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邓芳

木虫 (小有名气)

木虫

[求助] 小分子电荷错误修改方法

我用gromacs中的gromacs96 力场,PRODRG在线生成拓扑文件,小分子的电荷错误,用什么方法可以的得到解决?
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坚持就是胜利
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huyingdamon

银虫 (小有名气)


同学,我现在遇到你当年的问题,请问下怎么解决呢,十分感激(我用gromacs中的gromacs96 力场,PRODRG在线生成拓扑文件,小分子的电荷错误,用什么方法可以的得到解决?)
2楼2013-07-17 17:09:59
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邓芳

木虫 (小有名气)

木虫

引用回帖:
2楼: Originally posted by huyingdamon at 2013-07-17 17:09:59
同学,我现在遇到你当年的问题,请问下怎么解决呢,十分感激(我用gromacs中的gromacs96 力场,PRODRG在线生成拓扑文件,小分子的电荷错误,用什么方法可以的得到解决?)

我没再继续做,有人告诉我用这个生成top文件,你试试吧http://compbio.biosci.uq.edu.au/atb/
坚持就是胜利
3楼2013-07-17 21:58:54
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huyingdamon

银虫 (小有名气)


引用回帖:
3楼: Originally posted by 邓芳 at 2013-07-17 21:58:54
我没再继续做,有人告诉我用这个生成top文件,你试试吧http://compbio.biosci.uq.edu.au/atb/...

谢谢哈 我还想请问您下gromacs模拟我要其他有机溶剂模型,您会吗
4楼2013-07-18 21:04:50
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邓芳

木虫 (小有名气)

木虫

引用回帖:
4楼: Originally posted by huyingdamon at 2013-07-18 21:04:50
谢谢哈 我还想请问您下gromacs模拟我要其他有机溶剂模型,您会吗...

我不会
坚持就是胜利
5楼2013-07-19 15:10:30
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zlf9452006

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
邓芳: 金币+5, 有帮助 2013-07-21 18:55:22
分子力场的电荷怎样得到要看想应力场的原始文献,然后依据文献的方法计算得到,这样会保证力场参数的一致性。但实际上力场电荷的具体值并不如分子上电荷分布那样重要。目前对于小分子来说,比较被接受的办法是用量化计算esp电荷(我们的经验是计算时要加入PCM模型,会更准确),直接将esp电荷放到原子上就可以了。
6楼2013-07-21 10:45:36
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