269
- 在线: 36.5小时
- 虫号: 1901538
- 注册: 2012-07-19
- 专业: 能源化工
3楼2016-01-22 00:14:37
zycz138
至尊木虫 (正式写手)
- 应助: 16 (小学生)
- 金币: 11567.7
- 红花: 4
- 帖子: 490
- 在线: 269.8小时
- 虫号: 681344
- 注册: 2008-12-25
- 性别: GG
- 专业: 药物化学
4楼2016-01-22 08:44:37
