应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » Gromacs中，小分子力场的生成
51/1返回列表
查看: 4000  |  回复: 10
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

张德涛

木虫 (小有名气)

[求助] Gromacs中，小分子力场的生成 已有2人参与

大家好，初学GROMACS，在分子力场方面遇到了一个棘手的问题。我做的是小分子药物与另一分子对接之后的动力学模拟。首先我采用autodock将两分子对接，对接结果采用Pymol保存成复合物pdb格式的输入文件；然后用Gromscs进行动力学模拟。GMX中第一步是pdb2gmx，之后会提示选择力场，我选择gromos力场（其实各个力场都试了），出现报错（Gromacs中，小分子力场的生成），经询问查找，是对应力场下残基数据库没有相应的残基，但同时我的小分子也没有相应的力场。经过大家的帮助，我得知大概有两种方法可以解决这个问题，一个是用acpype来帮助生成力场，另一个是用prodrg来生成.itp文件，#include到top文件中（说的不详细）。查找资料已经接近一周了，期间得到了各位老师同仁的帮助，但还是没有解决。本人愚钝学的不是很明白，希望大家能在gromacs中生成小分子力场的方法或者实例（实例的链接也可以）or解决残基fetal error方法方面给出帮助。Sample Text，鄙人在此感谢大家

Gromacs中，小分子力场的生成-1
输入命令.png
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2016-01-21 00:13:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tjpugu

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 张德涛 at 2016-01-23 00:04:32
嘿嘿，前期不太懂。不过基本上已解决……
...

您好，我现在也在做类似的课题，能问一下您最后怎么解决的这个问题吗，是用的PRODRG吗？我也是从AutoDock中得到对接的最优构象，输入GROMACS里，您是输入的复合物，还是只有配体的构象？
赞一下 回复此楼
8楼2016-05-14 13:34:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 11 个回答

zycz138

至尊木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你先查找一下对接进去的复合物有没有残基缺失，或者不明原子等情况，如果有的话在pdb2gmx之前就应该修正好。然后再运行pdb2gmx加力场试试看。还有小分子应该先从复合物里抠出来，再对蛋白进行力场的赋予。
赞一下 回复此楼
2楼2016-01-21 09:04:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

张德涛

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zycz138 at 2016-01-21 09:04:25
你先查找一下对接进去的复合物有没有残基缺失，或者不明原子等情况，如果有的话在pdb2gmx之前就应该修正好。然后再运行pdb2gmx加力场试试看。还有小分子应该先从复合物里抠出来，再对蛋白进行力场的赋予。

我不是做的蛋白质呀，我做的是两个小分子的对接。

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
3楼2016-01-22 00:14:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zycz138

至尊木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 张德涛 at 2016-01-22 00:14:37
我不是做的蛋白质呀，我做的是两个小分子的对接。
...

两个小分子也可以对接？我们要不做蛋白与小分子的对接，要不就是蛋白和蛋白的对接。还没听说过小分子之间的对接呢。不吝赐教
赞一下 回复此楼
4楼2016-01-22 08:44:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 11 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 帮忙看看fileCode +6 wwncly 2026-08-10 11/550 2026-08-11 09:14 by xiaruohan
[基金申请] FileCode能看出啥？ +7 要乐观耀哥 2026-08-10 16/800 2026-08-11 08:18 by wmfsnow
[基金申请] 为什么网上很多人说本周 12号出结果 +4 瞬息宇宙 2026-08-10 4/200 2026-08-11 02:02 by 旁观2020
[基金申请] filecode +8 documentary 2026-08-10 8/400 2026-08-10 19:20 by loufangrui
[基金申请] 关于代码变化问题，想知道的进来 +17 且听虎啸 2026-08-07 24/1200 2026-08-10 18:35 by zhangduo2008
[基金申请] 我的国基提前知道中了，可是同事的操作让我实在接受不了，怎么会有这样的人 +8 家与远方 2026-08-10 11/550 2026-08-10 17:09 by 六两废铜
[基金申请] 应该是93bebmhtak前后十一个字符比较关键 +14 Lanmanbaby 2026-08-09 22/1100 2026-08-10 14:57 by wwncly
[基金申请] 这样的filecode谁见过 +11 布布和一二 2026-08-08 22/1100 2026-08-10 11:10 by wmfsnow
[基金申请] filecode与中标关系的预测 +5 布布和一二 2026-08-07 5/250 2026-08-09 16:15 by 袁向阳007
[基金申请] fileCode有新解读？ +10 Tide man 2026-08-08 18/900 2026-08-09 12:55 by 仁砚薪传
[基金申请] 关于filecode，很负责任的告诉大家 +6 爱看书的可乐 2026-08-08 7/350 2026-08-08 22:13 by a_niu
[基金申请] 关于豆爷回答的JTJC与%2F数量 +5 yang182083 2026-08-06 7/350 2026-08-08 18:29 by zhanghaozhu
[基金申请] 关于filecode +4 布布和一二 2026-08-07 7/350 2026-08-07 22:55 by zhanghaozhu
[基金申请] 化学口download_prp&fileCode的固定段好像这几天一直没变，有变的大神么？ +3 Tide man 2026-08-07 4/200 2026-08-07 22:39 by Tide man
[基金申请] 固定端突然变了，今天 +6 archvillain 2026-08-06 10/500 2026-08-07 16:03 by 医学老男孩
[基金申请] 听说今天filecode变了 +24 布布和一二 2026-08-06 47/2350 2026-08-07 16:02 by zhiyanjiang
[基金申请] 大家散了吧，后缀研究没有意义，别浪费时间了，过好目前的每一天，不要焦虑 +5 Tide man 2026-08-06 7/350 2026-08-07 13:11 by 医学老男孩
[基金申请] 求各位大神看下 100+6 hpkpkpkp 2026-08-05 33/1650 2026-08-06 14:49 by zhiyanjiang
[基金申请] 好消息？这个有何含义？？？ +8 Tide man 2026-08-05 10/500 2026-08-05 16:14 by xmuxiaoyu
[基金申请] 有没有H口的？有收到消息的吗？ +3 超级海虾 2026-08-04 3/150 2026-08-04 17:26 by 学教育滴
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭