应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 小分子电荷错误修改方法
61/1返回列表
查看: 1708  |  回复: 5
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

邓芳

木虫 (小有名气)

木虫

[求助] 小分子电荷错误修改方法

我用gromacs中的gromacs96 力场，PRODRG在线生成拓扑文件，小分子的电荷错误，用什么方法可以的得到解决？
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

gromacs

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
坚持就是胜利
1楼 2012-07-13 10:55:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

huyingdamon

银虫 (小有名气)
同学，我现在遇到你当年的问题，请问下怎么解决呢，十分感激（我用gromacs中的gromacs96 力场，PRODRG在线生成拓扑文件，小分子的电荷错误，用什么方法可以的得到解决？）
赞一下 回复此楼
2楼2013-07-17 17:09:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

邓芳

木虫 (小有名气)

木虫
引用回帖:
2楼: Originally posted by huyingdamon at 2013-07-17 17:09:59
同学，我现在遇到你当年的问题，请问下怎么解决呢，十分感激（我用gromacs中的gromacs96 力场，PRODRG在线生成拓扑文件，小分子的电荷错误，用什么方法可以的得到解决？）

我没再继续做，有人告诉我用这个生成top文件，你试试吧http://compbio.biosci.uq.edu.au/atb/
赞一下 回复此楼
坚持就是胜利
3楼2013-07-17 21:58:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

huyingdamon

银虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 邓芳 at 2013-07-17 21:58:54
我没再继续做，有人告诉我用这个生成top文件，你试试吧http://compbio.biosci.uq.edu.au/atb/...

谢谢哈 我还想请问您下gromacs模拟我要其他有机溶剂模型，您会吗
赞一下 回复此楼
4楼2013-07-18 21:04:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

邓芳

木虫 (小有名气)

木虫
引用回帖:
4楼: Originally posted by huyingdamon at 2013-07-18 21:04:50
谢谢哈 我还想请问您下gromacs模拟我要其他有机溶剂模型，您会吗...

我不会
回复此楼
坚持就是胜利
5楼2013-07-19 15:10:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zlf9452006

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
邓芳: 金币+5, ★有帮助 2013-07-21 18:55:22
分子力场的电荷怎样得到要看想应力场的原始文献，然后依据文献的方法计算得到，这样会保证力场参数的一致性。但实际上力场电荷的具体值并不如分子上电荷分布那样重要。目前对于小分子来说，比较被接受的办法是用量化计算esp电荷（我们的经验是计算时要加入PCM模型，会更准确），直接将esp电荷放到原子上就可以了。
赞一下 回复此楼
6楼2013-07-21 10:45:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 邓芳 的主题更新
61/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[教师之家] 焦虑 +6 水冰月月野兔 2026-03-13 8/400 2026-03-16 06:39 by lfq_198989
[考研] 274求调剂 +4 时间点 2026-03-13 4/200 2026-03-15 15:29 by Rambo13
[考研] 22408总分284求调剂 +3 InAspic 2026-03-13 3/150 2026-03-15 11:10 by zhq0425
[考研] 材料专硕326求调剂 +4 墨煜姒莘 2026-03-15 4/200 2026-03-15 11:02 by dyw
[考研] 311求调剂 +3 26研0 2026-03-15 3/150 2026-03-15 09:12 by JourneyLucky
[考研] 本科南京大学一志愿川大药学327 +3 麦田耕者 2026-03-14 3/150 2026-03-14 20:04 by 外星文明
[基金申请] 面上和青基一样限30页不合理 +5 wowsunflower 2026-03-10 7/350 2026-03-14 17:21 by kingkocxr
[考研] 求调剂，药学 +3 归零lbm 2026-03-09 5/250 2026-03-14 02:21 by JourneyLucky
[考研] 一志愿北京化工大学材料与化工296分求调剂 +16 稻妻小编 2026-03-09 18/900 2026-03-14 02:00 by JourneyLucky
[考研] 265求调剂 +9 小木虫085600 2026-03-09 12/600 2026-03-14 01:11 by JourneyLucky
[考研] 308求调剂 +3 是Lupa啊 2026-03-10 3/150 2026-03-14 00:30 by JourneyLucky
[考研] 材料与化工（0856）304求B区调剂 +6 邱gl 2026-03-12 7/350 2026-03-13 23:24 by 邱gl
[考研] 285化工学硕求调剂（081700） +6 柴郡猫_ 2026-03-12 6/300 2026-03-13 20:46 by hmn_wj
[考研] 302求调剂 +6 负心者当诛 2026-03-11 6/300 2026-03-13 16:11 by JourneyLucky
[考研] 求调剂 +3 程雨杭 2026-03-12 3/150 2026-03-13 15:06 by JourneyLucky
[考研] 268求调剂 +4 好运连绵不绝 2026-03-12 4/200 2026-03-13 10:45 by hyswxzs
[考研] 材料专硕274一志愿陕西师范大学求调剂 +4 薛云鹏 2026-03-13 4/200 2026-03-13 10:40 by 学员8dgXkO
[考研] 283求调剂，材料、化工皆可 +8 苏打水7777 2026-03-11 10/500 2026-03-13 09:06 by Linda Hu
[考研] 420求调剂 +4 莫向外求11 2026-03-10 6/300 2026-03-12 14:41 by ruiyingmiao
[考研] 298求调剂 +3 Vv呀！ 2026-03-10 3/150 2026-03-10 22:40 by 剑诗杜康
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭