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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 小分子电荷错误修改方法
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邓芳

木虫 (小有名气)

木虫

[求助] 小分子电荷错误修改方法

我用gromacs中的gromacs96 力场，PRODRG在线生成拓扑文件，小分子的电荷错误，用什么方法可以的得到解决？
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坚持就是胜利
1楼 2012-07-13 10:55:22
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huyingdamon

银虫 (小有名气)
同学，我现在遇到你当年的问题，请问下怎么解决呢，十分感激（我用gromacs中的gromacs96 力场，PRODRG在线生成拓扑文件，小分子的电荷错误，用什么方法可以的得到解决？）
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2楼2013-07-17 17:09:59
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邓芳

木虫 (小有名气)

木虫
引用回帖:
2楼: Originally posted by huyingdamon at 2013-07-17 17:09:59
同学，我现在遇到你当年的问题，请问下怎么解决呢，十分感激（我用gromacs中的gromacs96 力场，PRODRG在线生成拓扑文件，小分子的电荷错误，用什么方法可以的得到解决？）

我没再继续做，有人告诉我用这个生成top文件，你试试吧http://compbio.biosci.uq.edu.au/atb/
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坚持就是胜利
3楼2013-07-17 21:58:54
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huyingdamon

银虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 邓芳 at 2013-07-17 21:58:54
我没再继续做，有人告诉我用这个生成top文件，你试试吧http://compbio.biosci.uq.edu.au/atb/...

谢谢哈 我还想请问您下gromacs模拟我要其他有机溶剂模型，您会吗
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4楼2013-07-18 21:04:50
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邓芳

木虫 (小有名气)

木虫
引用回帖:
4楼: Originally posted by huyingdamon at 2013-07-18 21:04:50
谢谢哈 我还想请问您下gromacs模拟我要其他有机溶剂模型，您会吗...

我不会
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坚持就是胜利
5楼2013-07-19 15:10:30
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zlf9452006

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
邓芳: 金币+5, ★有帮助 2013-07-21 18:55:22
分子力场的电荷怎样得到要看想应力场的原始文献，然后依据文献的方法计算得到，这样会保证力场参数的一致性。但实际上力场电荷的具体值并不如分子上电荷分布那样重要。目前对于小分子来说，比较被接受的办法是用量化计算esp电荷（我们的经验是计算时要加入PCM模型，会更准确），直接将esp电荷放到原子上就可以了。
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6楼2013-07-21 10:45:36
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